<h5>恺撒战败的后果</h5>
战争到达转折点。在此以前，庞培下赌而并未有任何特定的计划，受攻击处他便防守而已；这也并无可责备之处，因为战争的延长可以使他严加征兵，动用后备部队，并充分运用他优势的亚德里亚舰队。恺撒在战术与战略上已双重失败。不错，这项失败并未产生庞培所意料的后果：恺撒的老兵们的士气抵挡住了饥饿与兵变的压力，使他的军队未形溃散。但庞培能否收获其胜利的充分成果，似乎仍旧完全操在他自己手上。
<h5>庞培的作战前景 西庇阿和卡尔维努斯</h5>
这要靠庞培来采取攻势，而他也决心这样做。他有三种方式可以取得胜利的成果。一、最简单的一条，攻击败军，后者若已撤退，追击之。二、庞培可以让恺撒与其最精锐部队留于希腊，自己亲率主力军至意大利（他早有如此之准备）；意大利无疑是普遍倾向共和的，而恺撒的军队在精锐与统帅俱往希腊以后，已无足轻重。三、他可以转向内陆，跟梅特鲁斯·西庇阿的各军团会师，将恺撒留驻于内地的军队一网打尽。恺撒的这批内陆部队，在从意大利来的第二支护航部队到达之后，立即派遣了强大的分遣队，前往埃托利亚与色萨利征集军援，并命令格奈乌斯·多米提乌斯·卡尔维努斯属下的两个军团沿艾格拉提亚大道向马其顿前进，拦截从帖撒罗尼迦沿同一道路前进的西庇阿部，如可能，并击溃之。
卡尔维努斯与西庇阿在相距仅数英里之际，西庇阿部突然转向南方。然后，快速渡过哈利亚克蒙，把他的包袱交给马库斯·法沃尼乌斯，自己率精兵穿入色萨利，攻击鲁西乌斯·卡西乌斯·隆吉努斯所率的恺撒新兵部队，意在征服此乡野地区。然隆吉努斯越过山区退入安布拉基亚方向，与恺撒派往埃托利亚的格奈乌斯·卡尔维西乌斯·撒比努斯部队会合；于是西庇阿只得派其色雷斯骑兵追击，因为他留在哈利亚克蒙的预备部队也遭到卡尔维努斯吞噬的危险。因此，卡尔维努斯与西庇阿便在哈利亚克蒙扎营对峙，颇有一段时间。
<h5>恺撒从底耳哈琴撤至色萨利</h5>
庞培可以在这些计划之间做一选择，而恺撒则无选择可言。在底耳哈琴失利之后，他退往阿波罗尼亚，而庞培随之。从底耳哈琴到阿波罗尼亚道路险阻，被数条河流切断，在败军而言，撤退极为艰困，何况后有追兵。但将军的善于统率及士气的不泄，使庞培在四天追逐之后不得不予放弃。现在，他必须在远征与深入内陆之间做一选择。前者看似有利，而赞成者亦众，但庞培却不愿放弃西庇阿的部队，尤其因为他希望这次将卡尔维努斯的部队一举歼灭。
此时，卡尔维努斯部队在艾格拉提亚路上，位置在庞培与西庇阿之间的赫拉克里亚·林塞斯蒂斯，距恺撒较远，距庞培大军较近。再者，他可能并不知道底耳哈琴的败仗和他自己的危险处境，因为自从恺撒败后，整个乡野之地尽数倒向庞培，恺撒的使者可能到处遭受逮捕。直至敌军主力已到达几小时之内的距离，卡尔维努斯才由敌军的前哨得知实况。他急向南转，开向色萨利，才免除了迫在眉睫的毁灭，而庞培也只得以解救西庇阿的危急为足。
同时，恺撒则未受损伤地抵达阿波罗尼亚。在底耳哈琴的惨败之后，他下决心从海边移师内陆，以脱离敌人舰队的势力，因为他原先的失败最终的原因便是舰队；前往阿波罗尼亚，只是为了把受伤战士置于安全处所，并发军饷，因为他的补给站在此。之后，他向色萨利进军，在阿波罗尼亚、奥里库姆与利苏斯留下卫戍部队。卡尔维努斯部则也启程前往色萨利，此处恺撒也比较易于同来自意大利由昆图斯·科尼菲西乌斯所率领的两个增援军团会合。这一次，科尼菲西乌斯的部队是从伊利里亚越陆路而来。
恺撒艰困通过阿乌斯山谷，越过横隔伊庇鲁斯与色萨利的山脉，到达佩涅奥斯。卡尔维努斯也赶往此地，因之两军由最短、最不暴露的路线会师于佩涅奥斯河源头不远的埃吉尼乌姆。两军会师后抵达的第一座色萨利城镇将城门关起，但猛攻之下不久陷落，惨遭劫掠，其他色萨利城镇望风而降。经过如此数度进军及争战，再加上该地区军需品的供应——虽然不甚充分——过去的惨败才逐渐淡忘。
如此，庞培在底耳哈琴的胜利并未得到多大成果。他指挥不灵的陆军与为数颇多的骑兵竟未能追歼遁入山区的薄弱敌军，恺撒与卡尔维努斯两部均脱险而会师于色萨利。如果庞培现在直驱意大利或许更佳，因为此处的成功几乎无可置疑。然派往西西里与意大利的却只有一支分遣舰队。在联盟营地中，已将底耳哈琴的战役视为完全胜利，以致认为只需搜捕败军即可。他们原先的过分谨慎现在随之以不当的骄忽。他们忘记，严格说来，在追击上他们是失败的。在色萨利他们将必须与重新整备的敌军遭遇；离开海岸，放弃舰队的支持，追踪敌人至后者所选择的战场，乃是大险。但庞培不计一切要与恺撒一战，以尽快、尽方便的途径将他俘虏。加图指挥底耳哈琴的十八队步兵队及科西拉之战的三百艘战船。庞培与西庇阿则由不同路线至佩涅奥斯河下游，于拉里萨相会。
<h5>双方在法萨罗的军队</h5>
拉里萨之南是一片平原，平原上有佩涅奥斯河的支流厄尼普斯河横切；恺撒的部队扎营在此支流左岸，接近法萨罗镇的地方，庞培则在右岸的缓坡上。庞培的部队已悉数会聚，而恺撒则尚有将近四个军团未曾抵达，即在希腊由昆图斯·孚菲乌斯·卡列努斯率领的将近两个军团和在科尼菲西乌斯统率下正从意大利经伊利里亚赶来的两个军团。庞培部队有十一个军团（计四万七千人），骑兵七千；是恺撒步兵的两倍，骑兵的七倍。恺撒在人困马乏的情况下，八个军团的总数，可以执兵器作战者不超过两万两千人——仅及正常人数的一半。庞培的胜利军，有无以数计的马匹，充足的供应，恺撒的则维生困难，唯一的期望是收成季节的来临。庞培的军队，在上次战役中尝过了胜利的滋味，对他们的领袖又具有信心，乃处于最佳心境下。
各方面的情势都有利于庞培尽速发动决战，因为他们现在已在色萨利与恺撒对峙；绅士军官等人久居国外的不耐无疑在战事会议中使速战之议占绝对优势。这些大人物已认为他们的胜利是不争之事。他们业已在辩论恺撒的任期之事了，业已发信回罗马，在广场附近租房屋以备下次的选举。当庞培犹豫不渡那介于两军之间，而恺撒因兵弱不敢渡过的溪流时，群情为之鼎沸。传言谓，庞培之所以拖延，只是为了把阿伽门农的角色扮得更久一些，以享受统领那么多执政官级人物的乐趣。
庞培让步，本以为没有战况的恺撒，正计划攻击敌人侧翼，并为此要向斯柯屠沙前进。但当他看出庞培要准备发动之际，他也布阵以待了。
<h5>法萨罗之战</h5>
如此，法萨罗之战发生于公元前48年8月9日，战场几乎就在一百五十年前击败马其顿的菲利普之处，而那一次战争奠定了罗马对东方的统治权。庞培将右翼置于厄尼普斯河边，恺撒则将其左冀置于河前的起伏地。其他两翼则置于平野，一方以骑兵掩护，另一方则以轻武装部队。庞培的计划是以步兵做防卫攻势，而以骑兵击溃敌军弱势骑兵与轻甲步兵之混编，再于背后攻取恺撒左冀。庞培的步兵交兵之下甚为勇猛，撑起初局。拉比努斯的骑兵虽遭勇猛抵抗，但甚短暂，即驱散恺撒骑兵，将兵力转向左方，准备攻击步兵。
但恺撒预料到骑兵的败退，在后部以两千最精锐步兵支撑。当敌人骑兵追赶恺撒骑兵之际，突遭精锐步兵勇猛无畏的攻击，阵势大乱，全速逃离战场。恺撒步兵乘胜粉碎敌军现已无防卫之箭手，然后冲向庞培左翼，开始攻击。这时，恺撒的预备部队全线进攻。庞培精英部队的败北不但使敌方士气大振，也使本军士气崩溃，将军尤甚。一向不信任自己步兵的庞培，现见自己骑兵奔散，不待恺撒全面攻势之结果，即骑返营地。他的军团也随之动摇，未久即渡河回营，而撤退之际遭受严重损失。
<h5>庞培溃逃</h5>
如此，该日之战大败，许多强兵勇将伤亡，但庞培的军旅本质上并未受损，他的处境比底耳哈琴之役败退的恺撒还安全得多多。但恺撒与庞培不同。恺撒知道运气喜欢在某些时刻撤退，为的是要你以坚持的努力再把它重新召回，但庞培却认为运气是有恒的女神，而一旦女神撤退，他就陷于绝望。在逆境下，恺撒的恢宏天性只会变得更为强大；而庞培的卑小灵魂则在相同的压力下沉入沮丧的深渊。塞多留之役，庞培就曾在优势敌军之下意欲弃职而逃，这一次，当他看到自己的军团渡河而退时亦复如是，他把将军的绶带一抛，寻捷径骑奔海岸。
他挫败而失去领袖的部队——因为庞培虽承认西庇阿跟他一样有最高指挥权，却只徒有总司令之名而已——冀望在营区的墙后寻得庇护，但恺撒不予喘息机会。罗马与色雷斯军营的抵抗固然顽强，不久即遭击溃，敌军被迫撤至营地背后高地。他们意图沿此等小山至拉里萨，但恺撒部队既不顾战利品又不顾疲乏，由更佳途径抢至平原，切断逃军退路。事实上，当晚在庞培部已停止前进后，追击者竟仍有余力布下壕沟防线，将他们与附近唯一的水域切断。
法萨罗这一日的战役于此告终。敌军不仅败退，而且被消灭了；伤亡于战场上的敌军约一万五千人，而恺撒却只折兵两百。仍聚在一起的庞培部，总计仍近两万，于第二天早晨投降。只有孤立的几单位（不错，包括一些最著名的军官）逃往山区，十一支敌军鹰旗中有九支交到恺撒手中。当日仍告诚本军要切记敌军为同胞兄弟的恺撒，当然未像毕布路斯与拉比努斯那样对待俘虏；然则他现在认为必须采取某些严厉措施。一般士兵编入军旅，阶级略高者处以罚款或充公其物品，而被俘的元老和著名军官，则除少数外，处以死刑。宽厚态度的时期已过，内战越久，越翻脸无情了。
<h5>法萨罗之战的政治后果</h5>
公元前48年8月9日的战果需得时日始可充分辨识。原先那些只因庞培军力强而在法萨罗之役中支持庞培的人，现在一概倒向恺撒了；庞培的失败如此彻底，以致凡不愿为已失败的立场而战或被迫参战的人，一律加入胜利者行列。各城镇，各王，各民族，原先为庞培附庸的，现在均召回其海陆军分遣队，并拒绝庇护败部。几乎唯一的例外是小镇墨伽拉——此镇任自己被恺撒军围城攻击，而那曾经战胜过库里奥的国王、努米底亚的朱巴，越来越相信他的国土会被恺撒并吞，因之决与败部共生死。
<h5>法萨罗之战后的贵族</h5>
受保护国固然都倒向法萨罗的胜利者，立宪派的尾巴分子——那些以敷衍的态度加入该派的，或像马库斯·西塞罗之流，只像巫师围着布罗肯山那样围着贵族政体舞蹈的分子——也急忙向新的君主妥协了，而后者，则以不屑的宽大，立即有礼地惠允了他们的恳求。但败军的精英却不肯屈降。贵族政体瓦解了，但贵族们却永不可能变为君主政体的拥护者。人类的最高启示是可以散之如烟云的：曾经真实的宗教可以变为谎言，曾经至福的政治体系可以变成诅咒之源。但即使垂死的福音亦可找到虔信者。如果这样的信仰不能移山，则它也会有其始终，必至将其最后的教士与教友拖下黄土始退场而去，而新的一代，在摆脱了已死的往日之阴影后，乃君临一个富于新春的世界。
罗马便是如此。贵族统治现在不论沉沦到何等深渊，它都曾是伟大的政治体制。那曾经征服意大利、曾经消灭汉尼拔的圣火，现在急需在罗马的贵族心中燃烧，而只要贵族存在一天，这圣火就继续燃烧一天；因之也使旧朝的人无法与新朝的人产生至诚的了解。立宪派很多人外表上屈服了，承认了君主政体，为的是获得恺撒的原谅，以便尽可能隐退——当然，照例也是抱着希望，准备有朝一日再重新得势。比较不著名的党员们采取这条途径的特别多，但那干练的，曾与恺撒决裂的马库斯·马塞卢斯，却明智而自动地放逐于莱斯博斯岛。然而，泛言之，在真正贵族之间，激动之情要大于冷静的反省——无疑，其中自我蒙骗的心态有很大的作用，因为他们不敢面对自己前途的晦暗，又惧怕胜利者的报复。
<h5>加图</h5>
对于这情势的判断，恐怕没有人比马库斯·加图更苦痛而清明了，他既免于希望，又免于恐惧。在莱里达与法萨罗之役以后，君主政体已成不可避免之事，加图乃有足够的勇气以接受这痛苦事实，并起而对应。立宪派是否仍应继续作战，他都有所犹豫，因为这场已经失据的战争必定还要牺牲许多不知何以作战的人。他决心继续反对君主政体，但并不是为了可以胜利，而是求光荣的速亡；为此，凡不愿与共和政体共碎，而愿接受君主政体诞生的人，他一律不拖入战争。他相信，如果共和政体只是受到威胁，那便有权利与义务去强迫那些温吞分子加入争战。但现在，他觉得强迫他人与共和派共毁是无理而残酷之事。凡愿意返回意大利的，他一律遣返；不仅如此，当该派最狂热的分子小格奈乌斯·庞培要把这些人——尤其是西塞罗——处死时，加图独力以自己的道德权威阻止之。
<h5>庞培</h5>
庞培也无意和平。设若他配得上他所占据的地位，他可能会明了，一个期望为王的人是不可能返回寻常旧路的，而一个人既怀抱了这个希望，便退无死所。庞培若求恺撒手下留情，恺撒可能有足够的胸襟惠允，但庞培没有；这与其说是心灵过于高贵，恐怕不如说是过于卑屑。也许是他不敢信赖恺撒，也许是他在法萨罗的惨败以后，又以他模模糊糊的头脑抱起或可得胜的新希望来，他决定把战争延后，寻求另一战场。
<h5>法萨罗之战的军事后果 庞培的将领分裂</h5>
如此，恺撒虽努力平复反对者的怒气，并减少愤怒者的人数，战争却继续下去。所有的重要人物均参加了法萨罗之战，虽除鲁西乌斯·多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯之外无人被杀，却已四分五裂，无法参加战斗会议。这些人大部分寻路来到马库斯·加图率领预备部队的科西拉；有些是越过马其顿与伊利里亚的荒山，有些则由舰队之助。
在科西拉，由加图主持下，举行了一次军事会议，参加者有梅特鲁斯·西庇阿，提图斯·拉比努斯，鲁西乌斯·阿夫拉涅乌斯，小格奈乌斯·庞培，及其他等人。但在主帅缺席，而其遭遇不明的情况下，加上党内意见分歧，任何共同的协议均未达成；最后各人自行其是，各选其以为最有益于共同宗旨的方式。既然有许多稻草可以让人抓取，则就难说究竟哪一片浮在水上最久了。
<h5>马其顿和希腊 意大利 东方 埃及 西班牙 非洲</h5>
马其顿与希腊因法萨罗之战而失。不错，加图（在得知法萨罗战败以后，立刻撤出底耳哈琴）仍保有科西拉，鲁提利乌斯·鲁帕斯仍保有伯罗奔尼撒。暂时看来，庞培部仍可在伯罗奔尼撒的佩特雷站住脚跟，但卡列努斯进军的消息足以使他们从这一区域畏退。科西拉亦无久守之意。在底耳哈琴战胜后派往意大利与西西里沿岸的庞培部队完成了不小的任务，他们攻克了布林迪西、墨西拿和维伯，在墨西拿烧毁为恺撒造就的整支舰队。然而原先各国加入庞培部的战船——大部分来自小亚细亚与叙利亚——却在法萨罗之战以后被各国召回，因此远征军的成果全被抵消。
此时，在小亚细亚与叙利亚尚无两方军队。只有法纳西斯的博斯普鲁斯部，以恺撒之名占取了其敌人的许多地区。在埃及，由加比尼乌斯留下的部队所组成的罗马军还为数颇多，因为他们又招了意大利的流浪汉与叙利亚或西里西亚的盗匪从军；但埃及舰队不久召回，因而亚历山大的宫廷无意站在败方一边，甚至不肯将其部队任败部使用之意亦昭然若揭。
西方的远景略佳。在西班牙，人民对庞培的同情心非常强烈，以致恺撒只得放弃进攻非洲的计划，而只要西班牙半岛上出现知名的领导人物，变乱几乎无可避免。在非洲，庞培的同盟——其实只有努米底亚的朱巴王，他是该地真正摄政王——则自从公元前49年就备战完成而未受骚扰。
因此，整个东方虽因法萨罗之战而全盘尽失，在西班牙则仍可能继续像样的战争，而在非洲则几乎必可有辉煌战果；因为，努米底亚王既为罗马属民，要他反抗叛乱的罗马人不能算是叛国罪。但做此要求，无疑终属极大屈辱。那些在这次的绝望战争中放弃了权利与荣誉的人，已经可以不再顾及法律了，他们可以像盗匪一样随意转变态度。他们可以跟独立的邻邦联盟，也可以诱使公敌加入内战。最后，他们可以口上赞成君主政体，却用暗杀的短剑来企图恢复合法的共和国。
<h5>陆盗海盗的敌意</h5>
战败者撤退并谴责新的君主政体，至少是在他们那绝望的处境下自然的表现。山与海自古以来就是避难所，不但所有罪犯，就是一切不幸遭遇者，一切受压迫者，也都在那些地方找寻栖身之所。庞培及共和派从山与海向恺撒君主权发动抵抗乃是自然之事，更自然的是他们以庞大的组织，有确定的目标而行大规模的海盗行为。即使在东方各国船队被召回以后，他们仍旧拥有相当庞大的舰队，而恺撒则实际上仍旧等于没有战船。他们跟达尔马提亚人的联合——后者为其自己的利益而反对恺撒——加上他们对大部分海域与海港的制御，使他们站在极有力的立场，得以发动一次小型海战。苏拉为了搜寻民主派，曾导致塞多留之战，这个战争先由海盗发动，次由陆盗，结果变成一场相当严重的战争，因此，如果加图的贵族派或庞培的拥护者表现出马利亚民主派（Marian democracy）的精神与火烈，如果在他们之中真能找到一个海上之王，则一个独立于恺撒君主国的共和国并非不可能在无可征服的大海上建立。
<h5>帕提亚联盟</h5>
更可能的是为了达成反革命而意图把独立的邻国拖入罗马内战的念头。法律与良心对叛离者的责罚都甚于对盗匪的；一帮战胜的盗匪要返回本国易被接受，但跟公敌一同回国的移民更难为人民接受。再者，若想以此途径复辟几乎是不可能的。共和派唯一能求得支持的国家是帕提亚，然而该国是否会赞助共和主义本身就成问题，而它是否会为此主义而与恺撒作战更成问题。
共和派夺权的时机尚未到来。
<h5>恺撒将庞培赶至埃及</h5>
当战败的一派这样被命运所驱赶、而即使那些决心继续奋战的人也不知何从下手之际，一向果决的恺撒已决定放下一切来追捕庞培了——因为庞培是他的对手，他唯一看作是将才的人物，追捕到他，就可能令他一半的对手（或许是最危险的一半）瘫痪。他带着少数人越过赫勒斯庞特[1]，在那里遇到一支前往黑海的敌人舰队，舰队的人因法萨罗的消息大惊失色，悉数缴械。在他把必要的准备工作备妥之后，便赶往东方追捕庞培。
庞培则从法萨罗战场前往莱斯博斯，从那里携同他的太太与次子塞克斯图斯，乘船绕过小亚细亚至西里西亚，再至塞浦路斯。他本可在科西拉或非洲与他的本派会合；但他厌拒他那些贵族同盟，而在他的法萨罗惨败与他不光荣的逃走之后，想到在那些地方所可能受到的接待，他便宁可去见帕提亚王而不愿见加图。当他在塞浦路斯向罗马裔的农商收钱并装备一支两千名的奴隶部队时，得悉安条克已公言倒向恺撒，因而阻断了他前往帕提亚的去路。于是他转航埃及，在那里，有他若干老战士服务于军中，那里的情势与丰富的兵源也可以允许他有时间有机会重拾战争。
在埃及，托勒密十二世去世后，他的两个孩子，十六岁的克娄巴特拉和十岁的狄奥尼索斯，依照父亲的遗嘱联合登基。但不久弟弟——或宁说他的监护人波提纽斯——把姐姐赶出埃及，逼得她在叙利亚寻求庇护，并在此处做返国的准备。当庞培在卡西亚岬角抛锚，要求登陆许可的时候，托勒密和波提纽斯正率埃及全军驻守于佩卢西翁，保卫东方前线以防克娄巴特拉。埃及朝廷早已获悉庞培在法萨罗的惨败，此时本拟拒绝，但国王的教师狄奥多图斯则指出，若此，庞培可能运用他在埃及军中的关系唆动叛乱，不如利用这个机会把庞培除掉，比较安全，对恺撒也易于拉好政治关系。在希腊世界的政治家中，这一类的政治推论是相当有力的。
<h5>庞培之死</h5>
皇军将领阿基拉斯，几个庞培往日的老战士乘一只小船到他舰上，邀请他去与国王会晤，由于水浅，请他乘用他们的驳船。当他踏上岸的时候，军事护民官鲁西乌斯·塞普提米乌斯从背后将他砍死，而他的太太和儿子则在他们的船上眼睁睁看着这场谋杀，无由拯救或报复。如此，公元前48年9月28日，他的一生告终，而十年前的这一天，正是他战胜米特拉达悌，光芒万丈进入首都的日子；这个人，整个有一世代被人称为“伟大”，统治罗马有年，却在不好客的卡西亚海边死于他的老战士之手。
一个好军官，但智力与心胸均属有限，三十年的时间，命运以超人的一致性允许他因解决一连串易于解决的问题而光辉夺目。所有由别人培植的桂叶，命运都任他摘取，并给他一切机会，使他取得至高的权柄——只为给人一个例子，说明伟大可以是虚假的。在一切的可叹事物中，最可叹的莫过于人家所认为的你比实际的你要好得多，因为真正有资格称得上王的，一千年超不出一个。设若不是庞培的外观与实质这般的不相符，则我们甚至可以认为他乃是罗马一连串的君主中的第一个。
<h5>恺撒到埃及</h5>
当恺撒追踪庞培到达亚历山大港的锚地，一切都已过去。当谋杀者将他往日女婿、多年同事的首级带到他的船上时，他激动得把头转开；他来埃及是为活捉他的。那莽撞的暗杀者之剑消除了恺撒如何对待被俘的庞培之问题。在恺撒的大灵魂中，除却雄心之外，尚有同情心的余地，这同情心可以使他饶赦他以前的朋友的性命；此外，就他个人的利害而言，他也不会采用处死庞培的方式，而会用其他办法来消除他的力量。二十年的时间，庞培被公认为罗马的统治者，他的统治权已如此根深蒂固，以致不能随着他的死而消失了。庞培的死并未使庞培派解体，只是用他儿子来取代了那年老而无能的领袖；他的两个儿子都年轻而有活力，次子塞克斯图斯更是断然有能力的人。因此，那刚刚成立的君主世袭政体立刻就由谋位世袭政体寄生了，如条虫一般；因而庞培的死对恺撒而言究竟是得是失很难断定。
<h5>恺撒整顿埃及</h5>
现在，恺撒在埃及无事可做了，罗马人与埃及人都料想他立刻会着手征服非洲，处理胜利后的整顿重任。但恺撒忠于他就地解决一切事务的习惯。由于他确信罗马卫戍部队与埃及朝廷都不会对他有所抵抗，又由于深陷经济困境，他乃调两个混合军团（三千二百人，八百名凯尔特与日耳曼骑兵），以埃及皇宫为司令部，开始收集必需的基金，安排埃及王位继承问题——而不顾波提纽斯莽撞的言词——“恺撒不当为了这种琐事而疏忽了他自己的要事”。
<h5>亚历山大暴动</h5>
但一场风暴却在秘密酝酿。亚历山大像罗马一样也是一个大都会，人口几不少于罗马，而在商业精神、手工技巧和科学与艺术风格上比罗马高出许多。它的公民深觉他们国家在世间地位的重要；而即使他们没有政治情感，至少也有一种骚动的精神，使他们像今日的巴黎人一样常常全心全意地在街头暴动。因此，当他们看到那罗马将军在他们的皇宫中发号施令，他们的王接受他的裁判时，他们的感觉是可以想见的。波提纽斯与幼王愤怒于他为了旧有的恩惠而行的武断索取，愤恨他对王位的干涉（这当然只可能对克娄巴特拉有益），愤恨他搜刮神殿的宝藏和国王的金器，在制币厂熔化，以满足罗马的需要。埃及人——他们用虔敬得近乎迷信的程度，欣喜于他们世界出名的豪华宫廷，把它当做是他们自己私人的宝物一般——看着他们的神殿墙壁空了，他们国王的桌上杯子变成了木制的，他们的愤怒越来越难以抑制了。
罗马的占领军在长期驻守埃及之后，尤其是在许多官兵已与埃及妇女通婚的情况下，基本上已经等于归化了埃及，何况军中还有许多以前庞培的旧部、逃跑的意大利犯人与奴隶；他们也愤恨恺撒，因为他使他们搁置了叙利亚前线的行动；他们愤恨恺撒那一小撮军团的官兵，因为他们摆出傲慢的样子。当罗马的斧头带入埃及老王宫的时候，埃及人甚为骚动，而他的士兵在城里亦常遭暗杀；这些事情都向恺撒表示他那小撮兵力在恨之入骨的大敌之间处境何等危险。但在那时节离开是困难的，因为盛行的是西北风，何况此时登船很可能导致变乱的爆发。再者，事情未完即行离去，不合恺撒本性。
因之，他立刻下令从亚洲派兵增援，同时表现出极度的自持。他的军营从没有像在亚历山大时这般欢乐过的；那美丽而又聪明的克娄巴特拉固然尽展妩媚——尤其是对她的鉴赏者恺撒——而恺撒也明示其胜果中最令他珍惜的便是美丽的女人。这乃是即将来临的灾难之欢乐的前奏。罗马占领军，由阿基拉斯率领——日后证明，系受埃及王及其监护人的秘密指令——出其不意地出现在亚历山大。当公民看到军队攻击恺撒，立即参与共同行动。
<h5>恺撒在亚历山大</h5>
恺撒临危不乱，迅速召集其分散的兵员，抓住埃及王及诸大臣，占据宫廷及隔邻的剧场。紧接剧场前方主港中的舰队已无时间挽救，他下令烧毁，用小船占领灯塔所在地法罗斯[2]小岛。如此，至少一个有限的防卫范围是保住了，同时也保持住供应品与增援部队的通路。同时，传令至小亚细亚司令及最近的属国叙利亚人、纳巴泰人、克里特人与罗德人，急速派兵及船只至埃及。
而同时，叛乱现由公主阿尔西诺伊及其心腹宦官该尼墨得斯率领，扫遍全国，尤以首都为甚。首都街道上天天在战斗，恺撒想争取更大一点的活动范围，想攻至城后的新鲜水源玛瑞湖，以便从那里获取水源并搜掠粮食，却不得逞。而亚历山大人亦无法完全断绝被围者的水源，因为他们把恺撒占领区的尼罗河输水道倒入盐水破坏后，恺撒部下却在海边挖井而出乎意料地取得可饮之水。
由于无法由陆地取胜恺撒，包围者乃焚毁他的舰队，切断他海路供应的途径。灯塔岛与陆地以堤防相连，此岛与堤防把港口分为两边，港口两边又以堤防上的两个开口相通。恺撒制御东边港口及灯塔岛，堤防与西边港口则被民众占领；由于亚历山大舰队被毁，恺撒的船只乃可自由进出。亚历山大人图用火攻船从西边港口进入东边港口，不成，乃用他们的军火库中的剩余部分配备了一个小船队，企图阻挠由小亚细亚抵达的一个军团之运输船队，但恺撒的罗德人海员战术精良，敌人计不得逞。
然而，不久公民取下灯塔岛，从这里非常接近泊栖大型船只的东边港岩石狭口。因此，恺撒的船队被迫留在东边港口之外的海面上，他跟海洋的联系变得非常单薄。恺撒的舰队在锚地被优势的敌人海军连连攻击，既不能避入港口——因为灯塔已失，使内港落在敌人制御之下——也不能撤，因为锚地若失则将切断恺撒与海的通路。由罗德水手的精良技术，勇武的军团战士虽然总是战胜，但亚历山大人则一再增援，顽攻不息。被围者完全处于守势，任围攻者选择攻击时刻，而只要战败一次，恺撒就可能被封在港中，甚至可能全军覆没。