宣统三年 月 日钦奉皇太后懿旨：盖闻天下者，天下之天下……此次武昌兵变，固由不肖疆吏所逼而起，而不及一月，各省云合响应，足见政治之窳败，人心之积愤，已达极点。及此改良，组织完全宪政，未始非中国剥极而复之机。余与皇帝仰体列圣爱民如子之心，实不愿以改革政治妨害民命……自念余一妇人，皇帝方在冲龄，忝居臣民之上，不能绥辑万方，已为疚心，何忍再使生灵涂炭。兹著派为暂任代表议政员，即日择地与全国国民妥议宪政。自宣布此次谕旨之后，立即停止战事，无论官军民军，不得再发一弹，再血一刃。所派赴鄂各军，克日撤回，军械、子弹收储勿用，以副朝廷弭兵安民之至意。所议宪法，但求于中国土地人民多所保全，无论君主立宪、民主列[立]宪，余与皇帝均乐观厥成……宣布海内，咸使闻知。[117]
关于这个诏稿的草拟，曾任袁世凯咨议的唐在礼后来回忆：“据说最早的退位诏书是直隶候补道员洪述祖所拟的。洪与民政大臣赵秉钧的交情、关系都很深密，他是赵的亲信秘书。他就是夤缘着赵的关系，得到袁的赏识，那个诏书就是洪到袁的私邸去，由袁面授要意，而后由洪着意撰写的。内容较为冗长，开宗明义纵论上下古今，然后以停战议宪为要旨，说明‘但求于中国土地人民多所保全，无论君主立宪、民主立宪，余（隆裕自称）与皇帝均乐观厥成’。并未明诏退位，文字少输迂娓，有欠捷当。”[118]很明显，唐在礼的这些说法与事实多不相符。如前所述，洪述祖实际上在袁世凯入京之前已拟就诏稿，袁世凯入京后，洪述祖方通过唐绍仪将诏稿递至袁世凯手中。诏稿中虽未有“退位”二字，但皇太后与皇帝若同意下此诏书，则其中“无论君主立宪、民主立宪，余与皇帝均乐观厥成”一句，实际上意味着清帝同意退位。因此，将此诏稿称为“退位诏书”亦未尝不可。当然，清廷王公贵族也明白其中的利害，故而唐绍仪等人苦劝无果，这才改变策略，由袁世凯奏请施行，并以去就争之。至于唐在礼说洪“就是夤缘着赵的关系，得到袁的赏识”，似不够准确。如前所述，洪、袁二人早在甲午年间便已相识，并且当时袁便对洪的才能极为赏识，以后二人亦保持着联系。
草拟清帝“退位诏稿”在洪述祖看来是极具纪念意义的事情，为此，他将当时所用砚台命名曰“共和砚”，请人以篆书刻砚上，落款云：“壬子十月观川居士属陶心如篆并刻。”“观川居士”即洪述祖，陶心如指书画家陶洙。又在砚背左侧刻以隶书云：“辛亥九月，砚得，主共和诏书起于此，勒铭左侧志忘。中华男子洪述祖。”[119]可见洪述祖极以此事为荣耀。
宣统三年十月十九日（1911年12月9日），唐绍仪作为北方议和全权代表，自北京出发南下，在汉口停留约一周后到上海，与民军代表伍廷芳等议和。张国淦作为参与和谈的湖北代表，与唐绍仪等同行到沪。关于双方谈判情形，张国淦有如下一段记述：
伍、唐同乡老友，共和主张，又同在一条路线。有赵凤昌者，曾在张文襄幕，与伍、唐俱旧识，有策略，此次革命，活动甚力。赵住上海南洋路，伍、唐遂假其寓所，每夜同往聚谈。在议场时，板起面孔，十足官话，及到赵处，即共同研究如何对付北方，以达到目的。赵参与密议，且在沪久，革命党人及江浙知名人士，尤其张、汤等，皆能联络。据魏宸组告余：“所有和议中主张及致北方电，俱是夜间在赵寓双方商洽，精卫（汪兆铭）与本人常到彼处，皙子（杨度）则未参加，而袁内阁与唐，亦先有秘密私电往还，均从促成共和着手”云云。[120]
此段记述没有提及洪述祖，但据《亚细亚日报》载：“唐绍仪以和议至沪，洪以旧识，日造唐之门献策，唐颇采纳。”[121]与赵凤昌、洪述祖均极为熟识的刘厚生在《张謇传记》里亦写道：“唐绍仪在上海议和时，赵凤昌参与机密，述祖常至凤昌家中，效奔走之劳。”[122]可知洪述祖亦南下参与了和谈。之前洪便参与赵、唐之间的秘密联络，此时又参与和谈，亦是可以想见之事。
南北议和结束，袁世凯就任临时大总统后，唐绍仪任国务总理，向内务总长赵秉钧推荐洪述祖任秘书。而据洪述祖1917年在上海租界会审公廨所供，他1912年“上半载在前总统袁世凯处为随员，下半年在内务部为秘书”。[123]又供称：“内务部共有秘书官四人，职任并无大小，同于是年六月十四日接到命令，其时我尚兼充总统府内务部顾问。”[124]1918年接受京师高等审判厅讯问时，洪述祖再次提到，他从南方回到北京后，系经袁总统介绍，令其为内务部秘书，并委为总统府顾问。[125]总统府聘请顾问都是有记载的，但从目前所见资料看，尚未发现聘请洪述祖为总统府顾问的可靠记载。因此，洪述祖所谓袁世凯委其为总统府顾问，很可能并非正式委任，而是其凭借私人关系常为袁世凯出谋划策，而这恰恰反映了袁、洪关系非同一般。1913年2月，洪述祖“蒙大总统特予三等嘉禾章，为各部秘书中之最著特色者”，“诚以洪劳苦功高，独著勋绩，非其他各部秘书所可比拟也”。[126]按《勋章令》规定，大勋章为大总统所佩戴，大勋章以下为嘉禾章，分一至九等，授予“有勋劳于国家者”，或“有功绩于学问及事业者”。[127]各部秘书人数众多，洪述祖是唯一被授予三等嘉禾章者，足见其地位非普通秘书可比。
袁、洪特殊关系的一个重要表现，就是洪述祖一方面担任内务部秘书，另一方面又肩负着替袁世凯秘密监视内务总长赵秉钧之责任。一般均将赵秉钧视为袁世凯亲信，但据刘厚生讲，南北议和期间，袁世凯因为警察首领赵秉钧未能事先防范而导致他在东安门被炸弹袭击，加之他怀疑赵秉钧思想上忠于清室，恐不能按其意旨行事，故而对赵秉钧并不十分信任，于是就任临时大总统后另组特务机构，分为若干小组，洪述祖便是组长之一，负有监视赵秉钧之使命。[128]在《张謇传记》中，刘厚生写道：
世凯做了临时总统之后，自己另外组织特务机构，化整为零，成为若干组，每组八人至十人，或五、六人不等，均由自己直接指挥。并命令其中每一个组长，暗中监察赵秉钧本人及其所管辖各特务之举动与行为，秘密报告。至于在北京、天津之官吏与军人，亦在世凯直接指挥特务监察范围之内。所以主持暗杀宋教仁之指挥者洪述祖，即是世凯部下小组组长之一。[129]
刘厚生又写道：“据我所知，袁世凯自任总统后，即招募许多特务人才，组织特务小组二十余个单位，都由世凯自己指挥，其中颇有原在赵秉钧部下当差的人物。洪述祖或者走别的路子，投到此二十个小组之中，做了一个组长。”[130]此种内幕，虽然仅见于刘厚生之记述，但刘与当时南北政界人物多有接触，且与洪述祖亦很熟悉，因此不能完全以空穴来风视之。除刘厚生所述外，袁世凯对赵秉钧产生戒备心理更为重要的原因，当与清末民初政治的剧烈演变息息相关。袁任直隶总督时期，赵是助其办理警政的得力干将；武昌起义后，清廷被迫起用袁担任内阁总理大臣，赵受命担任民政部首领，彼时的赵秉钧，毫无疑问也是袁的“心腹人物”。但随着民国建立，党派林立，各党各派的角逐较之清末更加公开激烈，身为临时大总统的袁世凯，在羽翼未丰之前，需要谨慎应对复杂局面。赵秉钧性格圆滑周至，颇能周旋于各方势力之间，因此，袁世凯很需要他来充当“场面人物”，但同时袁对他也就不可能再像往日那样放心。特别是赵秉钧加入了同盟会（后改组为国民党）这个对袁独揽大权构成最大威胁的政党，[131]这就使袁对其不能不加以戒备，安插洪述祖在内务部监视赵秉钧，也就不足为怪了。准确把握袁、赵、洪三人的微妙关系，对于判断各人与宋案可能的牵连程度甚为重要。
关于袁、洪特殊关系，还有一些不实说法流行。如蔡东藩《民国通俗演义》说袁世凯除正室外，还有姬妾15人，其中六姨太洪氏，“乃是宋案正凶洪述祖的胞妹”，极受袁氏宠爱。[132]一些野史、小说当中也多有类似说法。如《申报》就曾刊登广告，介绍过一种题为《洪宪宫闱秘史》的书籍，称“书中以洪妃（即洪述祖之妹）尤为全书出类拔萃之人才，又为袁氏始终擅专宠之人，读之令人拍案叫绝。卷首冠以彩色铜版各妃肖像多帧，栩栩欲活，外间从未见过，并有当代文豪李定夷及李涵秋先生等序文”。[133]此《洪宪宫闱秘史》，即《洪宪宫闱艳史演义》，书中有“洪述祖恃妹为奥援”一节，称“洪幼年失怙，依寡母以居，无弟昆行（或云曾有一从兄），仅一弱妹”。袁世凯在小站练兵时，洪述祖正在天津某洋行为练习生，因承办军装皮件而得与袁接近。其时洪“妹已十九龄矣，貌极妍丽，性质尤狡黠，能以目听，以眉视，工口给，每出一言，辄令人解颐”。洪述祖乘机将胞妹赠与袁世凯为六姨太，“袁爱屋及乌，对于洪亦特别青睐”，“洪妹随袁二十年，而自初至终，迄未失宠”。[134]袁世凯小站练兵是光绪二十一年（1895）以后的事，而如前所述，洪述祖与袁世凯早在甲午战前就在朝鲜认识了。另据袁克文《诸庶母传》，袁世凯共有九房姨太，其中并无洪氏，六姨太为叶氏，系江苏丹徒人。[135]更能说明事实的是，洪述祖9个月的时候，其父便在咸丰十年太平军进攻常州时战死，洪述祖有妹妹的可能性不大，即便有也早就死了，因常州城陷前洪家17口人联袂投水，除了洪述祖和其母被人救起外，其余均已遇难，根本不可能有一个到甲午战后才19岁的妹妹。洪述祖后来为其母撰写行略曾详细记述母子二人相依为命的生活，当中也未提到过有个妹妹。[136]因此，说袁世凯有个宠妃乃洪述祖胞妹，不过是坊间谣传、杜撰而已。但此种传说能够流行，正反映了袁、洪关系非同一般。
辛亥鼎革前后的一系列隐秘史实表明，洪述祖不但是北方与南方（通过赵凤昌）联系的中间人之一，而且率先拟出清帝“退位诏书”，主张停战议宪，实际上成为唐绍仪、袁世凯等人在清廷与南方革命党之间折冲樽俎的指导性策略。而后清帝退位，革命党妥协，袁世凯就任临时大总统，大都不出其所策划。可以说，洪述祖是南北议和当中一个不显山露水，但发挥过较为重要作用的人物。袁世凯原本在甲午年与洪述祖相识之初，便对其才识非常欣赏，辛亥鼎革之际洪述祖的谋划，更让袁世凯对其刮目相看。在袁世凯走向权力顶峰的过程中，应该说洪述祖是有功劳的，这成为二人结成特殊关系的基础。
宋案发生前的洪述祖说到底只是内务部的一个小秘书，却可以“时往总统府”，[137]“声势炫耀，各部司员同为侧目”，以至于听说其与宋教仁被刺有涉后“人人称快”，[138]足见洪、袁关系密切程度。这样一种最高统治者和“小人物”之间的关系，看似不可思议，实则与传统中国政治的实际运作十分相符。政府运转首先要解决人事问题，其中往往包含两个方面。一方面，当权者需要综合考虑各种因素，平衡各种力量，通过安排“场面人物”来组织政府，使政府得以运转；另一方面，当权者为了达其真正所欲达到的目的，又需要通过安排“内线人物”来进行幕后政治运作。场面上的运转需要“红人”，幕后运作需要“私人”。洪述祖声名不佳，属于“小人”之流，郑孝胥称之为“小有才之邪人”，[139]但因系袁之“私人”，故袁用之，目的之一就是要其在幕后对付政敌。但用“小人”者，往往又要冒受制于“小人”之风险，这是分析袁世凯与洪述祖的关系，特别是分析洪述祖的所作所为给袁世凯所带来的负面影响时需要特别注意的。