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很多有钱人都仿效国王建造游艇。其中莫当特勋爵（LordMordaunt）便是一例，勋爵在1681年建造了一艘排水量超过500吨的游艇。
虽然常有资金缺口，约克公爵的海军管理还是为办公行政设立了新标杆。下达给海军部和其他部门的指令都有严格的标准，堪称近代职业分工的先驱。海军部任命造船专家为海军技术监察员，还有专门的会计担任司库，部门成员也更为专业。值得注意的例外反倒是佩皮斯本人，他既非水手，又不懂造船——他可以被视为早期公务员传统的典型：是个局外人，但有其特殊才智能贡献局中。佩皮斯的会议记录往往能够触及谈判转承精要，因而有别于人。他更是海军账簿的发明人，其表格体系能将纷繁复杂的海军物资流动清晰明确地记录在册。
查理二世治下的海域也不得安宁。1664年，查理并不想与荷兰开战，但是议会的好战之徒却窥测到了建立帝国、扩展贸易后的美好前景。在殖民地方面，罗伯特·福尔摩斯上尉（RobertHolmes）占领了非洲西海岸的戈里（Goree）；在北美，理查德·尼科尔斯（RichardNichols）到达了一处狭小偏远的荷兰殖民地，当地人口约1500人，据说每4座房屋中就有1座是小旅馆，但恰恰是此地坐拥了世界上最为优良的自然港口之一，与内陆也能方便交流。
据塞缪尔·德里苏斯牧师（SamuelDrisus）回忆：
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8月26日，4艘满载船员的护航舰到达诺斯河（NorthRiver）湾，靠近斯塔滕岛（StatenIsland）的地方。他们手握大不列颠国王颁发的特许证或委任状，遂得以凭借尊贵的陛下之名占领此地……如果遇到抵抗，他们会炮轰、血洗，以掠夺和流血的暴力方式硬夺。36
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荷兰人并没有试图包围新阿姆斯特丹。事后，为彰海军元帅之功，此地更名为新约克（纽约）。纽约曾在1673年的海战中被荷兰人夺回，但英格兰以苏里南（Surinam）为筹码换回了纽约。时至当时，纽约已经成了大英帝国在北美的中心，而不再是荷兰帝国的一处边角。新建的码头鳞次栉比，贸易兴隆。到17世纪末，纽约人口已然翻了3倍，而这仅仅是这座城市崛起为世界都市的前奏。
回到英格兰国内，议会通过议案，筹集250万英镑战款，意与荷兰一决高下。战争从1665年2月正式开始。虽然对强征入伍是否合法仍存争议，但战火一旦燃起，政府只可能竭力征兵。1666年7月，佩皮斯在伦敦塔亲眼看到人们如下的表现：
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但是主啊，那些泣不成声的妇女们，是我从未见过的自然表达的悲怆——她们痛哭着、奔走着，逐列逐队找寻她们的丈夫；每一次帆起舟行都能让她们惊慌失措，就怕自己的爱人也在其中；船终要驶远，那就目送至日落月升，再也不见。这样的场景，谁能无动于衷，谁不肝肠寸断。
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撇开心中凄凉，佩皮斯对征兵的合法性也心存疑虑：“但见那些穷苦、伤病的劳动者和房主被陌生人强行带走，远离同样穷苦的妻儿老小，确实让人泣然；没有资金补助的强征显然于理不顺，于法不合，这是真正的暴政。”37
1665年6月，英荷在洛斯托夫特（Lowestoft）首次交锋。从上一次的失败中，荷军吸取了颇多教训：他们也建造了吨位巨大的战船，也学会了一字阵形的战术。如今，双方都是巨轮相向。6月3日，约克公爵及其叔父鲁伯特亲王率领了109艘战舰，在距离洛斯托夫特40英里处与荷军舰队相遇。此时，荷军亦有战船103艘。这场战役英格兰完胜：荷兰旗舰毁于英军炮火之下，另有7艘被焚、9艘被俘。英军本欲乘胜追击，但是夜间，公爵的一位近身随从前来下令，命众将领停止追击，但是命令下达的理由却从未公之于众。人们内心疑窦骤起，都怀疑起公爵对国家的忠诚度，毕竟公爵之妻就是个天主教徒。
次年，已受封为阿尔巴马尔勋爵（LordAlbemarle）的蒙克与鲁伯特亲王一道统领舰队。1666年1月，法国也对英宣战，这让查理相当煎熬，他亲爱的姐姐安妮公主嫁的正是法王路易十四的胞弟。在腹背受敌的情况下，国王非常不明智地将舰队一分为二，由蒙克统率2/3的船只对抗荷兰；而鲁伯特指挥剩下的1/3提防法国。1666年6月1日，荷兰再度来犯。据杰里米·罗克上校（JeremyRock）称，这次战斗“是海战史上最为可怕、顽固、血腥的一场……在烈日炎炎下，在焚船的星火内，在炮火轰鸣中，灼热远胜于普通的酷暑之燥。我们仿佛置身炼狱”38。而在蒙克的船上，爱德华·巴洛也受了伤：
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参战不过一小时，荷军炮弹便击中了船侧，我右腿腿窝处也被弹片殃及。我当时便站立不住了，但是谢天谢地，击中我的还只是碎片，若是炮弹，恐怕整条腿就废了，也幸好没有更多的伤害……右腿的肿胀让我无法继续作战，只得下船舱与其他伤员待在一起。他们或缺胳膊少腿，或奄奄一息，或疼痛呻吟，惨不忍睹……39
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3日后，鲁伯特亲王率军支援蒙克，但两队人马此时都已筋疲力尽。这场战役史称“四日战”（FourDaysFight），原因大概是这泰晤士河口的弹丸之地都没有一个响亮的名字能用以命名。
7月25日，圣詹姆斯节当天，英荷两军在原地再次交火，此时的英军已经整装完毕。罗克上校对于有幸参加此役深感荣幸：“两军此次海战之盛况当荣耀史册。一对一的战法前所未有，战斗之英勇不受抑制，逃遁之懦弱却不得机会。”40英军出动战舰89艘，荷军的船只虽然体形略小，但数量也达到了88艘。激战后，英军以损失40艘战舰的巨大代价险胜。荷兰在船只方面的损失要少得多，但是将领伤亡惨重。无论如何，经此一战，英国人民心大振，真的开始相信自己确实就是海上霸主了。
罗伯特·福尔摩斯爵士袭击了荷兰位于弗里西亚群岛（FrisianIslands）的船运所，又焚毁了泰尔斯海灵岛上（Terschelling）的小镇。之后不到一个月，伦敦遭遇巨大火灾，荷兰人视之为天谴，拍手称快。加上前一年的瘟疫，查理政府在国内已受到两次危机考验。而即将到来的第三次，将与海军息息相关。1666~1667年的冬季，大部分船只都照常闲置休整，之前议会准备的250万英镑战款用到此时，已经捉襟见肘，再要筹集，似乎又难如登天。开春后，政府屈服于财政困难，停止了海战，转而向荷兰寻求和谈。荷兰对此的回应直接而强硬：袭击了希尔内斯（Sheerness）建了一半的边卡堡垒，进入了梅德韦河。他们穿过河链，摧毁了停靠在查塔姆码头的船只。荷军这次行动的最大目标是俘获当年迎接查理归国的“皇家查理”号，据说，当时船尾的火炮还身披着带有皇家徽章的华盖，象征着复辟的王权。到今天，这艘船还在阿姆斯特丹的皇家博物馆（Rijksmuseum）展出。佩皮斯于事发两个月后巡视此处：
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我们乘坐驳船，于大雨倾盆中到达河链处。一路上，目之所及都是船体残骸，“皇家橡木”号（RoyalOake）、“詹姆斯”号（James）、“伦敦”号（London）依稀可辨；周边还有其他沉船，荷兰3艘战船由于未能及时逃脱，也被焚毁其中；岸边还有浮尸数具。而河链的一端尚紧系上游，其余部分已漂散于河面——究竟毁于何处，无人知晓。41
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查塔姆码头的总督彼得·皮特（PeterPett）遭到责罚，理由是他没能及时将船移至上游，以免遭敌军袭击。在枢密院的审问中，佩皮斯应对轻佻，“穿着老旧，举止可笑”。对于人们举报他曾擅用码头船只去保护自己的私人财产一说，佩皮斯称之为“无稽”，那些“私人财产”都是他的船模，事关设计机密——“而他真的觉得荷兰人会为了他的船模更费周章”——引得枢密大臣一阵耻笑。
诗人安德鲁·马维尔（AndrewMarvell）深感整件事疑云重重：
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谁煽起战火？……谁纵虎归山？……谁养船于内？谁又空城无备？……到底是谁，让查塔姆的船只曝于敌下？42
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马维尔每一问，答案似乎都昭昭然，直指皮特。但稍加推敲，便能理会马维尔的深意：一只羔羊替不了全部罪行，根源还在于不列颠的政治体制已病入膏肓。叛国者怕是国家栋梁。
1670年，查理秘密签下《多佛协定》（TreatyofDover），其中部分条款甚至欺瞒了他的亲信大臣。依据协定，他将得到路易十四的资助，条件是日后某时他要宣布皈依天主教——既然信仰一致，那路易自然有义务在英民反抗时协助镇压；查理也有责任帮助路易摧毁荷兰共和国。
1672年，英军先下黑手，掀起了第三次英荷战争的序幕：荷兰一舰队满载货物，从土耳其的士麦那（Smyrna）起航归国，途径英吉利海峡，遭到英军伏击。虽然荷兰在过去的几十年中几乎是英格兰的全民公敌，但自统一后不断扩张的法国，对英格兰来说才是更为可怕的威胁。
查理开战并没有取得民意的支持，所凭借的只是那个时代特有的自恃权威的狂妄。即便算上海军这一块，路易十四统治下的法兰西与英格兰也毫无共通之处。相较于伊丽莎白温和的新教主义，法国的天主教残暴固执。在伦敦等地的胡格诺难民紧密成团，时刻准备让英格兰人牢记一个世纪前的圣巴托洛缪大屠杀（MassacredelaSaintBarthélemy）。在这场人祸中，近3万新教徒不幸遇害，更多的人逃往了英格兰。法国的君权是绝对的，路易的政令不会受到议会的干预。在英格兰人看来，这就意味着法王可以任意征税。而英王若有意仿效，那定会重蹈40年前的覆辙，英格兰也将再次因为船费和其他税费深陷内战泥淖。即便在和平时代，路易的常备军规模也相当可观，但查理手下的常备军数量受限，只有禁卫军配备了数队人马。由于克伦威尔及其军中将领的统治施压，税收征集也无须议会同意。法国拥有高效的官僚机制，而英格兰还在仰赖佩皮斯等个人的聪明才智。路易竭尽所能地巩固其在法国的统治，律师、谱系学家、历史学家纷纷出动，否认、瓦解地方权贵和没落亲王的特权。而如今，法国更是着手军备，营建海军，但这也没能让英法两国有何相似之处。法国显然不需要海防来保家卫国，因为英格兰或是其他任何国家都不可能从海上入侵法兰西。法国海军的任务就在于耗损他国，以长法兰西帝国之威，控制欧洲，制衡英、荷。
查理寄希望于战场小胜来挽回颜面，却未能如愿。1672年5月，在萨福克（Suffolk）岸边的一场战斗中，佩皮斯的赞助人三明治伯爵（LordSandwich）遇害，法国允诺的支援又不知所踪。英荷在荷兰海岸边交战三回合，仍不见高低。荷兰自淹领土，以防法国由内陆偷袭。在《宣誓法案》（TestAct）颁布后，英格兰对天主教徒的禁令更为严苛，英格兰国内也不安稳。法案对天主教徒决绝以待，约克公爵被迫辞去海军元帅的职位。国王将海军大权握在自己手中，此中受益最大的是佩皮斯，他被升任海军部大臣，成为事实上的海军元帅。最终查理还是退出了战争，他的政权到此时已不堪一击。除却宗教问题，海军活动和财政资金，准确来说应是这两方面的运作不善，使得国王站在了议会和民意的对立面，矛盾也越来越深。英荷战争对英格兰海军的影响很复杂，虽然早先的胜利很快被政策上的失误所取代，但是相较于上一场海战中德雷克率领的半海盗式的武装组织来说，此时经历过战事洗礼的英格兰海军确实更为先进团结、守纪高效。