1651年10月，英格兰议会通过了《航海条例》（NavigationActs），“为了促进这个国家的船运和航海事业，在神意和神佑之下，这个国家的财富和安定皆源于此”。条例规定，外国商品出入英格兰或其殖民地时，必须经由英格兰人自己的船只或殖民地船只运送。这对于荷兰是一直接打击，因为荷兰正是靠远航运输才得以发家致富的。在主要由天主教君主统辖的欧洲，英格兰和荷兰同为例外，都是新教共和国。即便如此，这一条例的出台也足以让两国心生嫌隙，矛盾骤升，并最终于1652年诉诸战争。这可能是海战史上最为重要的战争。双方均未曾考虑要去占领对方的陆地领土。这一场英荷战争，一如之后的两场，对双方来说都是惨烈硬仗。无论处于何种劣势，双方都未尝撤逃。战斗多在北海南端的狭窄水域或沙洲地带进行，因而双方不可避免地只能正面攻击和迎战。由于荷兰过度依赖海上贸易，所以它无法像数十年后的法国或德国那样坐守港湾，它只能靠强行突破英格兰的口岸封锁来寻求生机。
1652年夏，海军司令罗伯特·布雷克（RobertBlake）分别在多佛海峡和泰晤士河口两次战胜荷军。12月初，他又在邓杰内斯角（Dungeness）附近遭遇荷兰舰队。这支舰队由著名的海军上将马顿·特伦普（MartenTromp）率领，约有战船80艘，并由一支强大的护航舰队护送。而此时布雷克麾下只有战船42艘，勉强在吨位庞大上取胜。正因为此，双方从火力上看算是势均力敌。布雷克船队中的战船多数缺乏人手，所以在战时屡屡畏缩不前。战斗中，布雷克自己所在的“凯旋”号（Triumph）被击毁，2艘战船被俘，而“先锋”号（Vanguard）和“胜利”号勉强逃过厄运。这一场战败将海军所有的缺陷暴露无遗。其中最为严重的当属军官的违规反纪——42艘战舰中“竟有多达20艘谎称人手不足，拒绝参战”。布雷克写道：“思想上的怯懦卑劣不单是商人特质，国家的队伍中也有蛀虫。”28
为了整饬军纪，议会通过法令强制规范海军。3日后，议会起草《战争条例》（TheArticlesofWar），并于1652年圣诞节开始实施（因为清教徒并不庆祝这类节日）。这一条例足以威慑逃兵，因为在总共39条法令中，有13条明文规定违者唯有“以死处之”，又有12条声明军事法庭有权宣判死刑，或视案件轻重酌情处置。在随后的年月中，这份条例逐渐成为压迫普通海员的巨石，虽然其初衷是为了整顿上校一类的军官。对于当时上校容易触犯的违纪、叛国、怯逃、顶撞上司等罪行，条例中所规定的刑罚分外严格。
同年12月，海军还实施了其他改革以正军心。伤员的境况得到很大改善。为了鼓励民众入伍，议会再次同意提高海军的薪金。结果据多佛港口所报：“……自议会允付薪饷，并征民入伍上船，前来响应之青壮络绎不绝。”29
自12月起，乔治·孟克（GeorgeMonck）和理查德·迪恩（RichardDeane）与布雷克一道成为海军指挥。但是英格兰海军在战场上仍无作为：2月在波特兰的战斗中，荷兰发现并利用了英军小分队独立行动时的漏洞，抢获先机，足见英军指挥失当。英军士兵眼看战斗中众船四处流窜，内心也颇为恐慌。迪恩精于炮术，洞悉船只作为发射平台的价值；孟克长于陆战，对一字列队的阵形情有独钟；布雷克则海战经验丰富。他们三人齐力，于1653年3月底为海军制定了新的《战争指南》（FightInstructions）。其中最为重要的一条便是要求“各小分队的每艘船只都要尽力与自己的主舰队保持同一直线。船队以一字排开的阵形向前进击”。这一战术首次试用于6月初的一场战斗中。两军于泰晤士河口岸的加伯德（Gabbard）滩上相遇，
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……英军在敦刻尔克上游发现荷兰船队，当英军靠近荷军时，恰顺风，遂疾行，不到半小时便只离荷军两倍炮程。随后，英军在距荷军半炮程处呈两列横队排开，这便是他们的新阵形。以此队形，英军于当日尽显威风，猛轰荷军。击沉荷军战船两艘，堪称全胜。傍晚时分，“特伦普”号（Tromp）本欲乘风反击，但无奈风向转变，未遂。之后整整两日的风向都不利于荷军。荷军只得掉头缓慢归去。第二日，英军仍采用相同阵形，并拒绝与荷军平等较量，将荷军困在海湾内，围攻之，直至自己船队出现无序和违规，才开始使用护卫舰作战……30
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此次战役成为英荷海战的转折点。荷军于6月在自家斯海弗宁恩（Scheveningen）海岸又与英军一较高下，却损失了伟大的领头舰“特伦普”号。10月，和谈开始。
“一字阵形”同时还是战术史和造船史上的转折点。该阵形要求所有主战船在应对最强大的敌军时，都当足够牢固以排成一字。这就要求战船最少也得有两层甲板，结构坚实、武装完整，且在体形上要比绝大多数商船庞大许多。自此往后，海军的实力就以战列舰数量来衡量了。甲板不再是战时重地，此时的战船开始充分利用船舷两侧的火炮，而不再使用位于船头、舰尾的舰炮。由此，舰炮也开始退出战场。恰好，大部分英军战舰已经习惯于一字阵形，查理一世时期建造的巨轮，如“海上霸主”号等，此时也都武装到位。一如塞缪尔·佩皮斯所言：“所有那些我们用以抵御荷兰的舰船都是由圣上（查理二世）之父查理一世所建。”31与此同时，护航舰也更具战斗力。新型的战斗机器不断被生产出来并投入战斗，却仍是供不应求。1649年建造完成的“演讲者”号（Speaker）武装有50门火炮，就是一字阵形中典型的双甲板船。
对荷战争的胜利并没有给共和国带来安宁。普莱德（Pride）上校清洗了议会；奥利弗·克伦威尔也在1653年夺了大权，一跃成为尊贵的护国公。保王派的私掠活动依旧频繁，苏格兰的叛乱又揭竿而起。与西班牙一战后，共和国攫取了牙买加，而不是克伦威尔原先属意的更为富庶的伊斯帕尼奥拉（Hispaniola）。由于战事连连，政府与海员的关系又开始恶化。除了涨薪诱引，似乎只有强制一法来征召船员。而这种强征在伊普斯威奇（Ipswich）地区遭遇了严重反抗。当地镇长告诉征兵官埃德蒙德·柯蒂斯（EdmundCurtis）上校说，港口除了有免役资格的船主及其雇员外，水手人数寥寥，实难寻觅。柯蒂斯并不相信镇长的说法，因为就他所见，河上有船至少百艘。第二日，在未通知镇长的情况下，柯蒂斯带领一队武装士兵强征海军：“但是当我们逮住了一两个水手，强迫他们入伍时，小镇居民愤而反抗，扑倒了我们的士兵，救下水手。这就意味着武力冲突下，文明不再。”诸如此类的事件在其他港口不断发生。很明显，共和政府不再享有水手们的拥戴了。
克伦威尔死后，其子难堪大任。孟克回归旧职，重掌军队以支持王权复辟。爱德华·蒙太古（EdwardMontagu）曾是克伦威尔在亨廷顿郡的邻居，1656年被安插入海军，用以制衡共和党人。1659年，蒙太古在一起保王党阴谋案中与保王派勾结。次年，他被任命执掌海军，以确保海军部的归顺。对于共和党派的官员，蒙太古采取驱散或下放远调的措施以绝后患。
1660年5月，蒙太古亲自率队，驾“内兹比”号（Naseby）旗舰前往荷兰，恭迎王子查理回国，复辟王位，称查理二世。蒙太古的远房穷侄塞缪尔·佩皮斯作为秘书随队出航。爱德华·巴洛（EdwardBarlow）也在船上，有幸目睹了迎接国王的盛况，
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当陛下甫及船边，船上众人便欢呼雀跃。人们挥舞礼帽、掷入海中，都难表再见陛下之激动。随后，陛下登船，70多座礼炮鸣响三巡……旗舰鸣炮仪式后，随从船队开始鸣炮。一时间，空中炮声轰隆，仿若暴风骤雨突然到来。32
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思及查理二世统治时期未曾停歇的战火，这一火热的欢迎似恰如其分。“内兹比”号这艘以克伦威尔的伟大战役所命名的战船很快被更名为“皇家查理”号（RoyalCharles）。而佩皮斯将这一举措解读为共和国的落幕雪藏。曾与克伦威尔一道征战披靡的共和军领袖，此时被缚绞架，惨遭火刑。蒙太古获恩受封为三明治伯爵（EarlofSandwich），而佩皮斯也升任高级高军军官——海军部书记官。
查理二世接手的海军规模几乎是其父统治时期的3倍，拥有更为先进的船只，更为严明的纪律，更具策略的战术。1652年以来的战术指导思想还在，但是共和国议会所颁布的法律条例却不再有效。为此，复辟后的议会颁布了新的《战争条例》，以做补救。新的条例与1652年的相比可以说并无差别。更为严苛的航海条例也随即生效，将原先只针对进口商品运输的限制推广至出口商品。在接下来的两百年中，航海条例几乎就是英格兰商业政策中的重中之重，其主要目的便在于以运输业的强盛来给养国王的海军。
佩皮斯是海军部中的一员，负责船队的物资收支。他所从属的海军元帅或是海军委员会则担当战略决策之责。很快，佩皮斯就为查理二世的人格魅力所倾倒，他曾在下议院发言：“自国王亲督船造以来，船业技艺精益之速远超往昔，领先之姿跃然，码头港口新兴。有史以来，航海之业从未如此蓬勃。”33欢欣之余，佩皮斯也看到了国王的享乐无度。1662年10月，他听闻国王与其情妇卡斯特尔梅恩夫人（LadyCastelmaine）相处的时间远胜于王后；数月之后，他又听闻“国王只道寻欢作乐，憎恶所有正经之事、严肃之思”——可能航海事务是个例外。英格兰于1667年遭遇了严重的海上危机，国王却传出与其情妇彻夜玩闹的丑闻，他们“疯狂地追扑一只可怜的蛾子”34。
塞缪尔·佩皮斯（1633~1703）
从表面上看，佩皮斯出身卑微。1633年佩皮斯出生时，父亲是个裁缝，母亲是屠夫的女儿。由于姨妈嫁入豪门，其表兄爱德华·蒙太古方能升任共和国海军军官。佩皮斯凭借奖学金进入剑桥大学莫德林学院（MagdaleneCollege）学习，并自1654起，在蒙太古手下做事。后娶贫苦的法国天主教移民后裔之女伊丽莎白·米歇尔为妻。著名的佩皮斯日记开始于1660年1月1日，这一年也果真值得铭记。5月，他跟着蒙太古的船队将流亡在外的查理二世接回国，并当上了海军部的书记官。
就像日记所展现的那样，佩皮斯在生活、工作两方面都能顺心遂意，即便在最险恶的政治环境中也能游刃有余。很快，他开始鄙夷希兴里（SeethingLane）海军办公室里的那些同事，他们多是水手出身，对陆地上的事务一知半解。佩皮斯煞费苦心学习，各个领域都有所涉猎。佩皮斯的挚友，造船工程师安东尼·迪恩（AnthonyDeane）给了他一份造船学手稿，并赠言：“不掩藏任何可以壮大实力的东西。”在成功避开第二次英荷战争中的事故责任后，佩皮斯的官位更加牢固了。
佩皮斯发现周遭腐败之风盛行，自己也难以明哲保身；但好在他能分清何事会对海军造成实际损害，从而不去触碰底线。
佩皮斯不但做事高效，也注重细节。他开始思考海军改制的一系列问题，并富有远见卓识，其中包括：官员的职业化、先进技术在舰船制造中的应用、修船厂的服务能力以及支持全部工作的财政运作。尽管世事不尽如人意，他的性格也并非完美，但他确实为了改革海军鞠躬尽瘁。
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塞缪尔·佩皮斯，根据戈弗雷·内勒（GodfreyKneller）爵士1689年的绘画雕刻而成。1689年，佩皮斯离开他的书记官职位，进入了海军部委员会。（康威）
佩皮斯害怕记日记影响视力，便在1669年停止写任何东西。次年，妻子伊丽莎白去世。他继而与玛丽·斯金纳（MarySkinner）私通，她哥哥曾为清教徒约翰·弥尔顿（JohnMilton）效力。因此他生命中两个重要的女人，一个信奉天主教，一个又为清教徒，是当时截然相反的两个极端。然而佩皮斯的女人又何止两位，他一生风流韵事无数，甚至与女仆都曾有染。除此之外，他还热爱戏剧、音乐和美食，总能在繁忙的工作之余，尽享生活。
1673年，约克公爵下台，英王接管海军大部分工作，佩皮斯升任海军大臣，并通过竞选成为下议院议员，以此来扩大影响力。他资助了英国皇家学会（RoyalSociety）、三一学院（TrinityHouse）和皇家数学学校（RoyalMathematicalSchool），但佩皮斯最卓越的贡献还在于1677年建立起了官员结构规范，并且影响议会通过法案又新造了30艘舰船。
1679年，在“教皇阴谋”的可怕迷雾中，佩皮斯和迪恩因被指控向法国泄露军事机密而锒铛入狱，被关押在伦敦塔内整整一年，直至罪名得以澄清。
1683年，佩皮斯将转移到丹吉尔（Tangier）的移民事务料理妥帖后回到政府岗位上。虽然一如既往地夸大自己的成就，佩皮斯还是于1684年被重新任命为海军大臣，并且建立了特别委员会，整修近几年来疏于维护的海军舰船。当约克公爵继位，成为詹姆斯二世时，佩皮斯仍留任原职。虽然他驳回了詹姆斯亲天主教的多项政策，但其权势在新政权下仍日渐壮大。
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在格林尼治俯瞰德特福德（Deptford）的照片，由老简·格蕾菲尔（JanGriffier）画于17世纪末。自左向右分别是：英国皇家天文台、圣阿尔菲奇大教堂、英女王官邸和海军医院第一街区。（国家海事博物馆，BHC1817）
但是在威廉和玛丽上台执政后，佩皮斯被迫卸任，此后的14年间都过着退休生活，曾经规划要撰写的海军史也不了了之。1825年首次出版的佩皮斯日记，倒是堪称海军史中最为详尽的作品。日记中，佩皮斯分明是一位追求享乐、风流多情的男子，断然看不出曾位高权重，甚至为18世纪英国海军的发展定下了基调。
国王胞弟约克公爵詹姆斯被任命为海军大臣，全权统领英格兰海军。
在随后几年中，佩皮斯得以近身了解詹姆斯。虽然詹姆斯的个人魅力和才智不及其兄，但他对海军的一片赤诚及其兢兢业业的态度也让佩皮斯诚服。由此看来，兄弟二人对船业的兴致倒是一致。在回国时，荷兰曾赠予查理一艘名为“玛丽”号（Mary）的帆船，由此英语中引入了一个新词“yacht”（游艇）。此后，国王建造了更多的皇家游艇（多以其情妇之名命名）。佩皮斯手下约翰·伊夫林（JohnEvelyn）在1661年10月的某篇日记中写道，
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今晨与陛下同乘帆船（或称游艇），这是陛下众多游艇之一。游艇本是荷兰之物，用于游玩赏景甚佳；在荷属东印度公司赠予殿下之前，英人未曾见闻。今日，此艇将与陛下另一艘新建的护航艇以及约克公爵的船竞航，赌注为100英镑，航程从格林尼治到格雷夫森德（Gravesend）一个来回。陛下的游艇在去航时由于风向作弄，稍显落后；但在返程时顺风得胜。35