29日，蚌埠方面倪嗣冲首先宣布独立。随后河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省纷纷响应宣布独立。这次北洋各省宣布独立，和以前南方各省宣布独立的性质完全不同；以前是南方各省反对北京政府，这次是北洋军人反对北京政府、以前的北京政府是掌握在北洋军阀大头子的手里，而此时的北京政府只有一个赤手空拳的总统，坐困公府，毫无抵抗力量。
由于北方各省宣布独立，新任阁揆的李经羲只好躲在天津租界不敢出来。黎迫切希望李到北京来就职，派公府秘书长夏寿康、军事顾问金永炎到天津专程迎接，又派直系军人江西督军李纯前往劝驾。黎竟然把李当作是解救时局危机的唯一救星，以为只要他肯到北京来就职。就可以取得张勋的实力援助，制止独立各省进兵北京。可是这个久已想做国务总理的李经羲，当国务总理已经到手的时候，却又没有做国务总理的勇气，一会儿说要往北戴河避暑，一会儿又说愿意让位于王士珍，坚决不肯来京。
另一方面，下野在天津的段祺瑞却又门庭若市，研究系、交通系以及亲日派纷纷奔走其门。研究系完全倒向段的方面，大批研究系国会议员纷纷辞职离京，汤化龙也辞去了众议院议长，以拆国会的台。段决定在天津组织临时政府，推举徐世昌为陆海军大元帅，一俟独立各省会师北京逐走黎后，即召集临时国会推举徐为临时大总统。关于组织临时政府的问题，段已通电北方各省征求意见，只等回电一到，就要袍笏登场。临时政府阁员名单也已排好，包括研究系、交通系和亲日派各方面人物。徐世昌自己写了就大元帅的电文，打算交段审阅，只因张国淦、钱能训等都主张静观一下，所以才没有交出去。
这期间徐树铮还在徐州参加第四次徐州会议，段尚不知道徐州会议的内容。当然，如果段的临时政府计划没有徐州会议这群军阀的支持，是无法实现的。
段祺瑞想组织一个民国形式的个人独裁政府，张勋则想组织一个帝国形式的个人独裁政府。张绝没有替段抬轿子的意思，何况他在此一时期所处地位比段有利，段虽然名高位重，却和军队脱离日久，手中没有实际的兵权，又有黎元洪和国会与他作对。张勋这时是未变矫龙，他手中有兵，有权，有地盘，各省督军推他为盟主，唯他马首是瞻，而黎也敷衍他，国会也没有和他决裂。因此张当然走他自己的路，他在徐州会议上取得了参加会议各省赞成复辟的保证后，当然不愿意在天津又出现一个临时政府。所以当段来电征求他对组织临时政府一事的同意时，他于5月30日致电给徐世昌、段祺瑞，公然用命令的口吻告诫他们说：“不得于通常名目之外另立名目。”由于他的强有力反对，遂使天津的临时政府计划流产。
就在这个时候，徐树铮由徐州遄返天津，把徐州会议内容向段提出了报告，为了应付徐州会议后的新情势，段作了一个应变对策，暂时不反对复辟，甚至必要时伪装同意，以鼓励张勋放心而大胆地进行复辟，借张的发动以驱逐黎元洪，来达到段逐黎的目的，等待张宣布复辟，段便立即抬出拥护共和制度的大旗，起兵打倒张勋，这样一来，既赶走了黎，又有再造共和之功，则政治主流抓在手中，是段重整旗鼓，卷土再来的一大妙计。
这个计划非常高明，当时却保持高度的机密。可怜的张勋怎知螳螂捕蝉，却有黄雀在后呢！
独立各省的情况是千奇百怪的，首先独立的倪嗣冲自命为北洋派中的李烈钧，他在宣布独立的艳电中仍然称黎为“我大总统”，仍然说他是“拥护中央”的。但是他的侄儿倪毓棻同天发出来的艳电，却有“誓师北伐”的语句。倪军出兵的第一个目标，是想抢夺德州兵工厂，因此与张怀芝发生了矛盾，几乎引起冲突。
张怀芝由徐州回到济南，山东省议会议长当面质问他何以列名干预宪法，要挟解散国会，并且出席于非法召集的徐州会议，以后如果再有此行动，山东人民不能承认有这样一个督军。由于省议会的阻力，山东的独立一??推迟到6月1日才得实现。
在倪嗣冲宣布独立的前一天，张作霖发出勘电愤慨地说：“同志皆当世贤豪，何至不如蔡锷？”但是他本人也没有做蔡锷的勇气，因为他受着第二十八师师长冯德麟的牵制，不敢宣布独立。他在卅电中说：“项城逝世，海内属目段公而段公愿居今大总统之下，以相扶持。……奸人诪张为幻，广派密使，遂其阴谋。公府派少将周斌到奉游说，已予扣留，俾莠言无滥进之由，庶时局有澄清之望。……作霖当率辽奉子第，直捣京师，惩彼奸人，卫吾社稷。”他不但骂黎对段忘恩负义，并且电中所指的奸人彷佛就是“今大总统”。
一直到张勋致电冯德麟进行疏解之后，张作霖才敢宣布独立，并且派兵进驻山海关。
6年5月30日冯国璋在南京召集军事会议，表示态度说：“我的地位是副总统，应当辅佐大总统，并且服从大总统的一切措施。各省反对中央，我已去电加以劝阻，劝 栉扌В挥刑蛑醒虢饩觥！彼皇遣恢朗治薮缣闹醒耄ɡ瑁┒猿票姑母魇【敲挥邪旆ń饩龅模教蛑醒虢饩鼍褪遣扇∨怨厶龋踔粱瓜肜谜〉酶弊芡炒凶芡持叭ǖ幕幔卤朐ǖ缤闯夥朐谧芡秤肱讯街涞闹辛⑴桑⒔徊浇移品牍暗募倜婢咚担骸胺氩惶衷簦闯魍＃殛旒倘危看市槭危θ衔诼曳福滴锟摺⒄庞淘谄浯巍！蔽颂颖苋呗鄣墓セ鳎刖偷固钊掌诜⒈斫纾蚬崆氪歉弊芡骋恢啊?
直系的王占元在政潮中宣布中立，并且劝黎解散国会以息政潮。另一属于直系的李纯一直到6月5日还留在北京，黎想请他担任陆军总长，以便调停时局，他看见张勋就要带兵到北京来，时局已无调停之望，才于8日由京汉路南下回任。曹锟是唯一宣布独立的直系军人。他的地盘介于北京与独立各省之间。如果不宣布独立，将与出兵“北伐”的独立各省发生冲突，因此他在东电中说：“为保卫地方起见，与中央脱离关系。”他在文电中对黎毫无伤害。宣布独立后，他还经常地跑到北京来，是中立化的一种独立。
独立各省纷纷把省长赶走，首先是陕西省长李根源被陈树藩软禁起来，压迫他称病辞职。山西省长孙发绪原是黎一手提拔的，看见黎的地位摇摇欲坠，不惜厚颜无耻地迎合督军团的意见，发表冬电请废止《临时约法》，由各省代表组织制宪会议，在过渡时期推举徐世昌组织临时政府，但是他的地位终于无法保全，这个电报发出不久，就被阎锡山赶走了。
6月4日，李厚基派福州警察厅长、闽海道尹去见省长胡瑞霖，宣布他的手谕说：“现值军事时期，省长一职无设立之必要，请即克日离开”。5日，胡到督军署辞行，李拒而不见，派人致送路费2000元，并以保护为名派兵押解上船。
此外，独立各省普遍有任意扩充军队和扣留国税的现象。张作霖乘机成立了第二十九师，以吴俊升为师长。赵倜把京汉路局的全部收入截留。
在此时期，西南六省纷纷通电反对军人干政，反对解散国会。5月30日，湖南督军谭延闿通电主张调停，淮军老将姜桂题表示附和，并建议邀请冯国璋、张勋、谭延闿等到北京，与王士珍共同组织“调人会议”。孙中山则反对调停，电促西南六省兴师讨逆。国民党系的海军总长程璧光电劝独立各省取消独立，并表明海军始终保障共和的态度。李烈钧由上海到广州，拟率领在粤滇军张开儒、方声涛两师北伐。广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明与李烈钧联名发出通电，发起滇、黔、川、湘、粤、桂六省联盟，并建议公推陆荣廷为盟主，请陆到广东“主持至计”、“遵守《约法》、拥护共和为始终不渝之宗旨”，又请冯国璋“坚持护法之心”。唐继尧通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎为总统。
但是，西南六省内部也有问题，四川方面有川、滇军的冲突，广东方面有滇、桂军的暗斗。由于六省人民具有反对北洋军阀，反对内战的共同意志，并在孙中山的影响下，他们才不能不表示反对督军团的态度，其实并无出兵北伐的意图。
督军团宣称独立是“兵谏”，如果黎肯接受他们所提的解散国会、改正宪法、组织健全内阁、摒斥“公府佥壬”四个条件，就可以取消独立，向黎俯首认罪。所谓公府佥壬，不仅指公府军事幕僚处的一批幕僚，还有与黎接近的政客和国会议员在内。他们编造出“三策士”、“四凶”、“五鬼”、“十三暴徒”等名目：三策士指郭同、汪彭年、章士钊；四凶指丁世峄、哈汉章、金永炎、黎澍；五鬼指汤漪、郭同、汪彭年、哈汉章、金永炎；十三暴徒指褚辅成、汤漪、白逾桓、李述膺、何雯、凌钺、彭允彝、吕复、萧晋荣、韩玉辰、秦肃三、焦易堂、邹鲁。其中有些人是被重复排列的；有些人并非与黎接近的人物，所谓十三暴徒都是原属于国民党或与研究系不合作的国会议员。为了便于打击这些人，督军团把他们都列入“公府佥壬”。
督军团的兵谏是用以欺骗黎的一个口号，如果黎屈服，他们即借口总统威信已失而将黎赶走。这是徐州会议的预定计划。黎元洪这时还想采避重就轻的方法，接受其中一二条，如改正宪法、摒斥佥壬，以平督军团之怒；至于解散国会，对民国说来简直是一件大逆不道的事情，他就提出“不违法、不恋位、不怕死”九个字来表示不接受的决心。
由于黎的态度逐步软化，原属于国民党的国会议员纷纷避难南下或者躲在六国饭店里观望风色，属于国民党在北京的报纸纷纷停刊，研究系议员则有80余人提出辞职以拆国会的台，国会不待解散已经形成瓦解。公府幕僚哈汉章、金永炎、黎澍也都提出辞职，黎一律予以批准。连不在佥壬名单之内的公府秘书长夏寿康、副秘书长饶汉祥也都通电自请处分。但是黎的软弱不仅没有挽回时局的危机，反而助长了督军团的嚣张气焰，认为“兵谏”是打击总统的有效武器。
在督军团扣留路局车辆运兵北来的严重威胁下，困在公府的黎到处乞援求救，一再电请徐世昌、梁启超晋京进行调解，但是救兵请不来，徐以“杜门谢客”、梁以“与世暂绝”作为回答。5月30日黎向独立各省发出表明心迹的“告哀”电，并致电张勋说：“芝泉磊落光明，功在民国。……为谋必忠，爱人以德。……执事元老壮猷，万流仰镜。望即剀切劝导，以安大局”。6月1日他又发出东电质问督军团说：“今日为宪法而独立，则尚在二读之时；为元首而独立，则并无谋叛之事。”
黎又更番不休地催促李经羲到北京组织内阁。李不敢就职，但却劝黎电召张勋晋京调停时局。李认为张勋是督军团的大盟主，其力足以控制督军团；加以张勋未向北京政府宣布独立，因此具有居间调停的良好条件；张勋和他的私人关系很密切，如肯晋京调停，就能够加强他的内阁地位，并支援总统，澄清时局，正在这个时候，张勋有回电表示拥护总统，担任调停，因此黎于6月1日除派专车到徐州迎接外，并以总统命令召唤张勋晋京调停时局。命令说：“安徽督军张勋来电沥陈时局，情词恳挚。本大总统德薄能鲜，诚信未孚，致为国家御侮之官，竟有藩镇联兵之祸，事与心左，慨慊交深。张勋功高望重，公诚爱国，盼即迅速来京，共商国事，必能匡济时艰，挽回大局，跂予望之！”
6月2日，天津河北大马路中州会馆忽然挂出一块“独立各省总参谋处”的招牌，被通缉的洪宪帝制要犯雷震春通电就总参谋职。并在电文中说：“巩固共和政体，另定根本办法，设立临时政府、临时议会”。参加这个组织的有帝制派、复辟派、段党、研究系以及其他一些阴谋政客和投机分子，这个组织号称是独立各省联合军事机构，也就是独立各省所组织的变相的“临时政府”。它公开地发布宣言：“此次用兵，专为黎氏一人”。毫无疑问，它的目标是在驱逐总统，但在驱逐总统以后的下一步骤，究竟是拥戴段上台或者拥戴溥仪复辟，却暖昧不明。
这个组织的成立，使时局更趋险恶，6月2日，北京各国公使推法国公使康悌访问代理内阁总理兼外交总长伍廷芳，质问中国政府有无安定时局的能力。伍只好信口回答说：“张勋一到，时局即可解决。独立各省军队决不会开到北京来。关于北京治安，政府完全负责。”
张勋的做法是神经战，使黎进退失据，而在其摆布之中。他既不拥黎又不拥段。所欲拥立的只是能供他玩弄的溥仪。许多人以为张之为人别的不必论，至少还具有心直口快的一个条件，可是他这次对黎所摆布的天门阵，对北京政府和督军团所采取的两面光政策，却又是一个诡计多端的阴谋家。以阴谋家而貌似心直口快的人，他的圈套是最容易让人家钻进去的。
在黎来说耳目也太欠灵通，张早已露出了许多的马脚，劳乃宣到了徐州，康有为的密使也到徐州，何以黎始终还蒙在鼓里呢？
劳乃宣曾劝袁世凯归政逊清，碰了个大钉子，以后便躲在青岛做遗老。直到民国6年1月奕劻逝世后，他曾偷偷摸摸化装到北京来祝溥仪的寿，并且上了个“联德复清”的大条陈，其最得意之句谓：“世界各国，德最强盛。倘陛下与德联姻，赴德留学，并允璧还青岛，则将来得德之助，复掌中国，实为易事。”他请溥仪做威廉二世的女婿，又请清宫给以复国后总理大臣的预约券，连瑾妃也认为他是个荒谬绝伦的老怪物，叫他不要乱说话，于是他便回到青岛去。现在又偷偷摸摸到徐州做了张的座上客。康有为和张则早有联络，6年2月康的六旬大寿，张曾派员到上海祝寿，请康指示复辟机宜，不久张领衔通电，请将孔教列入国宪。张反对对德宣战，也是受康影响。