进入1913年后，随着临时政府即将结束，选举正式大总统，建立正式政府，以及制定宪法提上日程，国民党与袁世凯之间的权力斗争日趋激烈。袁世凯对于担任正式大总统志在必得，2月底3月初，他“授意姜桂题、段芝贵等，令散布谣言于各军中，谓不举袁为正式总统，北方将有大变端”。姜、段等遂联合各军军统及各师师长会议办法四条，通电全国，“第一担保帝制不再发生，第二选举为人民所信仰并于政治上有成绩之人为大总统，第三建设强健统一之国家，第四保护人民生命财产之安全”。[98]这实际上是袁不惜以军人干政方式为其当选正式大总统做政治背书。袁又借“某政客”之口宣称：“立国之初，必须得魄力雄伟之人，方能统治内外；若其人只富学识而无经验，必难仔肩。况值此内讧外患之秋，岂缺少经验之理想家、学术家，能担任乎？”[99]这实际上又是袁亲自为自己当选正式大总统制造舆论。对于国民党这个在国会内占据优势的大党，袁世凯除了试图利用洪、应以“文字鼓吹”“金钱联合”等手段，通过收买国民党报馆及议员，操弄宪法起草外，又支持洪、应搜集所谓“劣史”，以损毁“孙黄宋”声誉，从而打击国民党人。不料洪、应却擅自杀宋，给袁招来了大麻烦，使袁的总统选情受到极大冲击。总统府秘书长梁士诒在广州获悉宋教仁被刺消息后，急电江孔殷，怃然曰：“天下从此多事矣。”江复电亦对宋被杀深感震惊，谓：“杀遯初者，可以弱民国，危总统，必有尸之者，险矣哉！”[100]
国民党及其支持者认定袁、赵为刺宋幕后主使，掀起反袁声浪，不仅要求二人解职，接受法律裁判，而且“通电各国，声明正式总统不能举袁，万不可借款于袁任内”。[101]袁世凯之忧心可想而知。1913年4月8日为国会参众两院开幕之期，袁本拟亲赴两院演说，但“以宋案发生以来，不能不格外慎重，爰即借口法、美各共和先进国俱无此例，未便独为创举”，决定“不亲赴院，届时只将宣言书咨送过院”，并由总统府秘书长梁士诒向各党说明大总统不能到院之理由。有人提出质疑：“去年临时参议院开幕时，袁氏曾亲出席演说，何以不闻援法、美之先例乎？”有人则“匿笑袁之胆怯”，并以调侃语气向梁士诒献策谓：“总统何不临时装病，不较冠冕耶？”梁“但微笑而已”。[102]上海某西报记者注意到：“袁世凯近日外虽矫为镇定，其实已极仓皇。有谒之者出，言袁见客时，向来精神焕发，目光射于四座，而近十日来，则态度大变，与人谈论时，其目光常注于茶碗之上，且言语或致前后不相应接云。”[103]而孙中山也曾向日本驻上海总领事有吉明透露：“最近以来，袁氏每日数电前来，一则为其本人之立场开脱，二则请求本人予以推举，本人尚未复其一电。”[104]可见袁世凯对于正式大总统之位何等看重，甚至愿意放低身段，请求孙中山支持。
刺宋案的发生，还严重影响到了列强对民国政府的承认。“外人对于承认问题群起研究，以为此事必惹起无穷之纷争，而影响于各国之商务，承认问题将因此起一大阻力。”[105]5月1日，参议院本来已得到外交部电话通知，说美国驻华公使将于5月2日上午11时递交“正式承认国书”，但情况忽然发生变化，美国公使表示“因借款及宋案两大问题，南北颇有不稳之象，已发电询之华盛顿政府，须俟回电到后，始能致送国书”。[106]
然而，袁世凯毕竟久经风浪，很快便通过采取一系列措施，抵挡住了宋案造成的冲击，并逐渐由守转攻。
袁世凯的第一个策略，是将宋案定性为法律问题，而非政治问题，竭力反对国民党人将宋案与政治问题相关联。为此他特别在宋案证据公布后，于5月初发布了关于宋案的通令，强调宋案“纯系法律问题”，应当“依律科断”，案外之人不得“节外生枝”，“扰乱政局”。令曰：
刑事案件，应由检察官提起公诉，经由刑事审判，宣告判决。苟非被害者及其利害关系人，决无案外参加之理。前农林总长宋教仁在沪被刺一案，前经上海公共租界会审公堂及法界会审公堂，分别拘犯检证，预审终结，交归中国上海地方检察厅审讯。案中证据亦据江苏都督、民政长“有电”撮要宣布。其原电所呈国务总理赵秉钧致应犯及洪述祖手书各一件，然一为发给该犯“应密”电码，一为该犯请领津贴，均属因公，无关宋案，已由该总理通电各省都督、民政长宣布。究竟有无关涉，应由法庭依法判决。教唆主使，国有常刑，无所庸其袒庇，亦无所庸其罗织案外无干之人，更不能互相揣测，谬为诋諆。乃近来迭接各处来电，竟指赵总理为宋案主谋，并称人心愤激，请速诛赵等语。阅之殊堪骇诧。查赵总理致应犯手书二件，初无一语涉宋，未经审判，尚难认为有犯罪嫌疑，即果犯罪属实，刑律既有明条，尽当依律科断，纯系法律问题，何能涉及政治。似此节外生枝，诚恐溷淆观听，扰乱政局。为此明白宣示：宋案现既破获，一经法庭研鞠，有无主谋，自不难水落石出。各该案外之人，毋得飞短流长，借端挑拨，俾昭信谳，而释群疑。将此通令知之。此令。[107]
国务院亦发表通电，不点名批评国民党人将法律问题混入政治，意图破坏现状，谓：
此是法律问题，与政治判然两途。好事之徒，不候法律解决，妄生谣喙，直欲使法律混入政治，以遂其破坏之计。又直欲藉一二人暧昧之私，倾覆政府，摇动国本。[108]
袁氏还借万国改良会会长丁义华即将赴上海参加禁烟讨论会之机，与之会面，向南方国民党传话：
至于宋案，在余毫不知晓，惟未经法庭，是非未判之前，亦不能任意出入人罪。洪述祖国家毫不袒护，现在与德使交涉。总之共和国本由立法、司法、行政三权组织而成，此事真伪应由立法机关切实调查，司法官厅秉公审断，极盼望早日水落石出，以释群疑，庶免幸灾乐祸之徒乘机煽惑，以致国民涂炭，民国动摇耳。[109]
而对湖南都督谭延闿、江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚及广东都督胡汉民在宋案及大借款问题上批评政府，袁氏发表通电，严厉斥责，谓为“雌黄信口”，“荧惑人心”，又谓“宋教仁被刺案现方开审，检查证据，自有专司，非经法庭，无从判决”，“如不候国会之制裁，与法官之判决，好为逆亿，预蓄成心，侵轶鼎立之三权，淆惑一时之耳目，似此上无道揆，下无法守，人心一失，大命随之，该都督等亦难辞其责任”。[110]袁世凯一方之《大自由报》甚至攻击国民党“以最卑鄙之手段，最恶劣之心地，藉死人为傀儡，混政治于法律，置正义道德于不顾”。[111]
袁世凯的第二个策略，是对于涉案的洪述祖、应夔丞、赵秉钧采取不同的策略，千方百计予以庇护，尽可能为自己筑起一道防火墙，以免宋案冲击到自己竞选正式大总统选情。
袁氏要求国民党人静待法庭解决宋案，但他本人却不打算真的以法律手段来解决。由于洪、应、赵三人都牵涉以非法手段操弄宪法起草，以及图谋以“莫须有”之证据损毁“孙黄宋”声誉，这一阴谋一旦在法庭上公开讯问，对作为幕后主使人的袁世凯将是重大打击，很有可能直接影响其竞选正式大总统，因此，袁世凯是绝对不会允许这种情况出现的。为此，他针对三人情况采取了不同的应对策略。
对于洪述祖，尽管麻烦都因他擅自唆使应夔丞杀宋而引起，但袁世凯更担心的是，洪述祖一旦被抓，其以非法手段倾陷政敌的阴谋将不可避免曝光于天下，因此，他对洪采取了故纵策略，让其从容逃往青岛德国租界，并与其私下交易，让其一身担责。对于应夔丞在上海法租界被抓，袁世凯得到消息后，立刻于3月27日召开会议，“与各国务员密议一切善后办法”，试图将应犯“解京办理”。[112]又命外交总长陆征祥往晤驻京法国公使康堆，提出“宋教仁被刺案关系南北意见”，“为泯除南北猜疑起见，拟将此案提京严讯，务期水落石出”。[113]袁世凯还通电各省征集意见，豫、晋、陕、滇、鄂、湘、川、粤八督均以“保存法权”为由，主张提京审办。[114]然而，江苏都督程德全和黄兴都主张将该案归上海讯办。舆论也质疑，洪、应都是中央任命的官吏，“平素常奔走于权贵之门”，“政府提归中央，实欲改易供词，消毁证据，以敷衍了事”。[115]同时，法、美、德、英各国公使提出“欲维持人道，保障租界治安，须在会审公堂审结”，“非水落石出时不能引渡”。[116]袁世凯这才不得不“决定将提京之议取消”。[117]迨应夔丞移交上海地方法庭审理后，由于处于国民党人监控之下，袁世凯难以下手，于是他在明知陈其美并非刺宋主谋的情况下，对应夔丞党徒为脱罪而采取的陷害陈其美之举，采取纵容乃至暗中支持策略，借以转移视线，混淆视听，将舆论攻击矛头引向国民党人。[118]
对于赵秉钧，袁世凯动用心思最多。宋教仁被刺后，袁、赵二人都受到了攻击，而赵秉钧所受攻击尤重。为此，赵秉钧屡屡提出辞职，要求出庭与凶手对质，以自证清白。但对袁世凯而言，一方面担心赵秉钧出庭对质将暴露二人以非法手段倾陷政敌的阴谋；另一方面，一旦赵秉钧辞职，他就将失去“挡箭牌”，舆论对他的攻击就会加大。因此，他对赵秉钧辞职一次次予以拒绝，并力阻其出庭应讯。不仅如此，如前所述，袁世凯方面还制造了一个“血光党”事件，由一位名叫周予儆的北洋女子师范学堂学生出面自首，诬陷黄兴派其在京组织暗杀机关，然后由京师地方检察厅移请上海地方检察厅票传黄兴到案，作为对上海地方检察厅票传赵秉钧的抵制。此种伎俩让张謇实在看不下去了，致函袁世凯道：“吾人深知周予觉、周予儆之诬扳与物证之虚造，于审讯之时必昭然大白于天下……国民数千年之特性，对于冤案无不感奋激昂，有同身受，于负人望者横被冤抑为尤然，传诸稗谣，被于闾巷，已成一般社会之心理。何苦故犯众怒，至于如此？”[119]
袁世凯的第三个策略，是想方设法纠合各派力量，对付国会内稍占优势的国民党人。
此种策略，早在刺宋案发生以前，袁世凯就已经在实施。刺宋发生后，袁世凯更“极力联合统一、共和、民主各党”，借以达其目的。[120]工商总长刘揆一赴沪吊唁宋丧之前，曾于3月29日谒见袁世凯，谈及善后事宜，“以政党内阁为请”，袁意味深长答道：“政党内阁殆不成问题也，国会开后视谁党议员占多数，内阁即应归谁党组织之，余何容心焉。”[121]其时，外间正传闻有人将组织进步党，袁世凯对刘揆一所言传出后，有人认为：“所谓进步党者，即袁大总统仿日本桂太郎组织新政党之办法，以为抵制国民党之物也。”[122]虽说袁世凯自己组织进步党之说并不准确，但他的确在谋划利用共和党、民主党、统一党三党联合组织进步党之机对付国民党。为此，他对国民党议员采取了收买分化策略。参议院议长、国民党人吴景濂曾述其事道：
袁、赵恐在沪国民党孙、黄诸先生对此案（指宋案——引者）不能恝置，恐不久有军事发生，又恐国会定四月八日开会后，对此案大肆攻击，虽〔遂〕一面备战，又一面用钱贿买两院国民党议员入拟议中成立的进步党，并唆使孙少侯（名毓筠）等另组政党名为政友会，专收买国民党两院议员，以减少国民党在两院议员之人数。复派孙少侯、林述庆等秘密见予，请予脱离国民党，以五十万元为用，其组党费另外酬给，予严词拒绝之。[123]
日本报纸也有报道，谓袁世凯为了对付国会中的国民党议员，无所不用其手段：
袁以国会中国民党议员颇占多数，遇事掣肘，不能为所欲为，遂以金钱买收国民党议员，且对于该党议员之有力者，以内阁总长之条件诱之，不动，则用他法以制之。如对于有刚直声望之李肇甫，前日曾促其父使之归里，其一证也。又使该党之软派议员组织第三党，以分其势力，而使其纷扰。凡可以达一己之目的者，其手段之险恶，非所顾也。[124]