不过，让田令孜没有想到的是，他刚说完崔沆便提出反对意见：
“当年安禄山才有十五万兵马，比起现在的黄巢，那真是小巫见大巫。”
“当年哥舒翰以十几万兵马尚且不能守住潼关，现在黄巢拥兵几十万人马，而潼关又无哥舒翰那样的名将和强兵。”豆卢瑑附和着说道。
豆、崔二人所说的话，显然是不赞成皇帝李儇退往蜀中，而且明显不信任田令孜能够守住潼关。
此时的皇帝李儇心情已经跌入谷底，当听到田令孜提出退避蜀中的想法后，他不禁流下了眼泪，因为他十分明白如果那样做将意味着什么，所以他依旧想做最后一搏。
“无论如何你先发兵潼关！”
李儇向田令孜做出了最后的指示。
田令孜得到了诏令，急忙部署出兵的相关事宜。而李儇也明白此刻应该做些鼓舞军心的事情，于是，两天后他亲自到左神策军营检阅将士，召见了田令孜举荐的张承范、王师会、赵珂三员军将，分别加以任命。最后李儇正式任命田令孜为左、右神策军内外八镇及诸道兵马都指挥制置招讨使，以另一名宦官飞龙使杨复恭为副使，带领人马先行奔赴潼关守卫。
值得一提的是，当时皇帝李儇起用的杨复恭是个名不见经传的角色，可是让李儇想不到的是，他所起用的这个人未来居然是个欺压皇帝的角色。
就在朝廷安排完潼关的守卫三天后，泰宁节度使齐克让送来加急奏报，说黄巢大军已经进入东都洛阳境内，为了避免消耗有生力量，自己已经收拾人马退守潼关，而且潼关一带的百姓已经四散逃去，百里之内不见一人，根本找不到粮食，希望朝廷能够急速输送军粮。
皇帝李儇得到奏报后，立即让兵部安排输送军粮事宜。可是就在这安排的过程中，十一月十七日，黄巢大军抵达洛阳城下，东都留守刘允章不敢抵抗，举城投降，黄巢在洛阳城只是补充军资，稍作停留后，继续向长安挺进，并于二十二日攻占了关外战略要地虢州（今陕西灵宝县西北）。
虢州距离潼关只有一百五十多里的路程，皇帝李儇当时已经急得犹如热锅上的蚂蚁，可是举目望去，可以信任的人似乎只有田令孜，于是他继续加封田令孜为汝、洛、晋、绛、同、华等八州都统，并募兵长安百姓两千人以补充左、右神策军的人数增援田令孜，又挑选神策军弓弩手两千八百人，让兵马先锋使张承范、制置关塞粮料使王师会带领前去增援潼关。
可是前边我们说过，晚唐由宦官控制的神策军，实际上是长安一带富家弟子的庇护所。这些纨绔子弟贿赂宦官、挂名神策军是为逃避徭役负担，而且安史之乱以来，朝廷的护卫工作主要依靠神策军，对其赏赐比一般士兵要强很多，所以神策军士兵经常仗势欺人，事实上不过是纸老虎，真正的战斗力极其低下。很多人听到真的要上战场，全都抱头痛哭，甚至有的人连兵器都无法拿动。
所以潼关的守卫工作，神策军是可以忽略不计的。而且十一月二十五日，在出征之前的践行中，皇帝李儇虽然对张承范等人赏赐丰厚，并对他们寄予厚望，但张承范似乎并未受鼓舞，反而向皇帝李儇进言道：
“听说黄巢拥众数十万向西进军。齐克让率领一群忍饥挨饿的士兵依托关外，现在让臣以区区两千人马驻守潼关，而且没听说陛下馈饷之计，就这样让臣去拒贼，臣很是寒心。”
皇帝李儇听到这话后，顿时脸上愁云密布，他隐约感觉到，指望这帮人守住潼关恐怕希望不大，但是李儇还是耐着性子强颜欢笑地告诉张承范，只管发兵前往潼关，自己随后就增派援兵以及军饷。
事实上，张承范也明白此去既无粮草又无援兵，肯定是凶多吉少，皇帝的话姑且当作耳边风不听也罢。但迫于皇帝诏令，仍勉强带领兵马赶赴潼关，当到达华州（今陕西华县）时，刚好碰到辖境的刺史调任离去，城中百姓得知本地即将开战，都拖家带口地逃进华山，只留下一座空城，所以根本没人接应张承范的到来。
张承范无奈之下只得带人进城在州库中寻找粮食，不过看见的却是尘埃一片，最终张承范只找到一千斛大米，短暂停留后便带着士兵忍气吞声地继续上路。
十二月一日，张承范到达潼关，首先摆在其面前的不是如何面对黄巢的大军，而是粮食奇缺的问题。当时张承范从山中搜寻出一百多个百姓，强行向他们征用了些粮食，做了一点防御准备，可是加上齐克让的万余人，这点粮食根本不够，很快这些人便粮草断绝，士兵们士气极为低落。
就在张承范到达潼关的同一天，黄巢也带领大军到达潼关之下，官军眼见黄巢大军“白旌满野，不见其际”，全都不寒而栗。不久后黄巢亲自来到潼关下，义军全军欢呼，军威之盛惊天动地，很快便开始攻打潼关外城。齐克让虽然从中午一直战斗到傍晚，但无奈手下士兵忍饥挨饿已经很长时间，根本无力抵抗，只得被迫烧毁营帐进入潼关之内。
在潼关的左侧有一条山谷，平日是禁止行人通过的，以确保关税的正常征收，称为“禁阬”，由于黄巢大军急速攻至，潼关的守军居然忘记加以防守，导致齐克让的溃败之军一下子从禁阬涌入关内。这条道路本来就已经是荆棘交织，灌木丛生，一下子就被涌进的士兵踏为了平地。
张承范看到齐克让打了败仗，急忙派人向皇帝李儇告急求援，而且这一次张承范说的话更加严厉：
“臣离京六日，甲士未增一人，馈饷未闻影响。到关之日，巨寇已来，以两千余人拒六十万众，外军饥溃，蹋开禁阬。臣之失守，鼎镬甘心；朝廷谋臣，愧颜何寄！”
张承范这一次明显是指桑骂槐，但告文送出去的第二天，没等朝廷回信儿，黄巢大军便大举攻打潼关。张承范全力据守，从清晨一直战斗到晚间，其间城上弓矢用尽，就用石头砸向攻城的义军，到了晚上义军纵火焚烧关楼，他命令王师会分兵八百人防守禁阬，但此时已经有部分义军从禁阬入关，义军内外夹攻潼关，守关唐军溃败，王师会战败自杀。
张承范眼见形势不妙，换上便服带领残兵向西逃窜，途中遇到当地藩镇派来的援军两千人，这些援军也跟着张承范一路向西逃去，一直到了渭桥边上方才停歇。
张承范一路西逃，犹如惊弓之鸟，可是到了渭桥后，他看见田令孜招募的神策军居然个个穿得五颜六色，心中生出一股无名之火，于是下令将这些神策军士兵洗劫一空，然后闯进长安城大肆劫掠。
潼关仅用了一天时间便宣告失守，这是很多人没有想到的。然而，更出乎人们意料的是，黄巢在攻下潼关后，只留下部将成令瓌防守潼关，他立即带领大军继续向长安挺进，只过了一天便又攻占了华州，迫使河中节度使王重荣请降。
潼关失守意味着京城长安门户大开，田令孜担心会受到皇帝李儇的责怪，便将全部责任推卸给宰相卢携，认为是卢携举荐高骈失误，才致使黄巢大军一路向西所向披靡。四日清晨早朝之时，皇帝李儇处理的第一件事，就是将卢携再次罢相贬官，同时将王徵、裴澈招进宰相班子。
此时京城长安已经危在旦夕，皇帝李儇即使有回天之力，也不可能在如此短的时间内组织起有效力量防守住京城长安。虽然十八岁的李儇贪玩好动，但他不是白痴，他知道长安已经是防守不住，现在他唯一要做的就是尽量拖住黄巢前进的步伐，好为自己逃离长安赢得时间。
为此，他诏令任命黄巢为天平军节度使，希望黄巢能够接受自己的册封，暂时停止进兵长安。不过，等到早朝过后，皇帝李儇趁着天色微明之际，带着福王、穆王、泽王、寿王等人，以及四个儿子、嫔妃数人，由田令孜带领五百名神策军护卫，经长安城西的金光门逃离。
李儇等人逃出长安之后，百官们才知道消息。而那个时候黄巢带领大军已经打到了长安西市附近，当时长安城内一片混乱，所以百官们也都一哄而散。
不过，在官员们四散逃亡的同时，有一个人是个例外，这个人就是被贬官在家的卢携。他之所以没有逃跑，并不是因为他不想跑，而是因为他已经病入膏肓，根本跑不了。
卢携二次担任宰相以来，对内钳制田令孜，对外依靠高骈，受到皇帝李儇的绝对信任。但事实上，他与田令孜是一丘之貉，当黄巢大军由江陵北上时，他已患病，行走困难，也已指望不上高骈，而且又被田令孜当作替罪羊。最重要的是，卢携知道因为自己主张剿灭黄巢，所以黄巢到来后，自己绝没有好果子吃，因此在义军进入长安西市的那一天夜晚，卢携自知逃生无望，在自家后院自缢而死。
十二月五日，义军先锋部队将领柴存领兵进入长安城，留在京城的尚书左仆射兼左金吾大将军张直方代表朝廷向黄巢投降，并亲自迎接黄巢进入长安。
据《资治通鉴》记载：黄巢进入长安的时候，乘坐金装肩舆，在身穿锦绣、腰束红缯、手执兵器的士兵护卫下，带领大军浩浩荡荡地进入长安。沿途“甲骑如流，辎重塞途，千里络绎不绝”，长安百姓并没有表现出惊慌，也没有东躲西藏，而是夹道围观，大将尚让沿途告诉民众，黄王起兵，本为百姓，不会像李唐皇室那样不爱护百姓，百姓只管安居无妨。
十二月十二日，黄巢入居皇宫，次日在隆隆的战鼓声中，黄巢在大明宫含元殿登上皇帝位，建立国号大齐，改年号金统，开始置属百官。以尚让为太尉兼中书令，以另一名义军将领赵璋兼侍中，同时任用了一大批唐朝降官，但真正的权力主要掌握在跟随他一同起兵的义军将领手中。
多年前，黄巢曾经发誓要用自己独特的方式重新回到长安，现在他终于实现了自己的梦想，此刻俯视唐朝的那些降官，黄巢的眼中透露出一丝轻蔑之色。
“天下谁与我争锋？”
雄心壮志的黄巢禁不住心潮澎湃，不过黄巢明白攻进长安仅仅是个开始，接下来他首先要做的就是如何结束长安城内混乱的状态。
黄巢采取的措施是，只要见到穷人就加以赈济，对于长期为非作歹以及顽固不化的官吏则施以重刑镇压。由于皇帝李儇偷偷出逃，没有通知大部分朝官，包括宰相卢瑑、崔沆、王徽以及京兆尹李汤在内的一大群朝官都因为来不及逃离长安，而成了瓮中之鳖，只得藏在先前向黄巢投降的张直方家中。
对于如何处置这些朝官，黄巢采取分化的策略，先是宣布朝官三品以上停止任用，四品以下官复原职，然后发布通告命令在逃的朝官自动到部将赵璋的府邸自报姓名与官衔，只要在规定时间内做到这一点，可以自动官复原职。
当然黄巢也十分明白，有奖就必须有罚，除了宽赦大部分朝官之外，也必须找出反面典型施以惩戒，所以他将目光锁定在了先前代表朝廷向自己投降的张直方。
张直方本性残暴，手下一名军将曾经犯有小过错，便被他笞杀。家中的一名奴婢也曾经因为一点小闪失，而被其辄杀。当黄巢大军打进长安后，张直方虽然迫于形势表面上投降，但众多官员都藏在他的家中，而且伺机准备东山再起，对于这一点黄巢心知肚明。
那些窝藏在张直方家中的官员，本以为张直方投降黄巢，黄巢一定会善待张直方，进而自己会得到庇护。但他们万万没有想到，黄巢早已经定下实施釜底抽薪之计。
为了杀一儆百，以及断送那些官员的最后一丝东山再起的念头，黄巢在事先没有征兆的情况下，派兵突袭张直方的府邸，捕杀张直方等数百人，并诛杀了李唐皇室在京的全部成员，当时韦庄在其诗作《秦父吟》中说到的“天街踏进公卿骨”说的正是这个事件。
黄巢进入京城采取一系列措施稳定局势，可以说形势对他越来越有利。可是，逃出京城长安的皇帝李儇当时的处境可谓是“贵落深坑贱出泥”。
当黄巢在长安稳定局势的时候，皇帝李儇带着家眷昼夜不停地逃跑，当时郑畋任凤翔节度使，得知皇帝陛下逃出京城，立即率众迎接，请皇帝李儇留在凤翔。可是当时李儇已经犹如惊恐之鸟，觉得凤翔离长安太近，想逃往兴元府。因此他匆匆和郑畋说了几句话，让他整合人马东拒黄巢前来追击，同时派人通知东、西两川节度使杨师立和陈敬瑄，命令他们做好迎接自己入川的准备。
广明元年（880年）十二月二十日，皇帝李儇抵达兴元。陈敬瑄得到消息后，立即派人迎接其进入成都，由于兴元地处山区，人口稀疏，交通不便，物资供应十分匮乏，加上担心黄巢追击进入蜀中，李儇在兴元府没有停留过长时间，便于中和元年（881年）正月动身踏上入蜀的艰难路途。
事实上，正如当年李白所感叹的那样，蜀道之难难于上青天，入蜀之路本就崎岖难行，加上正值寒冬，冰雪不时阻道，皇帝李儇一行着实吃了不少苦头。诗人韦庄的《雨霁晚眺—— 庚子年大驾幸蜀后作》中写道：
入谷路萦纡，岩巅日欲晡。
岭云寒扫盖，溪雪冰粘须。
韦庄的诗虽然属于艺术创作，但实际情况恐怕大抵如此。特别是因仓促出逃，导致马匹不足，连平日娇生惯养的皇室成员也只能徒步行走。值得一提的是，就在皇帝李儇入蜀的队伍中，一个人始终蹒跚而行，当走到斜谷时因实在走不动，一脚穿着袜子，一脚光着脚板，直挺挺地躺在一块大石板上。可是当他刚刚躺下后，宦官田令孜一鞭子抽在他的身上，并呵斥他赶快起来继续行走。这个人顿时怒从心头起，但眼前的形势告诉他，此刻不是发作的时候，所以他忍了下来。
“实在走不动了，能不能给匹马骑啊？”这个人哀求田令孜说道。
“山谷之间何处能够找到马？起来快走！”田令孜继续呵斥，然后便头也不回地转身离去。
面对宦官的嚣张跋扈，这个人在内心埋下了仇恨的种子，他发誓未来自己找到机会，一定会狠狠惩处这些宦官，让这些家奴们永无出头之日。
这个人就是我们后边即将要说到的，大唐帝国的第二十任皇帝，也是实际上的最后一任皇帝，此刻还是皇帝李儇七弟的寿王李晔。
正月二十八日，皇帝李儇等人终于到达成都，开始了长达四年的蜀中生活。事实上，田令孜之所以选择剑南东道的成都作为皇帝李儇的避难所，从表面上看似乎是效仿当年唐玄宗李隆基的做法，但仔细分析来看，并不是这么简单。
对于这一点，明朝的顾炎武有着精妙的比喻，从地理形势上来看，他将长安和西蜀比作为宽敞的厅堂与四壁环围的关系；从经济角度来看，物资充足的蜀中与长安可看作厅堂与奥（房屋深处）的关系，他认为李唐皇室多次依据蜀中而化险为夷是有一定必然性。
而且皇帝李儇到达成都后，虽然跟随前来的朝官和皇室成员不足二百人，但因为蜀中各地进贡的络绎不绝，加上本地本就物资充盈，所以李儇的赏赐的数量与额度和在京城长安时相差不大。这也是后来为什么朝官和官军依旧为其卖命的一个原因所在，加上蜀中易守难攻的独特地理环境，为后来朝廷全面反扑黄巢奠定了基础。
随着皇帝李儇到达蜀中，李唐皇室终于逐渐稳定下来。但黄巢这边虽然在进入长安之初为了稳定局势而采取了必要措施，但当京城的局势逐渐稳定后，黄巢却渐渐陷入自我陶醉之中，对朝廷反扑能力严重地估计不足。
反攻长安
黄巢虽然打进长安城，但并不意味着唐朝就此被他灭亡。皇帝李儇虽然逃亡蜀中，却仍然发挥着政治偶像的作用。唐朝的许多文武官员都不甘心就此失败，被黄巢打破既有的富贵格局，尤其是唐朝中央附近地区的一些藩镇，更是积极准备反扑黄巢，收复长安。
例如忠武军节度使王处存，其父王宗累官至金吾大将军，同时善于经商，家中生活十分奢侈。当王处存听到长安被黄巢占领的消息后，痛哭流涕了好几天，不等皇帝李儇下诏，就派去两千人护卫皇帝李儇，同时自己领兵进军长安。
可以说，黄巢占领长安和皇帝李儇出逃之后，朝廷和黄巢的较量进入了新的阶段，具体来说就是官军进攻，黄巢防守。
自从长安的局势稳定以来，黄巢逐渐陶醉于胜利的喜悦之中，认为唐朝的各路藩镇只要传檄即可平定，所以对藩镇准备反扑长安准备不足。虽然很多藩镇看到黄巢兵占长安，已经取得巨大成功，朝廷似乎已经灭亡在即，这些藩镇们拥兵自重，甚至有的归顺黄巢。但事实上，细数当时投降黄巢的只有关中、河南以及河中等十八个藩镇，如果将大同、昭义、河东三个藩镇算在内也只有二十一个藩镇，占全国四十八个藩镇的百分之四十，这与《册府元龟》中说的“屈伪廷者十三四”的说法基本相符。
而且很多藩镇都是被迫投降，可谓是“貌奉而心图之”，例如凤翔节度使郑畋在面见皇帝李儇之后，取得李儇整合人马的诏令后返回凤翔，便着手开始策划反攻长安。此时正值黄巢派招降的使者抵达凤翔，郑畋便假装归降了黄巢，而暗中与朔方节度使唐弘夫、泾原节度使程宗楚约定合兵之计，而且此时关中还有数万神策军因为皇帝李儇逃奔蜀中而分兵各处，群龙无首，郑畋派人对这些人进行整合，最终整编出五万多人马，一时间郑畋成为长安西北地区唐军对抗黄巢的主力军。
当时全国各地藩镇公开对抗黄巢的不在少数，早在广明元年（880年）十二月，黄巢刚刚到达长安的时候，王重荣在河中地区首先公开打起抗拒黄巢的大旗。当黄巢大军分别进入长安及其附近地区之后，物资供应出现缺乏现象，由于河中府管辖十一个县，而且距离长安只有三百余里的距离，因此黄巢不断派出使者向河中调取兵员和物资。
当时河中节度使李都被迫投降黄巢，黄巢不断地索取兵员和物资，李都无计可施。王重荣认为，如果就这样纵容黄巢，最终河中府被掏空后，等待他们的结局只能是被黄巢斩杀，王重荣建议与其早晚都是死，不如现在起兵反抗黄巢，或许还有成功的可能。
可是李都天生是个胆小怕事的人，他看王重荣决心已下，便将兵权交给王重荣，任命王重荣为河中留后，自己带着家眷逃往成都。于是王重荣斩杀黄巢派来的使者，正式起兵，与黄巢公开决裂。
黄巢闻讯大怒，立即派其弟黄邺领兵从华州（今陕西华县），部将朱温领兵乘舟从同州（今陕西大荔）出兵，然后合并一处进攻王重荣。不料因为仓促出战，被王重荣打得大败而归，朱温损失了四十多条战船的粮食和兵器，王重荣因此军威日盛，并与王处存结盟屯兵渭北，继郑畋之后，成为黄巢在京城长安东北面的一支主要对抗力量。
此时，长安东北、西北分别有王重荣和郑畋，算是朝廷反攻长安的前沿阵地，而皇帝李儇虽然还是二十多岁的青年，不过在经历逃出京城、寄居蜀中的遭遇后，从内心感到了切肤之痛，虽然身在成都，却心系长安，有时竟到了寝食不安的地步，为了成功收复长安，他在蜀中不断地向各路藩镇封官许愿，并调兵遣将加紧部署反攻长安事宜。
最初皇帝李儇对手握重兵坐镇扬州的高骈寄予厚望，还在奔往蜀中的路上时，他就接二连三派人去敦促高骈出兵。到了中和二年（881年）二月，又任命高骈为京城四面行营都统，希望高骈能够担当起指挥长安周围各路唐军收复京城的重任。
可是很长时间以来，高骈因为黄巢势大，以及担心平定黄巢后朝廷会卸磨杀驴，所以一直按兵不动。据《旧唐书•高骈传》记载，他是想要利用国家的混乱形势，兼并两浙地区，效仿三国时期孙策的三分天下之计。所以对于皇帝李儇一再地敦促出兵，高骈总是拿出各种理由搪塞，不肯应命领兵北上。
眼看高骈这路人马指望不上，皇帝李儇便将主要精力放在关内的军事部署上。中和元年（880年）二月，李儇任命杨复光为京西南面行营都监，让他带领忠武军屯驻邓州（今河南邓县）。当时南面行营招讨使刘巨容镇守襄阳一带的交通要道，关中一带从京城长安逃出的官员大多在他的保护下逃往成都，所以让杨复光屯驻邓州是为了屏障襄阳和江陵的一种战略部署。
郑畋作为长安西北一路的主要反攻力量，已经和泾原节度使程宗楚、天雄节度使仇公遇结盟，并于中和元年（881年）三月十六日发布讨伐黄巢的檄文，并将檄文传至各路藩镇，号召藩镇们起兵勤王收复长安。
皇帝李儇自从进入蜀中后，由于交通不畅导致与各路藩镇联系也不畅，有些藩镇甚至认为朝廷已经灭亡，所以被迫投降黄巢，有的也持观望态度。可以说郑畋的这份檄文对各路藩镇起到了鼓舞的作用，史称“诸藩耸动，各治勤王之师”。
郑畋在长安西北部可谓是磨刀霍霍，可是此时陶醉在胜利喜悦之中的黄巢，却对郑畋的动向毫不知情。事实上，郑畋斩杀黄巢的使者后，其势头已经是“烽火已严，侦逻殊密，云旗霜刃，森罗于百里之内”。黄巢派去侦察敌情的人大多被郑畋伏击致死，不过也有少数逃回者向黄巢报告了郑畋的动向，可是却没有引起黄巢足够的重视。
黄巢实在不相信，朝廷能够在如此短暂的时间内，组织起有效力量反扑长安，他曾经自负地对手下人说：“我纵横半个天下，所到之处无不攻克，即使是高骈也不敢与我作战，郑畋还能把我怎么样？”一直到郑畋发布檄文，甚至斩杀使者后，黄巢才觉得郑畋是个隐患，于是决定派尚让、王播领兵五万进攻郑畋。
当黄巢反应过来时，郑畋已经完成了所有的准备工作，甚至是昼夜不停地对黄巢动向进行侦察。当他得知黄巢派兵来攻后，立即派部将唐弘夫、李昌言领兵埋伏于要害之处，自己则带领数千精兵在山冈布阵，虚张旌旗延绵数里，显然是要打一场伏击战。
当时在黄巢错误的战略指导思想的影响下，尚让等人误认为此战可以轻而易举地取胜，尚让甚至认为郑畋不过一介书生，根本没有军事经验，竟然没有列阵迎敌，让士兵散漫而行。当两军相遇时，郑畋命令部下擂动战鼓，尚让这才意识到郑畋可能埋下了伏兵，可是等到尚让再想列阵迎敌时，官军伏兵四起，一时间将尚让的人马冲击得人仰马翻，双方一直交战到夕阳西下。尚让在官军的猛烈攻势下节节败退，最终在龙尾陂（今陕西岐山东面）被唐军打得溃不成军，这一战使尚让的人马损失两万之多，而郑畋则在此战中缴获了义军的大批军用物资，最重要的是这是自皇帝李儇逃离长安后，官军对黄巢的首胜，同时也遏制了黄巢继续向西的进攻。
虽然凤翔这一战取得胜利，但郑畋并没有就此收手，他乘胜让宥州刺史拓跋思恭整合汉、蕃联军，与鄜延节度使李孝昌合兵于鄜州，准备发动反攻长安之战。
此时，包括郑畋、王重荣在内的几路大军已经开始逼近长安，北面的唐弘夫带领泾原镇兵马屯于渭北，王处存带领义武镇兵马屯于渭桥；东面则有王重荣带领的河东镇兵马进驻沙苑地区（今陕西大荔县南洛、渭两河之间）；拓跋思恭与李孝昌带领夏绥、鄜延镇兵马屯于武功，郑畋则带领凤翔军屯驻盩厔（今陕西周至）。
可以说，几路人马已经对长安渐成合围之势，不过郑畋毕竟一直驻扎在长安附近，虽然凤翔一战取得胜利，但他深知黄巢的实力颇为雄厚，不是一战就可以打败的，此时身为几路大军统帅的郑畋，时刻告诫各路人马的统帅不要轻易冒进攻打长安，必须要听从自己的指挥，谨慎行事。
可是郑畋命令刚下，四月一日，唐弘夫就挟龙尾陂之胜，与程宗楚率先发动进攻，攻取咸阳后，造浮桥渡过渭水。四月五日，黄巢利用唐弘夫、程宗楚急于求成的心理，率众假装撤离长安，屯驻于长安东面的灞上。唐、程二人认为黄巢不堪一击，争先进入长安。当晚，王处存也领兵五千入城，头裹白巾为识别标志，当时长安城中一些敌视黄巢的人，在看见官军到来后，纷纷欢呼出迎。唐、程二人以为收复长安大功告成，唯恐其他藩镇夺了功劳，向郑畋隐瞒进入长安的消息。
当时进入长安的官军趁火打劫，纷纷放下兵器闯入民宅抢劫财物，造成长安城内一片混乱。黄巢在灞上一直注视着长安内的动静，在探听到官军并无后援而且军纪败坏的情况后，立即回师反攻，分兵从长安各门进入与官军展开交战，唐、程二人因为事先毫无防备，被打得一败涂地，两个人也死于乱军之中。
王处存由于身在外城之中，眼看唐、程二人战败身亡，立即带领人马慌忙逃出长安，围攻长安的官军见到唐、程二人战败，担心黄巢引兵西进，全都从据点撤兵而走。
唐、程二人这次的军事行动，勉强算是官军收复长安的第一次军事行动，虽然两个人战败身亡，但是从中可以看出，黄巢虽然占领了长安，但实际控制的范围并不大，号令所及也就是长安附近的几个州县。这次军事行动的失败让郑畋十分郁闷，唐、程二人战败不说，最关键的是自己辛苦建立的合围长安之势，顷刻间土崩瓦解，在此后将近两年的时间里，官军与黄巢在关中基本处于相持状态。
对于黄巢来讲，虽然这次击败了官军，但这也让黄巢意识到官军加快了收复长安的步伐，鉴于自己目前实际控制的地方并不多，黄巢决定以长安为核心继续向外扩张地盘。
事实上，在唐、程二人进攻长安之前，黄巢就以朱温为东南面行营先锋使，派他领兵远征距离长安九百多里远的邓州。三月三日朱温攻克邓州，活捉刺史赵戒，监军杨复光逃离邓州，依附许州伪装投降黄巢的周岌，但是许多史学家却认为这场远征其实并不值得，因为邓州距离长安过远，对于关中地区的义军并不能起到支援作用，而且分散了义军的力量。
就在朱温刚刚占领邓州没多久，逃往许州的杨复光就和忠武军节度使周岌密谋，准备重新起兵反抗黄巢。当时杨复光带领三千士兵与占据蔡州（今河南汝阳）的秦宗权联络，秦宗权派遣部将王淑带领三千士兵跟随杨复光攻打邓州，可是王淑却因为畏惧黄巢的声势而不愿出兵。最终，杨复光将其斩首，并收容其部众，连同自己的三千人马共分为八部，并指派鹿晏弘、晋晖、王建、韩建等八员牙将为都头，分别统领八军。
值得一提的是，在这八个人中，王建到后来成为至关重要的人物，因为他就是五代十国中前蜀的创建者。
杨复光重新整编人马后，带领八都头之兵成功收复邓州。朱温由于远离关中腹地孤立无援，所以被迫放弃邓州退回长安。而身在华州、黄巢任命的刺史乔谦听说黄巢领兵撤出长安，以为黄巢战败，所以率众逃跑，结果被朱温斩杀，昭义军将领高浔趁机与王重荣合力攻下防务空虚的华州。
邓州、华州的成功收复，让远在蜀中的皇帝李儇大为振奋。于是在中和元年（881年）六月，李儇下诏以郑畋为京城四面诸道行营兵马都统，崔安潜为副都统，重新开展反攻长安的军事行动。但由于黄巢加强了戒备，所以双方依旧在关中地带形成拉锯之势。
一直到中和二年（882年）四月，这种拉锯之势随着官军的努力才逐渐改观。
正月八日，皇帝李儇诏令宰相王铎代替高骈出任诸道行营都统，太子少师崔安潜为副都统。本来皇帝李儇对于拥兵一方的高骈有着深深的顾虑，但他一直没有剥夺高骈的军权。虽然皇帝李儇任命郑畋为京城四面行营都统，但从官职的名称来看，郑畋只是关中地区的领兵统帅，高骈依旧是全国行营的最高统帅。为了让高骈明白自己的意图，皇帝李儇于中和元年（881年）九月特意下诏为高骈做了解释，但这封诏书尚未到达扬州，高骈已经事先得到消息，宣布拒不出兵，经过近半年多的等待，皇帝李儇终于做出了撤换人选的决定。
与此同时，李儇还允许王铎自己任命将佐，王铎在数日之内就组成了新的军事指挥班子，他以周岌、王重荣为右司马，以诸葛爽和宣武节度使康实为左、右先锋使，以右神策观军容使西门思恭为诸道行营都监，以王处存、李孝昌、拓跋思恭为京城东北西面都统，以杨复光为南面行营都监。同时为了保障江淮漕运物资能够源源不断地北上，王铎任命感化军节度使时溥为崔遣纲运租赋防遏使，负责徐州辖境的漕运安全。另外任命王重荣之兄、时任陕虢观察使的王重盈为东面都供应使。
在进行人事安排调整的同时，王铎传檄四方，命令各地藩镇派兵进入关中增援，并得到藩镇们的积极响应。经过王铎的一番努力，到了四月间，官军对长安形成了新的包围圈。长安东面有王铎率领的禁军以及山南西道、剑南东川两镇军队共计三万人屯驻周至；长安西面有杨复光率领的忠武军、沧州、寿州等几支军队屯驻武功；朱玫率领的邠宁军、李昌言率领的凤翔军以及泾原军等三镇数万人马屯驻兴平；长安之北有王重荣率领的河中军和王处存率领的易定军屯驻渭北；而长安西北方向有东方魁率领的保大军和拓跋思恭率领的定难军屯驻渭桥。
面对官军打造的新一轮的包围，黄巢首先采取以攻为守的战术。中和二年（882年）五月，黄巢派部将尚让向西北方向进军，攻打坊州的宜君寨。时值遇到严寒天气，由于尚让为士兵们准备的御寒衣物不足，导致大量士兵冻死，结果被官军击败。七月，义军虽然在涝水击败李昌言，接着又攻打武功，迫使官军稍稍后撤，但总的来说，黄巢以攻为守，想要打破官军包围圈的战术未能实现，依旧处于被动防御的状态。
长安作为国都，由于人口密集，本来就是一个粮食供应比较紧张的地区。唐朝向来是依靠漕运山东和江南的粮食来维持庞大的粮食供应。而黄巢数十万大军占领长安及其附近地区的狭小之地，处于官军的包围之中，而且遇到严寒天气，很快便陷入严重缺粮的困境。当时长安城中一斗米的价格高达三万钱，韦庄在其诗作《秦父吟》也写到了“一斗黄金一斗粟，尚让厨中食木皮”。《旧唐书•僖宗纪》也记载了中和二年“天下勤王之师云会京畿，京师食尽，人食人”。
然而就是在这样一种极大的外部压力下，中和二年（882年）九月，同州和华州发生了义军将领投降官军的事件，最严重的是同州防御使朱温的降唐，而这起事件也成为黄巢败亡的导火索。
起义失败
朱温，宋州砀山人，年幼丧父，跟随母亲寄人篱下，生活经历十分坎坷，所以黄巢起义后，他义无反顾地加入了义军，而且屡立战功，逐渐受到重用。邓州败退后，朱温被黄巢任命为同州防御使，与渭北的王重荣隔河对峙。
在此期间，朱温曾经领兵出战，取得不少胜绩，一度打败过王重荣的数千骑兵，迫使诸葛爽闭关不战。他曾经拦截王重荣从河中发来的数十艘粮草船只，当王重荣带领三万大军来夺时，朱温下令将船只全部凿沉，气得王重荣破口大骂，并领兵围攻同州。
面对官军的大举围攻，朱温闭城不战，多次请求身在长安的黄巢派兵增援自己。可是，左军使孟楷由于和朱温矛盾颇深，拒不上报朱温的增援请求，最终导致长安方面没有派出援军。
此时杨复光再度派人招降朱温，朱温身边的谋士谢瞳认为，朱温现在是孤军奋战，如果这样继续下去，早晚会被官军剿灭，不如趁势投降官军。谢瞳很长时间以来一直跟随朱温左右，深得朱温的信任，对于谢瞳的建议，朱温在经过慎重的思考后，眼看身在长安的黄巢被官军紧密包围，所以他决定投降官军。
中和二年（882年）九月十七日，朱温斩杀黄巢的监军严实、大将马恭、举同州之兵投降了王重荣。当时诸军统帅王铎闻讯大喜，一方面派遣谢瞳奉表前往蜀中向皇帝李儇报捷；另一方面依据皇帝李儇授予自己的“便宜行事”的权力，加封朱温为同华节度使。后来皇帝李儇正式加封朱温为金吾大将军、河中行营招讨副使，并赐名“全忠”。
不过，朱全忠降唐虽然极大瓦解了黄巢的势力，但由于其官职的加封，当时或许谁也想不到，朱全忠后来会成为大唐帝国的掘墓人。
朱全忠降唐事件在黄巢义军内部引起极大的辐射效应，黄巢委派的华州刺史李祥与朱全忠日常交往密切，受朱全忠降唐的影响，也企图背叛黄巢。但被黄巢事先发觉，结果骗至长安秘密处死，改派其弟黄邺为华州刺史。不过，李祥的亲信将领依旧在华州，所以华州地区的倾向性依旧不明朗。
与此同时，平卢军留后王敬武也举兵背叛黄巢，王敬武本来是平卢镇一员普通的军将，在举兵反叛黄巢的前一个月，他发动兵变驱逐节度使安儒师，接受了黄巢委任的官职。可是当王铎传檄四方，藩镇们纷纷增兵关中地区包围黄巢后，王敬武认为黄巢的形势十分危急，于是经王铎派遣的都统判官、谏议大夫张浚的劝说，他也举兵反叛黄巢，派兵跟随张浚进入关中，包围黄巢。
不过，虽然不少藩镇响应王铎的号召从四面八方向关中增兵，但是黄巢此时依旧有二十万大军集结在长安附近，这让王铎感觉到，镇压黄巢存在很大的难度，而且王重荣也有进退两难的感觉。因此为了增强军力，行营都监杨复光提出援引李国昌、李克用父子率领的沙陀骑兵进入关中参战。
前边我们说过，李国昌、李克用父子在懿宗李漼在位末年时背叛了朝廷，到了皇帝李儇即位后，对朝廷的态度依旧是反复无常，并不时侵扰北部边境。到了广明元年（880年）七月，李氏父子被唐将李琢和吐谷浑都督赫连铎联手打败，被迫带着宗族逃往阴山下的鞑靼部族。
事实上，当李氏父子看到黄巢兵占长安后，依据当年懿宗皇帝请他们出兵帮助镇压庞勋起义的经历，他们已经预见到，朝廷可能会再次求助于自己，所以积极训练自己的骑兵队伍，准备随时听候朝廷的召唤。
当时赫连铎暗中联系鞑靼部族统帅，他认为李氏父子不是甘心寄人篱下的人，现在训练骑兵，是为了最终兼并鞑靼部族，并建议找到合适的时机依据除掉李氏父子以绝后患。当时以李氏父子的实力，还无法做到兼并鞑靼部族，所以李克用在得知鞑靼部族有意清除其父子时，一方面在与鞑靼将领们外出打猎时，故意显示自己精湛的武艺，以此来威慑鞑靼人，使其不敢轻易下手；另一方面故意宣称李氏父子不会在鞑靼部族驻留过长时间，只要朝廷征召，会立即回到中原，协助朝廷围剿黄巢。
鞑靼部部族统帅通过观察，见李氏父子没有久留之意，也就打消了清除他们的念头。与此同时李克用也不断向朝廷上表请降，希望能够协助朝廷平定黄巢。
于是，在杨复光的积极建议和李氏父子的积极努力下，中和二年（882年）十一月，皇帝李儇下诏让李氏父子带领骑兵返回中原，协助朝廷平叛。
十一月十二日，李克用和代北监军陈景思带领沙陀骑兵三万人挥师南下，十二月，李克用领兵抵达河中府。当时沙陀骑兵全都身穿黑衣，被称为鹀军。由于沙陀骑兵英勇善战，特别是有过成功镇压庞勋起义的经历，这对于黄巢农民起义军的心理颇有影响，进而产生畏敌情绪。
黄巢看到这种情况后，派使者带着诏书和大量的财物前往河中府与李克用讲和。可是，李可用接受财物后却翻脸，烧毁黄巢的诏书，将使者驱逐，下决心剿灭义军，并亲自引兵至夏阳（今陕西韩城）渡河，屯驻同州，成为包围长安的官军先锋人马。
与此同时，身在华州的李祥亲信将领发动兵变，他们赶走黄邺，共举王遇为统帅。稍后王遇即举华州之军投降王重荣，作为长安重要屏障的同、华二州就这样在两个月内先后重新回到官军手中。
随着李克用的沙陀骑兵加入官军，从中和二年下半年起，官军和义军的实力发生变化，官军的兵力明显增多。特别是李克用沙陀骑兵的到来，官军取胜的信心有所增强，而黄巢则陷入粮草匮乏和军心不稳的困境之中。
进入中和三年（883年）以后，战局继续向着官军有利的方向发展，当时田令孜看到黄巢已经呈现衰败趋势，便着手为宦官集团抢夺胜利果实。正月二日，王铎任命李克用为东北面行营都统，杨复光为东面都统监军使，陈景思为北面都统监军使，这样使得宦官的兵权进一步增强。
但即使这样，田令孜依旧不满足，正月八日，他为了进一步笼络杨复光、陈景思等宦官，又以“讨黄巢无功”为理由，奏请皇帝李儇罢免王铎的诸道行营都统之职和崔安潜的副都统之职，以宦官西门思恭为右神策军中尉，充诸道租庸兼催促诸道进军等使。而皇帝李儇则任命田令孜为十军兼十二卫观军容使，统管全部禁军。
对于镇压黄巢的军事力量，宦官集团主要依靠李克用的沙陀骑兵，正月十日，李克用的部将李存贞在沙苑（今陕西大荔与朝邑交界）击败黄巢的弟弟黄揆。二月，进军沙苑西南的韩沆，与河中、易定、忠武等军会合，黄巢得到消息后派部将尚让、赵璋、王璠、林言以及弟弟黄邺、黄揆等人率领十五万大军屯守于华州城西三十里处的梁田陂，准备与官军决一死战。二月十六日，双方展开大战，由于黄巢大军缺乏统一指挥最终战败，史书记载“俘斩数万，伏尸三十里”。
不过，梁天陂之战后，王璠和黄邺转而就近攻打华州，并成功驱逐王遇，重新占据城池据守。李克用得到消息后，立即领兵将华州团团包围。三月六日，尚让领兵援救华州，李克用、王重荣闻讯在距离长安大约九十里的零口（今陕西临潼）加以阻截，将尚让打得大败而归。李克用趁势进军至长安东北的要冲之地东渭桥，并每天夜间派部将潜入长安，四处焚烧粮草制造混乱，搞得长安城内人心惶惶。三月二十七日，在官军的进攻之下，华州守将黄邺弃城逃跑，官军二次夺回华州。
纵观整个战场局势，梁天陂之战和零口之战，可以说是黄巢义军试图扭转不利战局的两次努力，是直接关系到长安大齐政权存亡的两次重大战役，而两战连续失利，标志着黄巢义军已经无力遏制官军的进攻，尤其是李克用的沙陀骑兵。
身在皇城中的黄巢眼见以沙陀军为首的官军来势凶猛，加上长安城中粮草匮乏，便产生了退出长安的想法，因此发兵三万扼守蓝田（今陕西蓝田）通往武关的道路。四月八日，李克用、王重荣联合从渭桥发动对长安的进攻，义军虽然拼死抵抗，但一日三战皆败。两天后，杨复光命令部将杨守宗带领人马跟随李克用从光泰门攻进长安，在这期间李克用带领沙陀骑兵作战神勇，《资治通鉴》评价认为：
克用时年二十八，于诸将最少，而破黄巢，复长安，功第一，兵势最强，诸将皆畏之。克用一目微眇，时人谓之“独眼龙”。
就在李克用攻进长安外城的当天晚上，黄巢带领十五万义军在夜色的掩护下仓促撤离长安，从兰田进入商山向东退去。
官军入城后，随即开始大肆劫掠，由于没有统一的调度，对长安造成了严重的破坏，《资治通鉴》评价“官军暴掠，与贼无异，长安室屋及民所存无几”。从某种角度而言，官军重新夺回长安后，在几天之内所造成的破坏远远超过占据长安两年多的黄巢义军。
《旧唐书•黄巢传》将这次以藩镇为主力部队的官军对长安的劫掠，与当年安禄山占据长安以及代宗李豫时期吐蕃侵入长安所造成的破坏做了比较。
自禄山陷长安，宫阙完雄，吐蕃所燔，唯衢庐舍。朱 乱定百余年，治缮神丽如开元时。至（黄）巢败，方镇兵互入掳掠，火大内（大明宫），唯含元殿独存，火所不及者，止西内，南内及光启宫而已。
不过值得一提的是，由于官军的贪婪，黄巢义军在撤退之时，沿途故意丢下大批财物，官军一路拾取，没有追击黄巢义军，致使黄巢义军得以全身而退。
黄巢虽然撤出了长安，但由于保留了完整的军队，所以此后在河南地区与官军继续展开拉锯之战。中和三年（883年）五月，黄巢派左军中尉孟楷带领一万人马为先锋军进攻蔡州，节度使秦宗权战败投降，孟楷随即从蔡州移师攻打陈州（今河南睢阳）。
当时担任陈州刺史的，是自曾祖父以来曾担任过忠武军牙将的赵犨，而忠武军也是自王仙芝、黄巢起兵后一直参与镇压的一支官军主要力量。早在黄巢刚刚占领后，赵犨就预感黄巢如果有一天撤出长安，必定向东进兵，而陈州是其首当其冲的必进之地。所以他一直修筑城池，囤积粮草，积极进行备战，他将陈州城外六十里内有钱粮的居民统统强制迁入城内，目的是为了增加城中的粮食储备，而且如果黄巢前来进攻，让其无法在当地募粮。
当孟楷领兵走到项城（今河南项城）时，赵犨趁其不备，突然发动猛攻，结果孟楷兵败身死。黄巢闻讯大怒，与秦宗权合兵围攻陈州，可是由于赵犨事先做了充分的守城准备，义军一时间难以攻克。黄巢一心要为孟楷报仇，竟在陈州城外建起一座“八仙营”，而且布列百官曹署，做长期攻打陈州的准备。黄巢包围陈州将近一年的时间，大小数百战虽然互有胜负，但始终拿不下陈州。
在我看来，黄巢当时颇有些感情用事，因为失去长安的根据地，黄巢有意继续采取流动战术对抗官军，但围攻陈州将近一年，实际上是自捆手脚，更加不利于已经处于战略劣势的黄巢。而后来的事实证明，围困陈州是个不折不扣的错误，正是从此战开始，黄巢逐渐走向败亡。
赵犨在陈州一边拖住黄巢大军，一边派人向邻道求援，当时武宁节度使时溥、忠武节度使周岌和宣武节度使朱全忠全都领兵前来救援。十二月间，朱全忠在鹿邑（今河南鹿邑）小胜义军，并趁势进驻亳州，但是他们看到黄巢兵势依然强盛，在没有必胜的把握下，他们向李克用求援。
李克用攻占长安后，在局势稳定后便领兵返回雁门，不久便被皇帝李儇任命为河东节度使，并坐镇晋阳（今山西太原）。中和三年（883年）二月，李克用在接到陈州方面的求援后，亲率五万大军渡过黄河，与朱全忠、周岌、时溥等人会师。四月二十九日，几路大军连续对黄巢发动进攻，先在陈州附近的太康击败尚让，又在西华（今河南西华）击败黄邺，义军损失万余人和大批粮草，黄巢被迫从陈州撤围，退军至陈州城北的故阳里。
当时朱全忠的治所汴州就在陈州的西北处，他担心义军乘虚进攻自己的辖地，于是急忙领兵退回大梁（今河南开封）。就在朱全忠退军的没几天，五月三日，黄巢因为陈州当地大雨滂沱，军营被雨水淹没，无法继续屯驻，加上李克用的沙陀骑兵不断进逼，便亲自领兵进攻汴州，并派尚让领兵攻打大梁，朱全忠早已经料到黄巢会有这一手，所以在积极抵抗的同时，继续向李可用求援。
五月六日，李克用与忠武军监军田从异领兵从陈州西北处的许州出发，于两天后在中牟（今河南中牟）北面的王满渡追上黄巢，并乘义军渡河之际发动进攻。黄巢被击败后带领残部继续向北撤退，这次李克用吸取了官军攻占长安后没有立即追击黄巢的经验教训，领兵对黄巢紧追不舍。
从五月六日开始一直到五月十日为止，连续四天的时间，李克用分别在封丘（今河南封丘）、冤句、汴州打败黄巢，义军一败再败，而且很多将领看到大势已去，纷纷投向了官军。尚让投降了时溥，其他将领例如李党、周霍存、葛人周、张归霸、张归厚等人则投降了朱全忠。
此后，在将近一年的时间里，黄巢虽然依旧采取流动战术对抗官军，但始终处于被动挨打的境地，而且由于大批将领降唐，使得黄巢手下无人可用，只得亲自领兵作战。中和四年（884年）六月十五日，在和官军交战数十次之后，黄巢进入莱芜境内。让他想不到的是，李克用和时溥在这里已经布下天罗地网，最终黄巢再次战败，被迫退入狼虎谷（今山东莱芜西南），两天后，由于粮草断绝，黄巢见大势已去，遂自杀身亡。
十年前，黄巢带着对李唐王朝的满腔仇恨，决心起兵反唐，也曾一度让李唐皇族面临灭顶之灾，但高傲、自负以及对时局判断有误，导致黄巢最终功亏一篑。千百年来人们对黄巢毁誉参半，有人说他是著名的农民起义领袖，对腐朽的唐王朝予以致命的打击；也有人说他起兵十年，杀人无数，是个双手沾满鲜血的杀人魔王。但无论如何，黄巢起义都是大唐帝国历史上无法绕开的话题，除了加速大唐帝国灭亡的步伐之外，还因为在此之后各路藩镇趁着帝国的混乱局势，逐渐将大唐帝国肢解。
中和四年（884年）七月二十四日，时溥派人将黄巢的首级及妻妾送往蜀中。皇帝李儇看到黄巢的首级后不禁喜极而泣，他顿时感觉到十年心惊肉跳的日子将就此结束，自己终于可以安稳地回到京城长安，继续他的游宴与嬉戏。
然而，此时的李儇一定没想到，黄巢虽然失败，但未来各路藩镇带给他的依旧是接连不断的噩梦。