首先是曾国藩抓获了太平军的一个信使，得到了洪秀全给李秀成的手谕，上面说湖南还有江北地区现在正是兵力空虚的时候，让李秀成调派二十万部队，先攻打常熟，然后一方面攻打扬州，一方面观察皖、楚。于是曾国藩派遣李鸿章先发制人，告诉他迅速攻占太仓州来扰乱常熟，牵制住李秀成的兵力，使他不能赶赴江北。李鸿章的想法也跟曾的一样。同治二年二月，李鸿章命常熟驻守的将领死死守住那里，等待救援，并且派遣刘铭传、潘鼎新、张树珊率领部队开着轮船赶赴福山，和敌人展开了几十次战斗，都取得了胜利。另外派遣程学启、李鹤章攻打太仓、昆山县[5]，来吸引太平军的兵力，又命令戈登率领常胜军和淮军一起攻打福山，最终攻占了那里，常熟的危险解除了。三月，又用武力收复太仓、昆山，擒获敌军七千多人，程学启的功劳最大。自此以后，戈登更加佩服程学启了。
五月的时候，李秀成离开无锡，和五个部将一起带着水军、陆军共十几万人，想要支援江阴，占据常熟，李鸿章派遣他的弟弟李鹤章，还有刘铭传、郭松林等人分不同的道路前去抵抗敌人。刘铭传、郭松林和敌军的先锋部队相遇了，攻打敌军获得了胜利，但是敌人的气势也很旺盛，每次战斗，双方的死伤情况都差不多。当时敌军驻扎在运河的边上，向北到北漍，向南一直到张泾桥，东边从陈市开始，向西一直到长寿，占了差不多六七十里，有数百个堡垒都控制着运河险要的地方，太平军把那些桥梁都毁坏了，在运河上准备好大炮，这种水上和陆地相呼应的策略使形势相当紧张。
李鹤章和刘铭传谋划偷偷收集木材制造浮桥，半夜紧急渡过河流袭击敌人，攻破了敌人在北漍的营地一共三十二个。郭松林也不断进攻，和敌军战斗，攻破了敌人在南漍的三十五个营地。周盛波的部队攻破了敌人在麦市桥的二十三个营地。敌军全线崩溃，死伤数万人，尸体堆积在河里，河水都快不流动了；又擒获了敌人的首领一百多人、马五百匹、船二十艘，另外还有很多兵器、弹药和粮食。自此之后，顾山往西就再也没有太平军活动，淮军取得了非常大的胜利。六月的时候，吴江的敌人在这种情况下，也不得不投降。
程学启率领着一万多人的军队，和刘铭传秘密谋划收复苏州。先是进攻打进花泾港，降服了看守那里的将领，然后驻扎在潍亭。七月的时候，李鸿章亲自带领官兵，用武力收复太湖厅，朝着苏州进发，先让刘铭传攻打江阴。敌军里的一位骁勇的将领陈坤书，调集了湖南、湖北、山东一共四支庞大的部队十几万人一起来增援。李鸿章、刘铭传亲自来分析敌人状况和战争形势，看见他们的营垒大大小小像棋盘上的棋子一样整齐排列，往西到江滨，往东到山口，看完这些才做出部署猛烈攻打他们。敌人奋力抵抗，实力也很雄厚，双方相持不下。随后江阴城内有人发动内变，打开城门投降，江阴也被收复回来。
当时程学启驻扎在苏州的郊外，接连好多天都在打仗，前前后后一共打了几十次胜仗，敌人的壁垒在宝带桥、五龙桥、蠡口、黄埭、浒关、王瓜泾、十里亭、虎邱、观音庙共有十几处，都被攻破了。而郭松林的军队也在新塘桥获得胜利，杀了太平天国两个首领，还有上万的普通士兵，抢夺了船舶几百艘，敌人水军的兵力一下子大减，衰落下来。李秀成为此痛哭流涕，心中悲愤，不能自已。从此以后，淮军的名声威震天下。
敌人的军队遭到重挫后，李秀成发动反攻，下令让他手下的将领集合无锡、溧阳、宜兴等地的士兵八万多人、船舶一千多只，从运河口出去，而他自己率领精锐部队几千人，占据金匮，援助苏州，互相配合应敌，和政府官军接连战斗，双方都互有胜败。十月十九日，李鸿章亲自做督军，程学启、戈登率先锋部队进攻苏州城，苦苦奋战，战况十分激烈，攻破了它的外围。李秀成和谭绍洸等人撤退到城内，死守着最后这片土地，丝毫不屈服。不久，政府官军水上、陆上一起前进，合起来对苏州进行三面围攻，城中的粮食已经吃完，众人疑心重重，内心很恐慌。李秀成的副将郜云官等人猜忌心非常重，产生了二心，于是私下和程学启协商，想要投降。然后程学启和戈登亲自坐着一艘小船到城北边的阳澄湖，和郜云官等人当面订下了投降的约定：如果郜云官能杀了李秀成和谭绍洸，就奖赏给他二品官位。由于戈登为他当担保人，所以郜云官这些人没有起疑心。然而最终他还是不忍心杀害李秀成，只是斩了谭绍洸的人头后就离开了。
李秀成之前就察觉出他们在秘密谋划着什么，但是事情已经发展到这个地步了，说什么做什么也没有用了，于是他连夜就出城去了（十月二十三夜晚）。二十四日，谭绍洸因为有事，就把郜云官叫到了帐篷中，郜云官和猛将汪有为非常害怕，因此一见到谭绍洸，就把他杀死了，并且暗地杀了他的亲信部队一千多人，随后就打开城门投降。十月二十五日，郜云官等人献上谭绍洸的首级，请程学启进城来检验。那些投降的将领的头衔列表如下：
一、纳王郜云官 二、比王伍贵文 三、康王汪安均 四、宁王周文佳 五、天将军范起发 六、天将军张大洲 七、天将军汪环武 八、天将军汪有为
当时这八个将领在城中手下的士兵还有十几万人，声势浩大，气势汹汹。他们要求程学启履行承诺，给他们总兵、副将等职位。程学启仔细观察这八个人的人品，觉得他们都称得上是心怀狼子野心的小人，恐怕越到后面越不好管制。于是就和李鸿章秘密谋划，在游艇上开设宴席来犒赏他们，等到作为信号的大炮声一响，埋伏的士兵就出来杀死他们，同时杀了他们手下还在负隅顽抗的余党一千多人，剩下的乌合之众全都投降了。苏州平定，李鸿章因为立了大功，皇上加封他为太子少保。
先前这八个首领投降的时候，戈登确实是担保人。等到他听说李鸿章说话不算数的时候，十分生气，想要杀了李鸿章来惩罚其所犯下的罪过。他自己就带着短枪寻找李鸿章，李鸿章就一直躲避他，不敢回军营。过了几天，戈登心中的愤怒逐渐消除了，这件事情才算过去了。
说明：李鸿章在这件事情上确实有应该惭愧的地方。因为杀害投降的人不是一个君子应该做的事情，更何况是投降之前有约定，甚至还有担保人。他的这个做法有三处不对的地方：杀害已经投降的人违背公理；不遵守约定，说话不算数，是第二个不妥的地方；欺骗戈登，辜负朋友，是第三个做得不对的地方。戈登对于他这样的行为恨得咬牙切齿，非常痛恨，甚至想要拿刀捅进他的肚子里才能解恨。这样做难道不是很合理的吗？虽然他考虑到苗沛霖、李世忠等人投降后可能会再次叛变的情况，有不得已的原因，但是李文忠（李鸿章）生前很喜欢用一些小聪明和小伎俩，在这件事上也可以看个差不多。
苏州已经用武力收复，这确实是平定江南的最关键的事。先是曾国藩、左宗棠、李鸿章，三个人各自带着一支部队向东去，深入敌人军事重地，他们之间也没有办法联络或者是互相配合应敌，所以孤立无援，形势和处境都非常危险。在苏州之战胜利之后，李鸿章建议应该统筹全局，乘胜进入浙江这些地方，和曾国藩、左宗棠两支军队互相接应，把力量聚集在一起再去攻打别人，这是政府官军后来制胜的第一要素。十一月，刘铭传、郭松林、李鸿章进攻无锡，占领了那里，抓获他们的将领黄子漋父子二人后斩首。后来李鸿章把他的军队分为三支部队：甲队，他自己率领；乙队，程学启率领，进入浙江，攻占平湖、乍浦、澉浦、海盐、嘉善这些地方，进逼嘉兴府，左宗棠的军队（浙军）也来和他们互相配合应敌，进入杭州地界，攻打余杭县[6]，屡次击败敌军；丙队，由刘铭传、郭松林等人率领，和常胜军共同攻打常州，获得了极大的胜利，依靠武力收复了宜兴、荆溪，抓住了敌人的将领黄靖忠。李鸿章还命令郭松林进攻溧阳，降服了敌军。
当时的敌军将领陈坤书，有部下十几万人，占据着常州府，摆开阵势来攻打政府官兵的背面。李鸿章和刘铭传率军防御，敌军气势逼人，而官军就不幸地失利了。陈坤书又偷偷派兵迂回到江苏内部心腹之地，在江阴、常熟、福山等地方不断出没，江阴、无锡因此而戒严，江苏以西受到了非常大的震动。在此种情况下，李鸿章命令刘铭传自己独自处理常州地区的事情，然后急忙召唤郭松林放弃金坛，日夜不停地赶路，来支援苏州。又让李鹤章立即回去死守无锡，杨鼎勋、张树声率领别的军队把守江阴的青阳、焦阴，切断敌人的后路。当时敌人的部队围剿常熟的力度不断加强，艰苦的战斗已经持续了很多天，仅能勉强支撑。太平军又一起围剿无锡，李鸿章建立的壁垒几乎要守不住了，眼看防线就要崩溃了。几天之后，郭松林的援军到了，他们浴血奋战，击退了敌人，这才解了围。郭松林因在本次战争中有功劳，所以被授予福山镇总兵之职。
先是程学启围剿嘉兴（从那一年的正月开始）非常紧急，嘉兴城中驻守的士兵与政府官军针锋相对，两军交战，死伤都很惨重。二月十九日，程学启激励手下的将士们，一定要尽快地攻占这个地方，打败敌人，结束战斗，于是程学启亲自冲锋陷阵，越过浮桥，爬上攻城的云梯。在城上的敌军死死地守着，一直朝着他们射击，打来的子弹多得像下雨一样，忽然一颗子弹飞过来，打中了程学启的左脑，他摔倒在地。副将刘士奇看见了，立刻顶上，代替主将程学启监督部队，并率先登上了城楼。战士们化悲愤为力量，勇气瞬间高涨百倍。而潘鼎新、刘秉璋等人也通过水、陆交替前进，最终攻占了嘉兴。
程学启被打伤后，躺在床上治疗了二十多天，还是不见好转，最后在三月十日逝世，被赐予“忠烈”的称号。李鸿章悼念他的时候，痛哭流涕。
嘉兴这个地方被政府以武力收复后，在杭州的敌军气焰一下子变得非常低落，在二月二十三号的时候（二月十九日嘉兴被收复），敌军的主力趁着晚上从北门全部撤出城里。左宗棠的军队在三月二日的时候进入杭州城，从此，苏军（李鸿章的军队）和浙军（左宗棠的军队）的部队合兵一处，成功会师。
程学启去世之后，李鸿章让他手下将领王永胜、刘士奇分别率领程学启的部队去和郭松林在福山镇会师，从福山镇进攻沙山，经过接连几天的战斗，占领了沙山。到了三河口，消灭了两万人。于是李鸿章督促各部队合作，一起围剿常州。刘铭传攻打西北部，成功攻破；郭松林攻打陈桥渡的军营，成功攻破；张树声、周盛波、郑国櫆等人袭击河边敌人的军营二十几个，也都成功攻破。战败的敌军落荒而逃，想要回去进入常州城内，陈坤书拒绝他们进入，所以被政府官兵杀死在城下的敌军败兵数都数不过来了。三月二十二日的时候，李鸿章的军队正式进逼常州城，用大炮和炸药轰炸城墙，城墙被炸开了一个数十丈长的大口子，然后挑选了数百名勇士组成敢死队，战士们扛来梯子，登着梯子强行爬墙。陈坤书骁勇善战，他亲自率领强壮的士兵们出去战斗，驱赶他们，修补被轰开的缺口，政府官兵死了好几百人。李鸿章十分愤怒，督促众人要更加努力，命令多多准备攻城器材，接连好多天进行猛烈的攻击，两军的受创程度和人员死伤同样惨重。经过了十几天后，李鸿章亲自到战场去当督军，刘铭传、郭松林、刘士奇、王永胜这些人，身先士卒，亲自出战，拼死搏斗，登上了城楼，敌人终于乱了阵脚。陈坤书依然不屈服，和他手下的将领费天将一起率领那些剽悍的士兵，和政府官兵展开激烈的巷战，郭松林浴血奋战，俘虏了陈坤书，费天将也被周盛波抓住了。刘铭传大声喊着“只要放下兵器，过来投降的人可以被赦免”，听到这话，立刻有一万多人投降。在本次战斗中政府的军队也死了几千人。常州就这样被收复了，当时是四月六日。从这以后，江苏的军队（李鸿章的军队）和南京的军队（曾国藩的军队）之间的联络全部畅通了，在江苏全省范围内，除了南京府，没有敌人活动的踪迹了。自从同治元年壬戌春天的二月，李鸿章率领着八千人抵达上海，正式开始统领淮军，还有常胜军，转战各个地方，经历了大大小小的战斗有几十次，从松江保卫战开始，一直到嘉兴、常州攻坚战结束，一共整整两年，到了同治三年甲子夏天的四月，扫清苏南太平军的任务大功告成。
说明：李鸿章扫清苏南地区的太平军，是靠着淮军将士们骁勇善战、意志坚韧，还有华尔、戈登也贡献了很大力量，而不是只依靠常胜军打下了几座城池，打赢了几次战斗。当时李秀成论智慧、论勇气都是数一数二的，他的军队大多使用西方的枪支和大炮，程学启、刘铭传、郭松林、周盛波、张树声、潘鼎新这些将领虽然善战，但却只依靠天生的勇气和谋略，而不知道新式作战方法的作用，所以淮军在战争初期的时候，和敌人的军队相遇，常常被敌人打败。李鸿章从中吸取教训，命令那些将领也向常胜军学习，也用了不少常胜军用过的武器。要说左宗棠平定浙江太平军的功劳，还得到了法国军官托格比、吉格尔这些人的很多帮助。这个朝廷要灭亡了而又起死回生，英国人、法国人有很大的功劳。他们的意思是，想要永远保持东亚和平的局势，把这里建设成为商务活动的乐园，但是没想到一直到今天，中国还不想着自我振兴，将来恐怕就会有Great revolution（大革命）发生。
先是曾国荃的军队在水上和陆地上互相配合应敌，围剿南京已经有两年，到了甲子年正月，攻占了钟山的石头壁垒。敌军失去了他们的要塞，包围金陵的外围部队开始联合起来围剿，太平军内部和外面互不相通，运送粮食的道路也被截断了，城中没有粮食了。洪秀全知道大势已去，做什么都没有办法挽回了，于是在四月二十七日喝毒药自杀了，他的将领们拥护他的儿子洪福继位。当时朝廷的官军还不知道有这件事，朝廷多次下旨，命令李鸿章把自己的得胜之师派出去帮助围剿南京。曾国荃认为被困在城中的贼寇已经非常疲惫了，粮食、弹药都已经没有了，被歼灭的日子指日可待，所以觉得没有必要再借助于李鸿章的力量。李鸿章本人也不愿意瓜分曾国荃的功劳，一直采取回避的态度，于是托人对皇上说，正是盛夏，酷暑天气不适合用火器，以此为理由，一直不肯出兵。朝廷不明白李鸿章真正的想法，一直不停地催促他出兵，曾国荃听到这些，内心既担忧又愤怒，便从五月十八日开始，日日夜夜督促将士们猛烈地攻打地保城（就是龙膊子山上最坚固的壁垒，也是那里第一险要的地方），该地很快便被攻了下来。他派人深挖隧道，从五月三十日到六月十五日，成功开凿了十几处隧道，曾国荃下令城外的各个军营做好一切战斗准备，另外重金招募不怕死的战士，准备城墙一打开缺口就猛冲进去。
当时李秀成在南京城内，洪秀全死后，发号施令的权力就集中到了他的身上。李秀成懂得看人，也善于用人，施以恩德和树立威信同时进行，所有人都真心佩服他，军队的将士们都对他很服气，对他就像是儿子对待父亲一样。五月十五日的时候，李秀成亲自率领几百个不怕死的勇士，从太平门的那个缺口突出重围；又另外派遣几百个不怕死的勇士穿着官兵的衣服，从朝阳门突出重围，一直冲到曾国荃的军营，放火喧哗。当时官兵们已经劳累了很多天，非常疲惫，几乎丧失了战斗力，突然遇到这种紧急情况，都要崩溃瓦解了，幸好有彭毓橘等将领带着部队赶过来救援，这才平息了这场危机。
六月十六日正午，隧道里放的火药爆炸，当时就好像有上万处雷声同时炸响，天地都跟着一起颤动了，城墙崩坏了大概二十几丈。曾国荃军队的战士们使劲往前冲，从城墙攀登上去，敌人的士兵拼死抵抗，双方军队开枪射击，子弹多得好像下雨一样，当场击毙城外的士兵四百多人。官军的士气更加高涨，踩着尸体向前进，终于杀进了城内。李秀成自己早已抱定必死的决心，把自己心爱的骏马献给年幼的主人洪福，让他能够逃出城去，而李秀成自己则监督士兵接着打仗，战斗持续了三个日夜。力气用尽被俘虏的、敌军大小将士战死的、被烧死的，一共三千多人，整座城里的宫殿房屋连续烧了三天都没有熄灭。城中长期跟随着洪秀全的男女老少，大概有十几万人，没有一个投降的。自从咸丰三年（一八五三年）癸丑，洪秀全占领南京，到现在这里被朝廷收复，历时十二年时间。
说明：李秀成能称得上是真正的英雄豪杰！当他面对生死存亡的危急时刻，整座城上上下下，危在旦夕，但他还能够指挥千百名士兵，进行非常有组织的突围和决战，几乎要把政府军队歼灭了。五月十五日那天的战斗，曾国荃的军队没有被消灭，完全是老天保佑。等到南京的城墙被攻破，李秀成还能够让出心爱的马匹去救年幼的主人，自己慷慨激昂地去送死，有和国家同生死、共存亡的志气，就算是古代的大臣和儒将，有谁能够超过他呢？项羽的乌骓不离开，文天祥忧国忧民却无力改变，是天意还是人为造成的呢？我听说李秀成离开苏州的时候，苏州的百姓，不论男女老少，没有不痛哭流涕的。至于他用该有的礼数厚葬王有龄，善良地对待和体恤在战争中失败或者投降的将士，非常有文明国家战争时立的公约和法律的意思。南京城中的十几万人，没有一个要投降的，就好像齐国的田横五百士一样，他们的志向相同，他们的目标一致，而李秀成巨大的魄力，又是他们的百倍，这是有史以来，战争从来没有出现过的最后的结局。假如让李秀成处在洪秀全那个位置上，那么在今天这片土地上，谁知道会是哪家的天下呢！李秀成被官军抓住后，从六月十七日到十九日一共三天里，他站在笼子里，情绪激昂地写下供状，记述了一共好几万字的史实，虽然经过政府的删减，没有能够完整地流传下来，但是一直到今天读这些时，仍然能感觉到他的大义凛然，能感受到他当时的心境。唉！刘邦成了天子，天下人就诋毁项羽，用成王败寇的那套标准去评论人，今天又有谁愿意为李秀成的丰功伟业说上一句好话呢。几百年之后，自然会有合理的评价，后人所撰写的良史，怎么可能会存私心，有偏私的观点夹杂其中呢？虽然世间的法则是物竞天择、适者生存，曾国藩、左宗棠、李鸿章也都是人中豪杰。
南京被武力收复，朝廷当然要论功劳大小给予赏赐。两江总督曾国藩被加封太子太保的官衔，封为世袭一等侯；浙江巡抚曾国荃、江苏巡抚李鸿章都被封为世袭一等侯。剩下的其他将帅也都受到了不同程度的奖赏。曾国荃收复南京这件事，有好多将领都忌妒他的功劳，到处说他的坏话，诽谤他的言论一时间在好多地方兴起，即使是左宗棠这样的贤能之人，也都跟着一起诋毁曾国荃，唯独李鸿章从来没有说过这些话，而且在很多时候还努力为曾国荃辩护。
说明：这也是李鸿章能够得到“文忠”这个谥号的原因。朝廷下旨让他帮忙围剿南京，他却不想瓜分人家已经快要到手的功劳，等到事成之后，也不对推荐他的人心怀忌妒，这种道德和胸怀的确有过人之处，他的名声不是虚传的，也不是随便说说的。
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[1] 奉贤县：今为奉贤区。
[2] 嘉定县：今为嘉定区。
[3] 余姚县：今为余姚市。
[4] 慈溪县：今为慈溪市。
[5] 昆山县：今为昆山市。
[6] 余杭县：今为余杭区。