在特拉法尔加海战之后，“象与鲸”的对峙局面还在持续。英国海军照旧一往无前，而拿破仑将奥地利打得落花流水，成了欧洲大陆的霸主。这种情形下，重拾之前未能如愿的和谈似乎是不二之选。因此，拿破仑只得另辟蹊径破坏英国（他称为“零售商之国”）的贸易。1806年的《柏林敕令》（BerlinDecrees）建立了针对英国的大陆封锁体系，所有拿破仑能施加影响的港口都被禁止与英国有贸易往来。这一次，拿破仑试图不费海军一兵一卒就与英国进行海战，并对其进行封锁。作为回应，英国也通过一系列的枢密院法令（OrdersofCouncil）停止了与那些遵循《柏林敕令》的港口的贸易往来。这一政策需要皇家海军进行职责转型。直到此时，英国海军的任务还是以护航舰保护船运，以及以战列舰封锁一些重要的海军港口，这两项任务海军都还能够胜任。而现在，所要封锁的港口范围扩展到所有遵循《柏林敕令》的贸易港，无论大小远近。为了完成这一任务，造船厂开始大量生产小型船只。早在18世纪90年代，英国就建造了如“库鲁兹”号（Cruizer）这样的18门火炮双桅帆船，但是19世纪早期，英国又定制了90艘类似级别的小战舰。海军的规模也在扩大，到1812年时，英国海军的船只规模已经过千。这样的扩建催生了世界上第一次机械化大生产。维多利亚时期伟大的工程师之父马克·伊萨姆巴德·布鲁内尔（MarcIsambardBrunel）就为朴次茅斯的皇家造船厂设计了一系列用于生产索具的机器。

海军的军官队伍中依然有暴虐者。由于被人举报，“涅瑞伊德”号（Nereide）的罗伯特·科比特（RobertCorbet）上校就因为曾经未经授权惩罚船员而受到军事法庭的审判：

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然后，他派人去找摩西·威尔（MosesVeale），水手长的副手来打我。他抽了我6下还是8下，我根本站不住了，科比特上校却告诫我，如果我不好好站着，他就把我绑在雅各布的梯子上。后来，我被绑在梯子上，一直被打到上校满意为止。

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后来，在任“非洲”号（Africaine）舰长的时候，科比特上校在某次行动中遇害身亡，据说，这致命一击就是他自己手下放的冷枪。好在当时，残暴如科比特者毕竟寥寥。绝大多数军官都开始学会尊重水手，也都认可安塞姆·格里菲斯（AnselmGriffiths）上校所言：“如今的水手都不再是不愿思考的无知莽夫，他们中有很多都精于常识……”32

传统上，殖民地战争多是欧洲大冲突中的边角。1806年，霍姆·波帕姆（HomePopham）上校从荷兰人手里夺取好望角的时候就不费周章。占领了好望角之后，英国能更好地保护通往印度的海路，也在之后的年月中吸引了大量的英国人来此安家立业；当然，后到的英国人与先来的荷兰人之间不可避免地产生冲突。在好望角，波帕姆得知西班牙在普拉特河（RiverPlate）地区的戍卫羸弱，当地居民又渴望解放的自由。波帕姆遂即自己动身前往，本欲探查，结果顺手拿下了布宜诺斯艾利斯（BuenosAires）。但是西班牙人很快也发现了英军的软肋，起而攻之，英军大败，损失惨重。

法国海军的复兴可能本不应该被忽视，但法军还是得以在自己所占领的地中海主要港口营建了规模可观的战列舰队，至于法军从哪儿找来了那么多经验老到的水手，就无从得知了。

与此同时，真正让英国人不安的是，法国可能通过联盟和征战来获取船只。1807年签订的《蒂尔西特条约》（TreatyofTilsit）就让丹麦成了法国的傀儡，而波罗的海由此向法国人敞开大门，对英国人来说，这也非好事。与今天的海湾不同，波罗的海是很多战略物资的主要来源地，其中就包括波兰和俄国顺流而下运送的木材以及斯德哥尔摩的焦油。为了保住英国在波罗的海地区的地位，詹姆斯·甘比尔（JamesGambier）招兵远征。在哥本哈根岸边，甘比尔一边用炮船猛轰城内，一边派遣军队上岸占领该城。最终，根据投降协议，丹麦人同意英军占领船坞6周，运走其中所有船只和储备物资。英军俘获70艘船，其中包括18艘战列舰。之后的4年里，詹姆斯·萨玛瑞斯（JamesSaumerez）上将（在尼罗河地区时，曾是纳尔逊的副将）率军进驻波罗的海，与瑞典结盟。这一战略物资的供给线由此得以维系，甚至还在日后与俄国人建立了联系。

英国人还想借由自己强大的海军优势，插足欧洲大陆。1809年，英军在荷兰小岛瓦尔赫伦（Walcheren）登陆，减轻了英国盟友奥地利的压力，却也关闭了前往斯凯尔特河（RiverScheldt）和安特卫普的通道。英军的毛病重犯，两大指挥——海军的理查德·斯特罗恩（RichardStrachan）爵士和陆军的查塔姆伯爵——又没能相互协调、合作，4000名士兵死于瘴气中毒，任务告终。

海军的运气一直尚佳，这一次，他们又意外发现了另一条通往大陆的海道。1808年，葡萄牙作为长期以来英国忠实的盟友和贸易伙伴，拒绝接受法国的大陆封锁体系。法军要求派遣军队穿越西班牙境内，前往教训葡萄牙，当时，西班牙国王被推翻，拿破仑胞弟僭政，西班牙人对此本就不满，起义之火四起，画家戈雅（Goya）就用画笔记录下了法军占领的残暴场景。英国也派遣亚瑟·威尔斯利（ArthurWellesley）率军前往，零星的冲突发展成为半岛战争（PeninsularWar），很快，海军也加入了战斗。原本在里斯本执行封锁任务的74门火炮船“阿尔弗雷德”号（Alfred）被派出，负责运输数百名海军陆战队员去支持葡萄牙的小镇菲盖拉达福什（FigueiradaFoz）的地方起义。与此同时，一大队运输船在威尔斯利的率领下载着9000名士兵从科克郡（Cork）启程。当他们到达科伦纳（Corunna）时，当地的西班牙起义军拒绝让他们登陆，威尔斯利一队人只好向南，在菲盖拉的小港口登陆，并与一支4000人的军队会师。军队向南部的里斯本行进，“阿尔弗雷德”号以及其他船只保持与地面部队的联络，并为其提供补给。之后又有军队抵岸，从海滩登陆，足见拥有港口的优势，即便它小如菲盖拉。士兵中有人记录了登陆的场景：

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岸上有二三十名英国水手，近于赤身裸体，当时，他们中冲在最前面的冲锋队已经散开，犹如闪电击向海面，几次尝试之后……最终成功地将长绳抛给了我们，我们得以抓住长绳。之后，伴随一阵高声欢呼，他们调头全速穿过岸上的人，拖拽我们，直到船被牢牢卡住……他们每人背着一名士兵，将他放到干燥的岸边。33

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在罗丽卡（Rolica）和维梅罗（Vimeiro）两地打败法军后，威尔斯利的部队占领了里斯本，给留下来作战的士兵作为基地。但是他新上任的上司与法国达成协议，让英军在非常有利的情况下撤离了里斯本。

无独有偶，邓唐纳德伯爵（EarlofDundonald），托马斯·科克伦上校当时正在地中海袭击敌军商船，却听闻西班牙人倒戈的消息。科克伦上校曾因单船出击，俘获了4倍于自己船只的西班牙护航舰而闻名于世，同时，他还是一位激进的议会成员。现在，他打起法国来更是干劲十足，妙计迭出：袭击信号台、攻击据点、焚毁发射器，无所不用其极。当英军大半都放弃战斗的时候，科克伦依然守卫着罗萨斯湾（RosasBay）的特立尼达堡（FortTrinidad）。科克伦试图从法国沿海小岛和梅诺卡岛（现在在相对友好的西班牙人手里）两地发动攻击，以此来击退位于西班牙的法国军队。两地的船只和海军陆战队能够切断法军沿海的联络线，迫使他们去翻越艰险的比利牛斯山，而在那里，西班牙和葡萄牙的游击队只需些许正规军的帮助就能歼灭法军。后来，科克伦确实受命率领远征军前往法国西海岸的巴斯克公路（BasqueRoads），去摧毁停靠在岸边的船只，但是启程后不久，他就与甘比尔勋爵发生口角，计划也就因此不了了之。

与此同时，约翰·摩尔（JohnMoore）将军也开始率军从里斯本向西班牙内陆地区行进，这一次前来阻挠的是拿破仑本人，虽然在战场上双方并未谋面。摩尔撤离到科伦纳，准备在此全面撤军，却不幸被敌军击中，战死沙场，战后就被埋在镇子的郊外。“丧钟未鸣，讣告未公，只因我们匆匆将他葬于城外。”当部队逃至港口，发现没有运输船在等候，运输船此时已经前往维哥，士兵们惊慌失措。几个士兵在慌乱中点燃了一个火药库，不料这火药库与一个更大的火药库相连，一时间火势冲天。更可怕的是骑兵奉命宰杀他们的爱驹——“受伤的马因为疼痛而发狂，四处乱窜，放眼望去，都是这些高贵的动物们被砍得血肉模糊的尸体。”34最后，运输船终于来了。本来英国海军将撤离队伍的装载安排得很好，却被大雾扰乱了计划，致使有些船近乎空载，有些船却超载严重。很多被征用为运输船的商船船长毫无战事经验，或只熟悉自己的航线，所以当法军从港口的小山上向他们开火时，慌张逃窜，却连回英格兰南部的航线都找不到。虽然一阵手忙脚乱，好在撤离还算是成功的。

威尔斯利回到里斯本，战场骁勇，战绩辉煌，被授予威灵顿公爵头衔。他一直仰赖海军给自己的陆军提供供给，同时切断法军的供给，以此来报特拉法尔加海战之仇。1812年，公爵向内陆行军，准将霍姆·波帕姆也奉命前往北海岸，并与当地游击队合作，以策应公爵。波帕姆沿着曲折多山的海岸线行进，一路攻下了数个据点，牵制了不少法军。波帕姆夺下桑坦德（Santander）港口的时候，威灵顿公爵在南边70英里处，久攻布尔戈斯（Burgos）不下。波帕姆向威灵顿派送援军，也未能成功。军队最后还是被迫撤回了葡萄牙。波帕姆的行动确实有效，但也没能占领诸如圣塞巴斯蒂安（SanSebastian）这样重要的据点，没能切断法国和西班牙之间的联络。次年，由于拿破仑进军俄国战败，其庞大的帝国也因此摇摇欲坠，威灵顿公爵得以穿过西班牙，进入法国境内。大多数时候威灵顿对于海军的合作苛责不少，但他最后的评价还算中肯：“倘若有人想要了解这场战争，我会告诉他，正是有了我们伟大的海军的支持，我才得以维系陆军，而敌人正是欠缺了这一点。”35

与此同时，在大西洋彼岸，英国皇家海军深陷另一场战斗中。很多英国水手包括海军逃兵，都加入了美国商船，而在缺乏基本文件记录的年代，想要辨清他们的国籍难如登天。美国人对于英军上船搜寻叛逃英籍水手的行径深恶痛绝，抗拒很容易升级成为暴力事件，1812年6月18日，战争爆发。英国可用的战术依然是封锁。美国人非常依赖沿海贸易，所以倘若能够封锁他们的主要港口，议和就指日可待。而美国也可以攻打英属加拿大牵制英军，或者他们也可以用自己的海军打破英军的封锁。

约翰·保罗·琼斯时代的大陆海军在美国独立之后几乎就不复存在了，而后又组建了一支新的海军用以保护美国的船运不受巴巴多斯海盗的侵扰。这支队伍拥有3艘巨大而且性能良好的护航舰，分别是：“美利坚合众国”号（UnitedStates）、“宪法”号（Constitution）以及“总统”号（President），还有不少吨位较小的护航舰、单桅帆船以及双桅帆船。总的来说，美国的海军规模依然很小，战争开始的时候，能够运作的战船只有14艘，海军人数将达到5000人，其中还有不少从港口和船坞征召而来。身为海军部长的琼斯（Jones）如此评价：

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我们的海军实力确实处于劣势，若硬着头皮迎战，定将有辱于我们好不容易建立起来的那点儿民族荣誉——但是我们有的是转移敌军注意力的法子，烦扰敌军自然不成问题。36

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