1589年1月5日，实际上的法国女王，三位国王、两位王后的母亲，统治法国长达30年的凯瑟琳·德·美地奇，于午后1时在儿子的怀抱中逝世。当晚进行了验尸，结果显示，这位可敬的法国太后患有严重的肋膜炎。如果那个冬天，她能等病情好转再处理儿子的事情的话，她或许不会就此逝世。她的医生对此深信不疑。他在记录中悲痛地写道，根据验尸结果，“太后的身体器官非常健康，如果仁慈的上帝使她远离（疾病），太后本可以颐养天年”。

即使玛格丽特弄到通行证（考虑亨利三世对她的敌意，这显然难以做到），她还是无法参加母亲的葬礼。吉斯公爵遇刺使整个法国重新陷入混乱。和波旁枢机主教一样，狂热的巴黎市民都相信凯瑟琳才是幕后真凶，是她杀死了人民敬爱的公爵。市民们不仅不为太后的逝世感到悲伤，反而公开放话，如果国王准备将其埋葬在圣德尼修道院，他们就要攻击送葬队伍，并将太后的遗体扔到塞纳河里去。[12]亨利三世被迫将太后埋在不出名的圣·索夫教堂。太后刚死，许多债主就拿走了太后房间的华丽装饰将其拍卖，以抵押穷奢极欲的国王欠下的巨款。

亨利三世也感受到了天主教同盟的怒火。国王的画像遭到破坏；教士和市政官员都在说国王的坏话，愤怒的人民捣毁了他给死去宠臣立起的镀金墓碑。巴黎大学的教师们签署了一项协议，谴责亨利三世毫无道德，并宣布法国人不必向国王效忠。教皇也开除了国王的教籍。

1589年1月30日，巴黎城中出现了纪念吉斯公爵的活动。圣母大教堂（Cathedral of Notre-Dame）举行了盛大庄严的追思弥撒，到场人员无不痛哭流涕，这和在偏僻的布洛瓦举行的太后的低调葬礼形成了鲜明反差。巴黎所有的教堂都覆盖着黑布，教会下令举行斋戒，第二天，虔诚的信众排成队列，赤足走过巴黎的大街小巷。2月，吉斯家族的末裔马耶讷公爵控制了巴黎，天主教同盟控制了法国大部分地区，包括鲁昂、奥尔良、里昂、图鲁斯以及法国北部和东部的绝大多数地区。[13]

亨利三世别无选择，只能向妹夫纳瓦拉国王求援。纳瓦拉的亨利在写给情妇黛安的信中炫耀道：“五个月之前，我还是一个不配继承王位的异端分子，然而现在，我却是王权的主要支持者。"4月，这两位国王正式决定合作，集结一支大军与马耶讷公爵（Duke of Mayenne）率领的天主教同盟抗衡。不过还是有些人对吉斯家族的权势感到嫉妒，因而继续支持亨利三世，德佩农公爵奉国王的命令，带来了一些军队。此外还有纳瓦拉的亨利的1,200骑兵和4,000胡格诺派步兵和弓箭手，以及德意志和瑞士佣兵。

纳瓦拉的亨利带兵多年，对战争驾轻就熟，这样一位猛将对国王价值无量。另一方面，马耶讷公爵既没有乃兄的军事才能，也不够威风凛凛。5月之后，亨利三世发现己方攻城克地，事态越发明朗。7月，大军已经包围巴黎。

1589年7月31日，一位身份不明的道明会修士来到巴黎城西6英里的圣·克劳德（Saint-Cloud）王室军队营中，表示自己受城中贵人委派，来此和国王有秘事相商。他表示，城中一些市民准备为国王开启城门。他随身带着两位身陷巴士底狱的保王党所写的推荐信（事实证明是欺骗所得）。他到的时候太晚，没能和国王见面——亨利三世已经睡了——不过次日早上，也就是8月1日，他得以面见国王。国王问他来此何事，他拿出信件交给国王。亨利三世正要读信，修士突然冲上前去，亮出袍中隐藏的利刃，正中国王腹部。刺客当场被王家卫队正法，但伤害已经造成。虽然国王的医生相信伤者必能痊愈，但事实证明伤口是致命的。一位编年史家写道，虽然有人劝告亨利三世尽快接受终敷礼，但他还是召来纳瓦拉国王，正式承认他为自己的合法继承人。国王用尽最后一点儿力气说道：“愿我的王国在您的手中繁荣昌盛，愿您成为先祖查理曼那样的伟大君主！我命令一切重臣向您宣誓效忠。”

第二天，天还没亮，多变的法国国王、波兰国王亨利三世也追随太后和吉斯公爵逝世了，当时距他38岁生日还有两周时间。亨利三世没有男性继承人，因此根据继承顺序，纳瓦拉的亨利承继大统。在法国，国王即位时，妻子也将成为王后。

这就意味着，从法理上来说，玛格丽特·德·瓦卢瓦成为了新任法国王后。

当然，尽管纳瓦拉的亨利可以合法继承王位，亨利三世也承认纳瓦拉国王为其合法继承人，但这并不意味着法国人都将认可这项安排。事实正好相反。自从查理曼开始，法国君主就应当是天主教徒，多数法国人也愿意继续天主教的信仰。就连许多和纳瓦拉的亨利并肩作战几个月、并且按照先王遗愿向他效忠的“重臣”们，当得知纳瓦拉国王无意弃绝新教的时候，也立刻违背了自己的效忠誓言。

尽管纳瓦拉的亨利曾模棱两可地承诺过，将来要皈依天主教，并且作出保证，凡是跟随自己的人将来会得到高官厚禄的奖赏——只要他夺下整个法国——但是，亨利三世遇刺身亡之后，他立刻失去了一半军队。天主教同盟根本不会承认一个异端继承法国王位，他们很快承认了纳瓦拉的亨利的亲戚、年迈的波旁枢机主教为新任法国国王，此人当时还被关在布洛瓦。事实上，从当时法国人口中新旧教人数比例来看，六分之五的法国人是不支持胡格诺派分子统治法国的。

六分之五的人口反对自己显然不是好事。纳瓦拉的亨利手下不少将士叛变，不得不放弃围攻巴黎。他和他规模不大的军队在接下来三年时间都在为王位而战。尽管伊丽莎白一世提供了他后续的军队和资金，他本人也取得了不少胜利——基本上都是在诺曼底打的——巴黎和天主教同盟还是极力反对他。更糟糕的是，菲利普二世还派军帮助马耶讷。1593年早春，纳瓦拉的亨利自己也承认，他离法国王位的距离还是和亨利三世在世时一样遥远。

西班牙大使此时来到巴黎，向天主教同盟提出了一个颇具诱惑的提案。年迈的波旁枢机主教于1590年过世，菲利普二世提议，将女儿伊莎贝拉（Isabella），也就是他和法国公主伊丽莎白·德·瓦卢瓦（Elizabeth de Valois）的女儿嫁给一位门当户对的法国人（他是指吉斯家族成员），并且让伊莎贝拉成为法国王后。尽管这样做违背了撒立克法典——法国王位不可由女性旁支继承——但是西班牙大使圆滑地表示，目前形势紧张，这种小错无伤大雅。

大使的提议似乎得到了天主教同盟的赞许，对纳瓦拉的亨利来说，这比菲利普二世重组无敌舰队进攻法国更加糟糕。亨利三世的一位老臣不想看到曾经伟大的祖国受制于令人痛恨的西班牙人，于5月找到纳瓦拉国王，告诉他这一事实。这位老臣直截了当地告诉纳瓦拉的亨利，机会转瞬即逝。法国马上就要有新国王了，而这个人并不是纳瓦拉的亨利。为了继承王位，纳瓦拉国王必须公开皈依天主教，而且行动要快。不然，他还是集结自己的胡格诺派成员乖乖回家。这位老臣表示，他个人认为纳瓦拉的亨利完全可以“成为法国国王，您用一个小时去望弥撒，要比赢得20场胜利或苦苦奋斗20年更加有效”，不过，这当然取决于纳瓦拉的亨利自己。

对宗教的信念、胡格诺派的耿耿忠心以及在战场上死去的数千士兵与纳瓦拉的亨利的个人野心不断斗争。不过最终，野心占了上风。

不到一周后的5月17日，纳瓦拉的亨利让人放出话去，自己本来就是一位“隐藏的天主教徒”，现在他要公开皈依天主教了。他让教会代表于7月在圣德尼修道院和他碰面，届时他将正式回到天主教怀抱。为了庆祝这一令人喜悦的时刻，他邀请全体巴黎市民前来观摩。

就这样，1593年7月25日，将近一百名神职人员和近一千名骑士、廷臣、贵族组成的队伍浩浩荡荡地陪同纳瓦拉国王走过圣德尼修道院前的街道。他们来到了这座埋葬所有法国君主及其配偶的圣地（不过最近逝世的凯瑟琳并不在其列）。纳瓦拉的亨利到达教堂之后朗读了一份声明，他表示，天主教和教皇有着绝对力量，他乞求教皇宽恕自己，重新回到天主教的怀抱。之后他作了告解，并得到了赦免，然后公开参加了弥撒礼。

当他从修道院出来之后，人群中一片叫好。虽然纳瓦拉的亨利直到1594年2月27日才举行登基典礼，不过此刻，他已经是法国的君主了。

1594年3月22日，也就是他在圣德尼修道院宣布皈依天主教之后八个月，新王亨利四世胜利地进入巴黎。他的第一件事就是去圣母大教堂望弥撒。菲利普二世的大使和许多西班牙士兵还在巴黎没走，他们对亨利的即位感到不满。新任国王虽胜不骄，不仅允许大使和士兵们安全离开，而且向他们致意。当他们的队伍经过亨利四世的房间时，有人听见西班牙大使轻轻惊叹：“多么伟大的国王！”亨利四世从窗中大喊：“向您的国王致意！不过别再回来了！”

亨利得到了巴黎天主教徒的接受，并且明智地赦免了曾经反对自己的人，他知道，自己已经得到了想要的一切。无可辩驳，他就是法国国王——亨利四世。

现在，他只需处理好自己的王后了。