即便亨利确实没有同意暗杀妻子的计谋，他也确实抓住一切机会去骚扰她。在二月份的时候他拦下了妻子写给自己母亲的信，宣称她将机密情报泄露给了巴黎。这很明显就是一个诡计，因为自埃佩尔农到访的八月以来，她只见过一次她的丈夫。到三月份的时候，纳瓦拉的亨利一直疑心有人将要毒害自己，他公开指责玛格丽特并且命令审判她，玛格丽特最终被判有罪的话就执行死刑。这一切都是多么的可笑啊，他的一个朝臣这样说道。“一个恶人已经试图毒害纳瓦拉的国王。但是也许是因为毒药的药效不够，或者是因为国王本人身体强壮，总之最后毒药并没有起作用。”一位来自奥地利的胡格诺使臣说道，时间是1585年3月6号。“那个罪犯还试图用手枪自杀。”他补充道。

玛格丽特很快就意识到，只要还在势力范围之内，他就难逃丈夫和他情妇的敌意。但是又该去哪呢，又该相信谁呢？弗朗索瓦已经死去了，国王亨利三世又一直是她的仇敌。她想到了她的母亲，但是老人家肯定不希望再有丑闻了。所以她应该不会容忍自己的女儿再次离开她的丈夫了，即便将自己的女儿留在内拉克，就是拿她的生命来冒险她也不在意。凯瑟琳一点也不掩饰她对女儿的不悦，并认为玛格丽特导致了自己的婚姻问题。“我求你，在你离开之前那些需要由她这样身份的人自己考虑和解决的事一件件地摊开来……”太后在贝利埃弗尔还在内拉克任职的时候对他这样说道。“因为无论是我们自己也好或者是我们身边的人也好，他们都与我们自己的行为荣辱相关。尤其是对于一个这么年轻，自认为这没什么的公主来说更是这样。”她继续轻蔑地说道，“也许她可能会对你说，正如她以往一直说的那样，我周围有各种各样的人围着，并且当我年轻的时候我可以把各种各样的人围聚在我的身边……我请你一定要告诉她别这么做了，她已对亨利的伴侣造成了巨大的伤害，因为她可能还会认为有人爱她而感到高兴。不要使她一直借口我也做过这样的事而为自己的行为开脱，因为如果我与瓦伦蒂诺夫人（Madame de Valentinois）和平相处的话，如果我没有与国王闹得如此不可开交的话，我不会这么后悔。”绝对不行，玛格丽特绝对不能向她的母亲寻求帮助。

但她毕竟还是一个王后、法国的公主，她拥有地位、胆识和影响力，这些特征特质不能被低估。她已经被逼到了极点并且有足够的理由相信有性命之忧，于是最终决定放手一搏。到了三月中旬的时候，她请求他的丈夫允许她到亚仁一个天主教小镇去过复活节。这个小镇他很了解，也是她的嫁妆的一个组成部分。纳瓦拉的亨利巴不得她离开更久一些呢，于是就同意了。王后离开了宫廷，并在1585年3月19日到达了目的地。为了避嫌，她很低调地出行，只随身带了几名侄女和仆人。然后到了晚上她的其他随从跟来了，并被安置在了城中。小镇中的人民都非常地欢迎她。玛格丽特以前也经常访问这个小镇，并给他们留下了虔诚而慷慨的好印象。他们很高兴看到她在这里。

只是随后，越来越多的朝臣和仆人来到这里，最后甚至还涌入了很多的骑士和士兵，此时纳瓦拉王后的计划才慢慢清晰起来。在纳瓦拉的亨利还毫不知情的情况下，玛格丽特已经通过她的耳目与吉斯公爵开始了秘密通讯。纳瓦拉王后也加入了天主教联盟。

很明显玛格丽特会选择吉斯公爵作为盟友。这不仅是因为他们曾经有过一段浪漫的往事，也是因为他们有一个共同的敌人，埃佩尔农公爵。如果有什么不同的话，那也是吉斯公爵比玛格丽特更加的厌恶这个国王的宠臣，而这也并不仅仅是因为他总是影响自己的网球派对的参与人数那么简单。数年以来，吉斯公爵看着埃佩尔农仗着国王亨利三世对他的恩宠日盛，头衔越来越多、地位越来越高、财富越来越多。而他所获得的所有财富和特权都是靠他自己的服务和能力得来的。吉斯公爵举兵起义就是为了为国家除尽这样的奸佞之臣和胡格诺异端。

在她到亚仁不久之后，玛格丽特就秘密表示她自愿支持天主教联盟在加斯科尼重要地区的活动，于是联盟就建立了。作为回报，吉斯公爵答应给纳瓦拉王后再添50,000克朗并且写信给菲利普二世请求他再加钱“以确保对她的丈夫来说已经是个累赘的玛格丽特，将不再被她的人民抛弃”。

有了这一承诺，玛格丽特开始行动了。她整个四月都在小心翼翼紧锣密鼓地组建军队。她大有与丈夫和国王亨利三世为敌的意思，并且重新接受杜拉斯夫人和贝蒂纳小姐作为自己的侍女。杜拉斯夫人的丈夫被任命为纳瓦拉王后的军队长官。当她与天主教同盟结盟的消息传出之后，那些天主教贵族蜂拥而至亚仁，当然其中的一些也是吉斯公爵派去的。在与当地议会的一次正式会见上，玛格丽特告诉这些地方长官们说她需要这些士兵作为保镖。“因为都知道她与纳瓦拉国王和他的廷臣关系不好。”没有人怀疑她的这一说法。亚仁是一个天主教小镇。城中居民对纳瓦拉的亨利和他的胡格诺教徒们既害怕又痛恨，正如玛格丽特那样。在谋害玛格丽特的阴谋中，亨利和黛安是同谋这点被贝利埃弗尔确认，他在4月18号给凯瑟琳的信中说道：“我必须强调……纳瓦拉国王所犯的错误，相较他的妻子，他更珍爱与女公爵（黛安）之间的友谊。而他的妻子为了保护自己不得不躲在亚仁，而要陷害她的性命的正是这位女公爵。”

但是直到五月份，一切越来越清晰，玛格丽特在亚仁组建的兵团并不只是为了安全，更是为占领这个地区并在加斯科尼扩大联盟。为了助她一臂之力，吉斯公爵给她派来了弗朗索瓦·德·菱格尼斯（François de Lignerac），普洛领主（Seigneur de Pleaux）。他是一名经验丰富的将军，同时也是中部法国的天主教阵营里地位较高的一名贵族。陪同菱格尼斯来的还有一队骑兵，其中包括一名红发队长，他的名字叫做让·道比阿克（Jean d'Aubiac）。而他对于会见纳瓦拉的王后则显得十分激动。“她是个怎样的尤物啊！如果我能与她共度春宵，把我吊一个小时都没关系。”如果放在过去的话，道比阿克正是玛格丽特以往喜欢的那种有勇气又十分自信的情人，并且他毫不掩饰的赞美一定会被她的丈夫冷漠地回绝。

玛格丽特叛乱的主要对象就是他的丈夫。但是通过与吉斯公爵结盟，她也是在反抗他的哥哥，法国国王。亨利三世严厉斥责天主教联盟的建立，认为是对国王的一种背叛。国王被激怒了，他派出了一名皇家将领马提翁将军（Maréchal de Matignon）到加斯科尼去从他的妹妹手中夺回亚仁。吉斯公爵此时攻占的区域已经包括了诺曼底的大部分，普瓦图、香槟地区、勃艮第和皮卡第等。这个时候，凯瑟琳被派去与吉斯公爵商谈休战事宜，结果却发现她的女儿已经离开了她的丈夫并且是加斯科尼地区的联盟活动的中心人物。此时她十分震惊而暴怒，她在给贝利埃弗尔的信中写道：“她感到如此烦扰而痛苦，以致于认为自己快要死。因为她从没有被之前的任何挫折压倒过……我明白了上帝将这个受造物（玛格丽特）丢给我就是为了惩罚我的罪，她的方式就是不断地给我找麻烦。在世间，她就是我的诅咒。”此时，玛格丽特要么造反，要么面对暗杀，只有这两条路。不论是凯瑟琳、国王亨利三世还是纳瓦拉国王以及情妇把她逼到这个地步已经不重要了，事情已经如此了。

按照她的丈夫、母亲和哥哥的观点来说，玛格丽特一个更大的罪就是，她所站在的那一方竟然是处于优势的。到了夏天的时候，66岁高龄的凯瑟琳看着联盟势如破竹的军事胜利，不禁担心如果冲突不马上停止的话，他的儿子有可能完全失去他的王位。于是她向吉斯公爵让步了，满足了他的要求。和平条约于6月7日在内穆尔（Nemours）签订。这一条约代表王室完全放弃了以前的宗教立场。它取消了《宽容法令》并宣布新教主义在法国是非法的。通过这个合约，纳瓦拉的亨利对于王位的诉求就被否决了。国王亨利三世也不得不宣布对纳瓦拉的亨利和他的胡格诺拥护者们开战。天主教联盟被允许保留他们所征服的地区。这些条款都如此有利，甚至是吉斯公爵也明白国王和太后是在拖延时间。吉斯公爵已经有着多年与凯瑟琳谈判的经验并且对她的话并不抱有太多的期望。“双方谋士提醒我们对方的目的是欺骗我们，而我们也都相信了。”他说道。尽管如此，这一条约还是代表了联盟的一个巨大的政治胜利。而另一方面，纳瓦拉的亨利则对此十分愤怒。“我听说我们的国王已经着手与天主教联盟谈和，谈和的条件是……你们臣民的一大部分应该被放逐……还有那些武装反抗国王和我的叛徒们。”他愤怒地说道。

玛格丽特没有签署这个合约，她一方面认为自己完全独立自主不需要被这些条约束缚。另一方面是她也意识到她的丈夫绝对不会支持一个如此有损于他利益的条约。她与纳瓦拉的亨利已经共同生活了这么多年了，早已熟知了亨利的军事策略。到六月份的时候这个“学生”通过效仿她丈夫的行为，给“老师”致了大大的一敬。她对附近的城镇展开了一系列闪电战，这些地区都是胡格诺教徒，并且将纳瓦拉的亨利视为他们的君王。通过这一行动她出奇制胜，成功占领了托南（Tonneins）周围的军事要塞。

然而可叹的是，她大可以学习纳瓦拉的亨利的战斗技巧，但却学不会他积累的战斗经验。[8]纳瓦拉国王与杜拉斯夫人的丈夫相比是一个好得太多的将领，他在加斯科尼已经与天主教徒展开了数十年的游击战。对他来说，攻占像托南这样的小镇和堡垒简直就是易如反掌小菜一碟。他立即开始了反击，他先是屠杀了他的妻子在此城留下来的戍守部队，然后开始围攻亚仁。

玛格丽特被步步紧逼，此时又不得不再次求助于吉斯公爵。西班牙许诺的财政支持还没有到位，但是她此时却急缺这笔钱。吉斯公爵授意菲利普二世，纳瓦拉王后急需这笔钱来对抗她的丈夫。但是这位西班牙国王还是没能把钱送来，很明显他认为他对于法国的天主教事业已经贡献够多了。玛格丽特日日都等着那笔钱的到来，但是希望都落空了，她最终不得不面对自己日渐艰难的处境。

正如之前她弟弟受到的教训一样，在没有足够的金钱做基础的情况下是很难进行一场战争的。纳瓦拉王后的那些士兵得不到军饷，又被困在亚仁，开始变得越不服管教甚至开始威胁城中市民。当时正值八月酷暑时节，天气闷热而潮湿。更糟糕的是瘟疫，这个战争难以逃避的附属物，又开始在城中蔓延。城中居民越来越失去了斗志。为了维持军费，玛格丽特不得不向当地居民开征新税，这一举动往往不会受到欢迎。无可奈何的玛格丽特最终接受了杜拉斯夫人的丈夫和其他骑士的意见，决定强制托管城中的50家最富裕的家庭。通过摧毁他们以达到在这里巩固新的王室堡垒的目的。她这样做的时候离毁灭也不远了。

城中居民叫苦连天，尤其是那50户富裕的家庭，他们被从自己的家中赶出来并且眼睁睁地看着他们的东西被扔到街上，他们的家宅被摧毁。此时他们难以想象这个女王还是不是他们在不到六个月之前十分拥护而欢迎其进城的那位。纳瓦拉王后曾十分慷慨而有责任感；而此时的这个王后则贪婪而蛮横。玛格丽特可能本不想如此无情。这些措施也被她描述为是保护自己安全的必要的战时措施。她本不想毁坏别人的生活，她甚至提出西班牙所允诺的资金一到位就偿还这些她所挪用的钱财。但是在这个时候已经没有人相信她了，并且不论多少钱也难以补偿那些珍贵的祖上留下的房屋。

如果纳瓦拉国王是他们另外一个唯一选择的话，他们早就背叛他们的女王了。因为亚仁城中大多数还是天主教徒。众所周知，国王亨利三世派去了马提翁将军以国王的名义从他的妹妹手中收回这座城市。归降这位将军意味着亚仁的天主教正统还是可以被保留的。因此一个代表团伪装逃离了玛格丽特的守卫。他们找到了马提翁和王军，解释了事情的原委，并许诺如果王军能够帮助他们的话他们就造反。尽管有国王亨利三世的命令，但是马提翁一直较为犹豫，迟迟不敢公然进攻这个城市，因为玛格丽特毕竟是国王的妹妹。而公开羞辱一个王室成员也绝对不是明智的举措。此时能有人代他承担这样的罪责，他是再欣喜不过的了。一个各方都满意的计划很快就被设计出来了。随后，城市代表团又秘密地溜回了亚仁，他们还带来了马提翁将军的声明。他正式批准了这次叛乱，并保证出兵帮助他们，但是前提是城镇中人“能对纳瓦拉王后，和她的心腹及侍女以礼相待，并保证她们得到与自己身份相符的服务”。这是马提翁想出的防止未来任何来自玛格丽特本人和她的王族的任何人指责的万全之策。将军认为，瓦卢瓦家族亲疏联盟关系往往瞬息万变，再怎么小心也不足为过。

可悲的事实是，城中官员仓皇之间组建的市民武装竟然比玛格丽特的职业军队更加地纪律严明而训练有素。他们充分利用了深夜和黎明的时间，选择在破晓之时发动突击，而此时大部分的守军还在床上睡觉。市民武装击败了驻守在一个城门的守军并打开了城门。这是对于马提翁和他的军团的一个信号，他们一直潜伏在城外，此时瞬间蜂拥而至冲向城门开始战斗。惊讶万分的玛格丽特的守军在中午之前就被完全降服了。

这一天正是1585年9月25日。玛格丽特听到了打斗的骚乱，但是可能认为并没有多严重。直到弗朗索瓦·德·菱格尼斯，这位由吉斯公爵送来的中间人，在那位红发骑兵长让·道比阿克和另外四五十个骑兵的陪同下同时出现在她的寝宫外面的时候，她才认识到问题的严重性。布朗托姆和道比阿克的兄弟事后都曾写信叙述过此事。根据他们得到的说法，菱格尼斯突然向王后报告了城里的叛乱并建议她立即同自己一起逃亡。否则，她将难逃被法国国王俘虏的厄运。她是绝对不愿意再次将自己置于她哥哥的控制之下的。时间紧急，她甚至没有来得及找来自己的坐骑，于是她只能与菱格尼斯同乘一骑。而可能比玛格丽特更害怕国王亨利三世的杜拉斯夫人则同样与一位绅士同乘一骑。就这样，一行人快马扬鞭迅速离开了这里。

他们一行逃跑很及时，以至于可以逃出亚仁到安全的地方。一旦到了开阔地，他们就转头北上去往菱格尼斯在法国中部的的领地。而马提翁和他的人马则在后面穷追不舍。