“君子和约”的条款公之于众的时候，天主教徒大吃一惊。巴黎市民尤其感到震惊：他们一直认为，自从圣巴托罗缪大屠杀之后，宗教问题就已经得到解决了，结果对天主教有利。因此，巴黎市民公开反对这一条约。巴黎高院拒绝赋予胡格诺派在法国的信仰自由权利；圣母院的神父不让亨利三世进入教堂以作为报复。街巷到处贴着宣传画，责备王室向新教异端投降。吉斯家族一如往常站在了抗议的前沿。一位英格兰使节担忧地写道：“和约的施行召来了许多不满，教会人士和吉斯家族公开反对和约，鼓动市民抵制新教。”
天主教徒不仅在抗议；他们还将抗议付诸实践。天主教领导人注意到胡格诺派的组织程度——事实上，胡格诺派的组织程度比天主教徒更胜一筹。新教徒集中人力物力的能力令天主教徒不安。不甘落后的天主教徒在吉斯家族的组织下，决定建立类似的政治组织，将各城的天主教徒联系起来，共同面对敌人。玛格丽特写道：“各省和各大城市都出现了天主教徒的联盟，吉斯阁下被委任为全体天主教徒的领袖。”这就是天主教同盟的前身，该组织由正统的天主教徒构成，如同一个准政府一样，不受法国法律的管辖，和影子政府没什么两样。
事实证明，吉斯家族及其盟友本无必要因王室对胡格诺派妥协而如此不安。威胁解除了，德意志的骑兵也得到了报酬（这笔钱又是通过高额的税款得来的），结果人们很快发现，国王和太后都无意履约践行法令。凯瑟琳特别向大部分天主教贵族（不属于政治派的那部分天主教贵族）说明了这一点。内韦尔公爵在日记中写道：“大家现在才明白，她签署和约是为了迎回安茹公爵，而不是为了振兴胡格诺派。”
不幸的是，太后对玛格丽特的承诺也同样没放在心上。她还是没有得到嫁妆，并且，弗朗索瓦回宫之后，玛戈依旧不能见到纳瓦拉国王——尽管纳瓦拉国王已经多次来信要见玛戈，甚至派杜拉斯（Duras）来接玛戈。玛戈回忆道：“不久之后，杜拉斯阁下来到宫中，他受我的丈夫委派，前来接我走。于是，我向国王施压要求离开。国王找理由不让我走，说眼下不能和我分开，因为我是宫中最美丽的瑰宝；他必须再留我一段时间。之后，他将亲自把我送到普瓦捷让我离开……他编造这些理由，为的是赢取时间准备发动对胡格诺派的战争，以打败我的丈夫。”玛戈如是判断。
和当初他们在一起时不同，此时纳瓦拉国王是真心实意希望妻子回到自己身边。玛戈和弗朗索瓦是同盟，有着重要的政治意义。玛格丽特也许没有为这场婚姻带来嫁妆，但她带来的是合法性和强大的同盟。如果她反对纳瓦拉国王，或者鼓励新任安茹公爵打击胡格诺派，亨利将元气大伤。纳瓦拉的亨利现在才明白，和妻子在一起将会力量大增。
问题是，国王也明白这一点，他想要破坏妹妹、弟弟和纳瓦拉国王之间的三头同盟。安茹公爵回到宫中之后，玛戈写道：“国王和蔼地接待了他，并且在接待时表示，自己对弟弟的归来深感欣慰。比西和弟弟一同回来了，也受到了同样的迎接。”亨利三世明白，必须对弟弟和妹妹态度缓和，因此压下了对比西的不满。玛格丽特继续写道：“国王一心想要除掉胡格诺派。为此，他促使我弟弟与胡格诺派为敌；他认为我是另一种敌人，因此用尽一切手段不许我离开。就这样，他无时无刻不在注意着我们，表示愿意满足我们的一切愿望。”
他们有一个愿望：重启科利尼在尼德兰挑起的战争。荷兰新教徒遭到西班牙君主菲利普二世的严厉镇压，对弗朗索瓦反叛成功和君子和约抱有巨大希望。法国国王的弟弟正是他们热切盼望的救主。所以，荷兰人的一位首领，奥兰治亲王（Prince of Orange），拿骚的威廉（William of Nassau）向弗朗索瓦提议，如果弗朗索瓦率军进入尼德兰抗击菲利普二世，他将奉送1,000,000万弗洛林（florin），并且让出荷兰的统治权。
为了稳住弟弟，亨利三世表示会予以考虑，但实际上对弗朗索瓦另有打算。玛格丽特想得没错：国王密谋再次对新教徒下手。1576年11月，国王亨利趁会见三级会议代表的时机，正式撕毁了最近签署的法令，并向胡格诺派宣战。为了让安茹公爵一起向新教徒宣战，国王终于委派弗朗索瓦担任军队指挥——但条件是对过去的盟友胡格诺派开战。玛格丽特写道：“国王把弟弟叫到自己的房间，当着太后和其他顾问的面，告诉弗朗索瓦，天主教同盟对国家和政权而言是一个严重后果（威胁）……天主教徒有理由对目前的和平感到不满，因此，他（弗朗索瓦）加入天主教徒而非胡格诺派是有利的，无论是从良知出发还是从利益出发都是如此。”
亨利三世说通了弗朗索瓦。弗朗索瓦曾以胡格诺派的名义反叛国王，时间长达六个月之久，他或许并非凯瑟琳最聪明的子女，这一次，他率领另一支军队，以国王的名义打击胡格诺派。
弗朗索瓦的背叛使玛格丽特处在十分不利的位置，她对弗朗索瓦仍然忠诚，但他却要率军消灭她的的丈夫及其党羽，玛格丽特作为纳瓦拉的王后，自然要保护自己的国家。无论哪一方获胜，玛格丽特都是输家，而这正是亨利三世的目的。她立刻去见弗朗索瓦。她生气地写道：“我直接去太后的房间，找到了国王。我对他表示厌恶，因为他欺骗了我：他骗我说他会护送我前往普瓦捷，现在看来这只是一个谎言罢了。我表示，我当初嫁给纳瓦拉的亨利并非出于本愿，而是相信国王查理、太后和他的建议；既然他们让纳瓦拉的亨利当我的丈夫，就不该阻止我承担纳瓦拉的国政；我希望回到他身边，就算没有许可，我也会自己走，哪怕冒上生命危险。”（在经历过软禁之后，玛格丽特充满了勇敢的品质。）
国王亨利笨拙地回复说：“妹妹……我和太后这是为了你好，我决心彻底消灭蛊惑人心的胡格诺派。我的妹妹，想想看吧，如果你这样一个天主教徒落入他们手中，你就会成为人质，使我处处掣肘！没准他们还会杀了你来报复我！不行，你不能离开；如果像你所说那样，你会用尽一切手段离开，”他颇有深意地说，“那就是把太后和我当成你的死敌，我们就要让你尝尝我们的怒火；并且，你还会让你的丈夫处境更糟。”
玛格丽特对国王亨利的伪善感到愤怒，也完全不怕他的威胁，她离开国王和太后，和朋友们——尤其是弟弟弗朗索瓦——商议对策。违抗国王的旨意逃离王宫前往纳瓦拉实在太冒险，但玛戈不愿再留下给太后和兄长充当棋子。她的朋友们表示同意，纳瓦拉王后写道：“他们意见一致，都认为我不该继续留在宫中和我的丈夫作对。”但如果她无法逃往纳瓦拉，那去哪里呢？
玛格丽特当时有几个去处。比如，玛格丽特可以去国外朝圣或拜访亲友——她的表亲就住在萨伏依。正当玛格丽特犹豫不决的时候，公主罗什·苏·永（Roche-sur-Yon princess）提出要前往比利时的某个小镇养病，当地的泉水有治愈的作用，她很希望玛戈能一同前往。[32]弗朗索瓦手下的蒙度切特（Mondoucet）当时也在场，他听到这个地方之后，突然有了灵感。蒙度切特刚从弗兰德斯卸任回来，对尼德兰的政治情况比较熟悉。他知道当地人不满西班牙人的统治，和当地人也有一些联系。玛格丽特写道：“不少当地贵族和城市市长都对他说，他们对法国抱有好感，希望受到法国的统治。我的弟弟对蒙度切特的提议很感兴趣，答应介入此事……蒙度切特准备借陪同罗什·苏·永前去疗养的机会回到弗兰德斯……他对我弟弟说，如果我能一同前往，将是莫大的帮助，我可以随便编个疾病，和公主一起去斯帕（Spa）疗养。”
玛格丽特终于有个去处——还是一个不错的去处。她将成为弗朗索瓦的间谍，发挥作用，为他赢得盟友，铺平统治法国的道路——这才是王后应当作的事情。弗朗索瓦也对这个机会很感兴趣。玛戈写道：“我的弟弟同意了这个主意，对我说：‘啊，王后！你不会没地方可去了。我发现你胳膊上患有丹毒（erysipelas）（一种皮肤感染，又称蜂窝组织炎［cellulitis］），你一定要和公主一起去斯帕疗养。你要这样说：你的医生曾要你去饮用那里的水治病；但当时季节不对，现在合适的季节到了，你希望国王允许你离开。’我的弟弟当时言犹未尽，因为波旁枢机主教在场，此人倾向吉斯家族和西班牙。不过，我看出了他的真正目的，他希望我为他在弗兰德斯为他说项。”
第二天，玛格丽特就前去拜访凯瑟琳，挽起袖子向太后展示自己的患处，并说，医生建议她最好去斯帕疗养。此时，罗什·苏·永正准备出发——玛戈可以一同前往吗？奇怪的是凯瑟琳没有进一步询问，当场答应了玛戈，承诺将用自己的影响力促使国王亨利答应。玛格丽特写道：“她说到做到，国王也就此询问我，并没有显露出一丝厌恶。”玛戈认为，国王亨利之所以如此乐意，是因为自己不会前往纳瓦拉了。她写道：“确实，他对我不能去见我的丈夫感到很高兴，他对我丈夫深恶痛绝。”
玛格丽特如此迅速地获得许可离开，事实上恰恰说明她此去有着别的动机，而非她的皮肤病，但玛戈只顾着打点行囊——这是纳瓦拉王后第一次离开法国——认为自己已经瞒天过海。她只知道国王亨利这次没有妨碍她，反而帮了她：他将通知相关人士放行。玛格丽特开心地写道，他甚至“派遣一名廷臣去拜访奥地利的堂·胡安（Don John of Austria）——此人为西班牙国王服务，在弗兰德斯主政——以取得途径各国时所需的通行证，因为我如想进入列日（Liège）主教区斯帕，必须经过弗兰德斯”。国王亨利此时就派遣一名法国密使前往通知残忍的尼德兰总督堂·胡安究竟何意，也许玛格丽特当时还并不理解。