玛格丽特的麻烦这才真正开始，现在在亨利的坚持下，吉斯公爵每天都会出现在她身边。亨利最初想和妹妹和解，但不奏效，他感到无所谓，继续诽谤吉斯家族。吉斯公爵每天都在玛戈床头出现，很容易为亨利所陷害；公爵落入陷阱只是早晚问题。玛格丽特写道：“亨利每天都来我房间看我，并且总是带着吉斯公爵一起。他假装真的关心吉斯公爵的样子，并且为了取得信任，他常常拥抱公爵大声说：‘惟愿你是我的兄弟！’他常在我面前这样做，而吉斯公爵似乎并未识破。”
不仅是吉斯公爵，整个宫廷都上当了。1579年春，西班牙使节向菲利普二世报告说：“整个法国都在谈论一件事：玛格丽特小姐要和吉斯公爵结婚了。”“小可爱”团体的女士们本来就容易受到绯闻怂恿，何况这次还涉及两位贵族，她们尽一切可能撮合两位恋人。这使洛林枢机主教感到不安，他知道，如果没有太后的批准，没有婚姻的保护，这不过是一场露水姻缘。他在一封信中对吉斯公爵的母亲说：“宫中女性实在多事，可怜的小东西（玛格丽特）和您的儿子现在全凭命运安排，这实在非常糟糕。”似乎只有玛戈明白（至少事后明白）亨利在耍把戏。但她从以往的经验得知，太后不太可能会站在她这边反对亨利，所以玛戈“不敢戳破他的伪装”。
不仅如此，玛戈深知太后希望自己嫁给16岁的葡萄牙国王堂·塞巴斯蒂安（Don Sebastian），凯瑟琳正在和后者的使节进行密切会谈。这桩婚事不容乐观。据驻在西班牙宫廷（菲利普二世不得不答应两国的结盟）的法国大使报告，塞巴斯蒂安发育不成熟，他在修士的指导下，虔信宗教，坚持禁欲，远离女色。凯瑟琳的使节委婉地表示，葡萄牙国王的性倾向不太明确，没人知道他能否“产下子嗣”。
玛格丽特大龄未婚，在当时不太寻常。她的两个姐姐都在13岁时就已出嫁——当时13岁正是婚龄。玛格丽特迟迟未婚，完全是她母亲的责任。凯瑟琳坚持，自己的子女必须和王族结婚。在她的观念中，亨利和弗朗索瓦中必有一人要娶伊丽莎白一世，成为英格兰国王，玛戈则会嫁给塞巴斯蒂安（菲利普二世的儿子卡洛斯因为两年前逝世，故而不在考虑之列）。无论别人说什么也劝不住太后；那位驻在马德里的法国大使就曾极力劝说过太后转变观念。他在向凯瑟琳报告菲利普二世、西班牙和葡萄牙宫廷情况时，这样写道：“我要将我的想法明白地告诉您，我认为，这里的人脑中除了恶念并无其他想法……他们觉得，法国的内战保证了他们本国的和平，法国人口资金的匮乏，使他们国内富庶繁荣。”玛戈也曾提醒太后注意菲利普二世对她的公开敌意。她后来回忆道：“西班牙国王正用尽一切手段终止他和葡萄牙之间的竞争。”但凯瑟琳固执己见，并向查理表示，玛戈嫁给葡萄牙国王是一桩荣誉。
玛格丽特就在这种惨淡前景中迎来了17岁生日。玛戈热情洋溢、渴望浪漫、感情充沛，正是最美的时候，却注定只能远嫁葡萄牙，嫁给一个无欲无求的国王，过上没有爱情、没有激情的生活。她的绝望可想而知。而身在宫中的吉斯公爵，自以为得到了玛格丽特兄长的支持，拜倒在玛格丽特的石榴裙下，他高大强壮，绝非同性恋，正是玛格丽特的理想类型，使玛格丽特对未来有了另一种憧憬：她可以嫁给这个心爱的男人，并留在法国……[5]
1570年6月，事情发展到了关键时刻，当时有一位女官同情玛格丽特，并为玛格丽特和吉斯公爵两人搭桥牵线，瓜斯特迫使这位女官交出一份玛格丽特写给吉斯公爵的密信。瓜斯特立即将这封信件交给亨利，后者则命他将这封信交给凯瑟琳，而凯瑟琳则与长子、国王查理共同阅览此信。
查理因最近几个月的不幸而情绪低落。前一年，王室军队在蒙孔图大获全胜，资深的加斯帕·德·塔瓦纳曾建议，与其追剿穷寇，不如与胡格诺派领袖签订和约，这对天主教徒非常有利。他指出：“冒着极大风险和这些人交战，并不是打击真正的敌人，因为敌人战败之后，将会促使德意志诸侯组成军队，次日就能与法国交战，然而，您的得力干将、刺客都已战死沙场。我绝不会为这一场战役赌上全国之力。”
但是查理再也无法忍受弟弟的胜利，他对英明的建议充耳不闻，下令围困胡格诺军队避难之所：圣·让·当热利。他第一次违抗太后的命令，亲自指挥攻城，这样就让亨利降到了次要的地位。不幸的是，攻城很不成功。王室军队无法突破城墙，被迫在11月的寒冬中，于城外沼泽地带扎营。玛戈所患的热病迅速席卷了条件简陋的军营，夺取了许多士兵的性命。而许多有幸未染病的士兵则选择了逃跑。到了12月，剩下的士兵竟无法组成一支骑兵队，更不必说攻城了，国王被迫放弃自己的努力。
除了狼狈撤退，查理此次败绩还使当时未在圣·让·当热利避难的科利尼提督有机会重整军力。提督组织起一支小而精悍的队伍（正如塔瓦纳所预测的那样，这只军队由精锐的德意志骑兵组成），他们在法国南部所向披靡，对一切重要天主教城市发起攻击：比如图卢斯、卡尔卡松（Carcassonne）、蒙彼利埃（Montpellier）、尼姆（N＾imes）。提督率领这一支游击队，造成了巨大破坏；看起来，形势倒向了胡格诺派。上次失败的围城使查理一文不名，他无力组织反攻，并且，科利尼神出鬼没，麾下骑兵和步兵有很强的机动性，一位天主教军官在信中向凯瑟琳诉苦，新教军队可以“在炮兵难行的山中行进8到10里格”。于是，短短的八个月内，在查理的指挥下，他弟弟赢得的一切政治、军事优势全都付诸东流，以至和约可能要按照胡格诺派的条款签订。这种倒退自然会使人情绪低落。
这时，他发现这位优秀的弟弟对玛格丽特的看法一向正确，他一开始就站在玛戈这一边，并且自己也曾经上过当。据西班牙大使在1570年6月13日写给菲利普二世的一封信中说，查理变得狂躁不安，早上5点就穿着睡衣去见太后，大喊着要得到他妹妹的消息。玛戈被叫醒来到凯瑟琳的房间，她一进房间，就有一位廷臣站在门外，以使王室成员能有一点隐私。然后，查理和凯瑟琳无所忌惮，猛烈抨击玛格丽特的行为举止，言辞犀利，以至于在结束时，太后花了一个小时安慰玛格丽特，帮她整理仪容——他们对玛戈又抓又挠，玛戈的衣服都被扯破了。
不幸的是，在中世纪和文艺复兴时代，对女性施暴稀松平常。女性被认为是丈夫、父亲、兄弟的财产，任由他们处置。[6]但她的母亲也参与进来，就不太寻常了。无论是当时的人们还是现代的史学家，查理都常受到批评，被认为情绪不稳定。但玛戈的经历说明，查理的怒火并非心理疾病，而是一种被认可的行为，而凯瑟琳也同样未保持克制——至少这件事确实如此。
可怜的玛格丽特再次成了太后烦恼的发泄口，太后因为不能事事如愿而感到烦恼。即使她相信吉斯公爵真的玷污了自己的女儿，凯瑟琳也不敢在此时和吉斯家族公开决裂。王室正在寻找军力以抵抗科利尼，而洛林枢机主教的财政能力，乃至支持吉斯家族的天主教势力都是不可或缺的。所以太后只能对无助的玛格丽特发火，却不敢批评那个可能勾引了玛格丽特的人。
就这样，吉斯家族安然无恙，而王室军队也如愿出阵。天主教军队在人数上是胡格诺派武装的两倍，他们于6月26日在第戎西南勃艮第的小城阿尔内勒狄克（Arnay-le-Duc）遭遇科利尼的部队，并被后者高超的战术击退。凯瑟琳别无选择，只能求和。1570年8月8日，查理签署了《圣日耳曼和约》（Peace of Saint-Germain），该和约不仅重申了宽容法令，并且使新教徒有权进行崇拜，有权在法国某些重要的城市中举行宗教游行——其中就包括拉罗歇尔。一名身居高位的天主教贵族在知道条款之后愤愤地说，“我们一次次地战胜他们……但法令总是对他们有利，我们胜利靠的是武器，他们胜利却靠歪门邪说。”
这次休战不仅代表公开冲突告一段落，并且也宣布了吉斯家族的衰落。和约签署后一周之内，凯瑟琳来到洛林枢机主教在巴黎的住所，当时他感染热病正在调养，考虑到洛林枢机主教的资金和援助都已无用，凯瑟琳以主教背着她安排自己侄子和女儿之间的婚事为由，严厉斥责了这位受尊敬的教士。枢机主教在宫中的影响力就此终结。不久之后，吉斯公爵的英姿与武勇也不再受人关注，在一次晚会上因对国王态度过于随便而受到批评，并被逐出巴黎。查理喊道：“我再也用不着你了。”就这样，他不知不觉地完成了他憎恶的弟弟想达到的目标。
至于玛格丽特，她母亲和兄长们在此事上表现出来的残酷使她明白，自己不可能得到家人的支持了。她惴惴不安，似乎为自己的性命发愁。就在吉斯公爵被驱逐的几周之前，她向太后发誓，“吉斯家族从没有人对我提起过（结婚）一事”，并且恳求太后“促成自己和葡萄牙国王之间的婚事，我会让母亲明白，我对她完全服从”，但并不能安抚凯瑟琳。玛戈绝望地发现，“每天都有新消息，使她对我更加愤怒，一句话，我一直不断地遭到侮辱，几无宁日”。
最终，玛格丽特被逼到绝路上了，她明白，只要吉斯公爵不结婚，自己就不可能安全，于是她请求嫁给吉斯家族的姐姐克劳德（Claude），催促吉斯公爵挑一个女友结婚。玛戈写道：“我向我的姐姐洛林夫人写信，她在波西亚家族（House of Por-cian）中颇有威望，我求她想办法让吉斯公爵退出宫廷，让他和郡主（小公国波西亚的郡主）成婚，这样就能使自己脱离阴谋的中伤：这阴谋已经毁了我和吉斯家族。”热心的克劳德对妹妹的信感到惊讶，立刻出手相救。玛格丽特心有慰藉地说：“她（克劳德）看破了个中阴谋，直接来到宫中，促成了吉斯公爵的婚事，使我得以脱离谣言的中伤，她还说服太后，让她相信我说的确是实话。”
虽然吉斯公爵对此结果并非十分满意——他向家族诉苦说，这些人逼他娶了一个“黑女”，这个词可能是指未婚妻是新教徒——不过他还是迫于压力同意了，婚礼于9月底匆匆举行。（为了保证公爵不至逃婚，查理从国库中为新郎拨出100,000里弗的礼金。）洛林枢机主教签署《圣日耳曼和约》后不到六周时间，这位公认的法国天主教领袖就不得不见证自己侄子和一位新教女性的婚礼，吉斯家族的势力已经堕落到这般地步。
自然，王室参加了这次婚礼，玛格丽特出席婚礼，无动于衷，她的内心一定非常痛苦：她的初恋此刻娶了另一位女性，而将自己当成棋子利用的兄长亨利则威胁吉斯公爵说，若在婚礼后胆敢看他妹妹一眼，就要取他性命。虽然痛苦，但玛格丽特学到了极为有用的一课。这些事使玛戈很早就保持戒心，让她明白，在一个反复无常、步步惊心的家族中（她后来也是如此）生存需要怎样的技巧。
这确实是一桩幸事，因为在这之后，各种事情令人应接不暇，态势之猛几乎要令她窒息。