在李自成、张献忠等中原各路农民军按下葫芦起来瓢的同时，皇太极也丝毫没有消停，己巳之变转年，崇祯四年（1631年），皇太极亲率六万大军包围祖大寿镇守的大凌河城，守军只有一万四千人。皇太极玩起了围城打援，一方面在城外各处挖掘层层壕堑，一方面阻截宁锦方向的明朝援兵，此外皇太极还带来了新式武器——仿制的红夷大炮，因为避讳“夷”字，改名为红衣大炮，这样明朝有的武器后金也有了，明朝守军丝毫不占优势，这样的山寨版红衣大炮共有四十门。锦州方面派出吴三桂的父亲吴襄率四万援军前来，结果遭到皇太极伏兵截击，吴襄率军应战，火箭呼啸，重炮轰鸣，短兵相接，突然西风骤起，吴襄乘风纵火，烈火喷吐着黑红的火舌向后金军席卷而来，后金军大乱，此时却风向一转，烈火反扑明军，明军大败，吴襄仅以身免，明军三十三员将领和四万援军全军覆没。

援军没了，祖大寿还一直在硬扛，毕竟祖大寿所部是关宁铁骑，战斗力极其强悍，莽古尔泰所部死伤惨重，他便大发牢骚，皇太极很不高兴，莽古尔泰也怒了，他拔出刀来，此时被各贝勒制止。当晚莽古尔泰也觉得自己失礼，于是以白天饮酒过量失态为借口请求皇太极原谅，皇太极则借故将莽古尔泰囚禁起来，不久莽古尔泰暴死。至此，四大贝勒只剩下皇太极、代善两人。

祖大寿的弟弟祖大弼一身是胆，人称“祖二疯子”，一天夜里他率敢死队一百二十人缒城而下，每个人都戴上后金军的大辫子，以浑水摸鱼。此时皇太极还没睡觉，正在看文书，祖大弼手拿大刀冲入皇太极的大帐，接连砍倒数人。皇太极忙拔出腰间佩剑，挡住祖大弼的大刀，两人刀剑你来我往，皇太极渐渐不支。就在此时，阿济格带领侍卫十人赶到护驾，皇太极死里逃生。赶来的后金军越来越多，祖大弼大喝一声，冲出重围，在城下祖大寿派兵接应，祖大弼安然回城。回城后点将，发现带出的一百二十人全数回城，无一阵亡，仅有数人受伤。三国时有甘宁百骑劫曹营，战后百骑未折一人，祖大弼可谓不让古人。

然而一场夜袭无法改变整个战局，祖大寿坚守几个月后，城内断粮，马肉鼠肉雀肉食尽之后，开始出现人吃人现象。供役筑城的近万名工匠、城内的商贾平民、士兵中身体羸弱的先后被吃掉。“炊骨析骸，古所没有”，人肉都吃光了，用骨头来点火做饭，足见大凌河城内已经成了人间地狱。（《清太宗实录》卷十）

祖大寿真的撑不下去了，再吃就是吃自己的士兵了，与此同时皇太极先后七次写劝降书给祖大寿，最终祖大寿决定投降，并送儿子祖可法到后金营中为人质。由于祖大寿的家属大部分在锦州，他表示投降后希望后金不要声张，再替后金赚开锦州城。大凌河守将除何可纲外，都随祖大寿降后金。祖大寿把何可纲押至城外，当着两军将士的面，斩杀何可纲。何将军临死大笑：“宁为大明鬼，不为鞑子奴！”

随后祖大寿与皇太极盟誓，皇太极说：“凡此归降将士，如果我们杀害他们，拆散他们妻子，收缴其财物牲畜，则我遭天谴，减我阳寿。若归降将士，怀欺挟诈，归降后再叛逃，则定遭天谴，减阳寿。”

祖大寿说：“祖大寿等，遇满洲国兵，围困三月，军饷已尽，率众出降，倾心归汗。”（《清太宗实录》卷十）

当晚，祖大寿到后金大营，皇太极亲自出迎，两人见面，祖大寿刚要行跪拜礼，皇太极止之，与他行“抱见礼”。这种满族礼仪是两个大老爷们见面，拱手作揖后，互屈一膝，相互左肩碰右肩，再右肩碰左肩，然后拥抱。这是女真人的最高礼仪。

第二天，皇太极采纳祖大寿建议，命后金军四千多人着明军军装，跟祖大寿的三百多人一起做溃逃状，希望赚开锦州城门。由于天降大雾，后金军走丢了，祖大寿便提出自己先入城，趁机斩杀明将后再拥兵献城（此为明朝这边的记载，《清太宗实录》则记载是皇太极主动提出放祖大寿）。皇太极信以为真，派祖大寿与其侄子祖泽远前往锦州。

祖大寿到锦州后，派人至后金大营报称锦州明军太多，表示要从容图之，自己先在城内做内应，今后适当时机再献城。皇太极无奈，率军返回。

祖大寿回锦州后，对巡抚邱禾嘉说自己是突围而出。不久事泄，由于朝廷正是用人之际，祖大寿是关宁铁骑的总指挥，崇祯没有杀他，而是让他入京面君。祖大寿心中有鬼，不敢入京，借故推辞。但从此开始，十年内，祖大寿一直没有与皇太极再联系，一心一意守卫锦州。十年之后，松锦大战，祖大寿才真正降清。

在与大明辽东争锋的同时，皇太极把兵锋对准了蒙古，漠南蒙古最强者为察哈尔部林丹汗（他是成吉思汗的子孙，明朝一些典籍将他称作虎墩兔），察哈尔部兵强马壮，有四十万人，林丹汗曾说：“南朝止一大明皇帝，北边止我一人。”努尔哈赤时林丹汗就曾遣使后金，在文书中狂妄地说：“统四十万众蒙古国主巴图鲁成吉思汗，问水滨三万人满洲国主。”各位贝勒大怒，主张将林丹汗来使一半斩杀，另一半砍掉鼻子耳朵后放回去报信。努尔哈赤对林丹汗使臣的处置还是比较文明的，他说：两国交战不斩来使，把林丹汗使臣先扣下，然后自己派使臣去与林丹汗交涉，问问林丹汗为何这么狂。结果林丹汗也跟努尔哈赤一样，把后金的使者扣下，而努尔哈赤却误闻自己的使者被杀，于是大怒，心说林丹汗我给你脸你却不要，这才把林丹汗的使者斩杀。刚杀死林丹汗的使者，努尔哈赤的使者就从林丹汗处买通看守逃回来了。虽然是一场误会，但林丹汗听说自己的使者被努尔哈赤斩杀后，大怒，于是双方正式结仇。努尔哈赤死后，林丹汗恃兵强马壮而不断欺凌各部，漠南蒙古喀尔喀部、巴林部、喀喇沁部、扎鲁特部、阿鲁部纷纷归顺皇太极，至此察哈尔部越发孤立，皇太极的机会来了。

1628年皇太极第一次征讨林丹汗，将其打得大败，林丹汗被迫从内蒙古东部迁徙到河套一带。1633年皇太极第二次征讨林丹汗，林丹汗得知消息后率部一路狂逃，结果导致皇太极此番颗粒无收，仅斩杀察哈尔部一人，生擒六人。内蒙古的沙漠险些让皇太极全军覆没，在部队断粮时，突然见“黄羊遍野，不可数计，遂杀死数万”。其中皇太极一人就射死了五十八只黄羊，若无这些黄羊，皇太极的大军怕是都去见努尔哈赤了。当时酷暑难耐，水也几乎断了，还有富余的水的士兵做起了生意，一头黄羊换水一碗。

既然出兵，不能白来，于是皇太极率军攻入大明境内的宣化、大同，进行大屠杀，烧杀抢掠，房屋仅存原来的十分之一，死尸腐烂，无人收尸，死尸“盈街遍野”，连井里都被死尸填满，臭秽难闻。这是继己巳之变后皇太极第二次南侵。1635年皇太极第三次征讨林丹汗，此番最终歼灭察哈尔部，林丹汗逃亡青海，途中得天花而死。林丹汗是成吉思汗的第二十二世孙，整个明朝，元朝的残余势力都一直存在，至此，随着林丹汗之死，元朝残余势力彻底覆灭。林丹汗死后，其子归降，并献上传国玉玺和氏璧。和氏璧从秦始皇用到后唐，末帝李从珂怀传国玺登玄武楼自焚，传国玺就此失踪。宋朝时又出现所谓的和氏璧，其实就是假的了，这个假的和氏璧一直用到元顺帝时，据说这颗玉玺元顺帝北逃时还带在身边，他死后玉玺丢失，二百多年后，一个牧羊人见一只羊三天不吃草，用蹄子不停刨地，牧羊人好奇，挖地竟得到玉玺，后来将玉玺献给林丹汗。此次皇太极得到玉玺，大喜过望。他当然不知和氏璧之真假，他以为这就是一统万年的征兆。

崇祯八年（1635年）十月十三日，皇太极下令把族名由女真改为满洲，从此满洲族（满族）名称正式出现在历史上。

崇祯九年（1636年）四月十一日，皇太极将国号由后金改为大清，年号由天聪改为崇德。由于金国与汉人的宋政权是世仇，皇太极此举在于不再刺激汉人，弱化世仇的矛盾，以便今后进取中原。

在改年号的称帝大典上，斋戒三天的皇太极身穿礼服，在文武百官的簇拥下，祭告天地。事先皇太极已命人筑造了一座天坛，四面台阶通向天坛，天坛上安放着铺有黄绫缎的香案，香案上有努尔哈赤等先祖灵位，香案前摆放着香炉。

汉八旗、满八旗、蒙八旗这二十四色旗帜旌旗猎猎，兵将的兵刃铠甲熠熠生辉。皇太极在满汉各一名导引官的引领下拾级而上，登上天坛，跪在努尔哈赤等人的神位面前，恭敬上香、献帛、敬酒。

仪式过后，皇太极高声宣读：

满洲国皇帝、臣皇太极敢昭告于皇天后土之神曰：臣嗣位以来，常思置器之重，时深履薄之虞，夜寐夙兴，兢兢业业，十年于此，幸赖皇穹降佑，克兴祖、父基业，征服朝鲜，混一蒙古，更获玉玺，远拓疆土。今内外臣民，谬推臣功，合称尊号，以副天心。臣以明人尚为敌国，尊号不可遽称，固辞弗获，勉徇群情，践天子位，建国号曰大清，改元为崇德元年。

宣读完毕，皇太极坐在大政殿龙椅上，文武百官叩首，多尔衮、多铎、豪格、岳托、孔有德、蒙古使臣等人纷纷下跪，此时唯有朝鲜使臣拒绝下跪，皇太极让人按着朝鲜使臣下跪，朝鲜使臣仍不屈服，皇太极正愁没有借口彻底收拾朝鲜，于是便决定以此为借口第二次东征朝鲜。

当然，在东征朝鲜前皇太极还是决定先拿明朝作为自己建立大清后的第一个立威对象，皇太极第三次南侵。崇祯以为皇太极还会像前两次一样取道蒙古迂回，便加强西线防御，不成想皇太极并没西进，而是从延庆南下，进入居庸关，占领昌平，焚毁了明熹宗的德陵，以报明熹宗掘金国皇帝陵墓之仇，而后直逼北京，把北京周围地区蹂躏一遍，五十六战全胜，连克十六座城池，俘虏汉人十七万——还好没杀他们。清军凯旋时穿着艳服奏乐而还，还写了“各官免送”四个大字留给明朝，以示蔑视。此次皇太极南侵，明军在兵部尚书张凤翼指挥下一战不胜，张凤翼知道崇祯必然要拿自己开刀，于是每天服用大黄，争取让自己拉稀拉死。有人会问，干吗如此，直接喝毒药死了不完了？不然，如果直接服毒，张凤翼就是畏罪自杀，崇祯不会放过他的家人，而这样每天服用大黄，最终拉死，张凤翼还可算上为战事操劳过度，因公殉职。明朝大臣玩心眼都用在了这上面，国事可知。

皇太极第三次南侵收兵后，立即将兵锋对准朝鲜，朝鲜向明朝求救，崇祯置之不理，并禁止辽东大军援救朝鲜。皇太极率军进攻朝鲜，清军渡过鸭绿江后，扬野战之长，舍坚城不攻，长驱而下，仅仅十二天便抵达朝鲜首都汉城下。朝鲜王将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官坚守，等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道：

朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝：小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯（丁卯之役）誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已。

皇太极见状，决定加紧攻势，一鼓作气拿下汉城。与此同时各路勤王军队也被清军击败，最终清军攻陷汉城，朝鲜成为清朝藩属，正式向皇太极称臣，并约定：一、断绝同明朝的关系；二，奉大清正朔；三，每年向清朝进贡；四，把朝鲜国王世子送入清国为人质；五，惩处主张与清朝交战的大臣。由于此战发生在丙子年，也叫“丙子之役”。

清军攻朝鲜用了十五万人，基本上是他们全部的家当了。辽东大军驻扎在宁锦防线的不下二十万，在清军攻朝鲜时，要么抄其老窝，要么在鸭绿江断其后路，两者选其一都可把皇太极置于死地。可惜明朝隔岸观火，坐视友邦灭亡。更为严重的是，朝鲜雄厚的资源成了清朝的囊中之物。若朝鲜不丢，明朝就有了一个收复辽东的基地，丢失朝鲜如损一臂膀，让人痛心疾首。崇祯就这样坐视不管，大明错过了第四次免于灭亡的机会。此外，皇太极在班师途中攻克皮岛，全歼明朝皮岛守军。至此，毛文龙的东江镇寸土不留。

1638年皇太极第四次南侵，他在《致明国皇帝书》中公然自称“朕”，信中说：“自古天下，非一姓所常有。天运循环，几人帝？几人王？哪里有帝之后裔就一定是帝，王之后裔就一定是王的道理？”

皇太极兵分三路，皇太极亲自率军佯攻宁远、锦州，牵制关宁锦防线的明军；岳托为西路军，由墙子岭（北京密云东）入边；多尔衮为东路军，由青山关（河北迁西东北）入边，两路军在通州会师后再南下中原腹地。

先说皇太极这一路，《吴三桂纪略》记载，吴三桂他爸吴襄率五百名骑兵做哨探，与后金皇太极率领的四万佯攻宁远的大军不期而遇。皇太极藐视明军，这五百人根本不够自己一口吃的，于是皇太极围而不打。

吴三桂得知父亲危在旦夕后，立即赶到舅舅祖大寿的军帐，请他发兵援救父亲脱离险境。祖大寿说：“我手头兵力不满三千，打他四万人纯粹是送死！”吴三桂三次请求祖大寿发兵，但祖大寿依旧不答应，于是吴三桂跪下说：“舅舅不肯发兵，儿请率家丁前去。”祖大寿说了一个字：“嘎！”《吴三桂纪略》一书是这么写的，咱也不知是啥意思，反正吴三桂回了两个字——得令！随后他率家丁二十人去救父亲。他率二十人冲入皇太极四万人的军阵，接连射死两名敌军，然后又用箭射倒一名红旗王子。在拍马上前挥刀准备割下该王子的首级时，不料那王子突然以刀砍中他的鼻梁。吴三桂血流满面，但毫无惧色，撕裂红旗包扎好伤口后，立即再战。此时被围的五百明军也杀出来，吴三桂对父亲的队伍大喊：“跟我来！”皇太极见明军人少，以为自己如果追上来会有埋伏，所以没有追赶，吴三桂和父亲得以从容而退。战后祖大寿拍着吴三桂后背说：“儿别担忧不能富贵，我马上请求皇上给你封官。”而皇太极得知此战明军根本没有埋伏后，说：“吴三桂是好汉子！我家若得此人，何忧天下！”

皇太极这一路除了小打小闹的佯攻外，没有大战可说。真正的主力在西路，西路军岳托率军兵临墙子岭，墙子岭的守将总兵吴国俊在清军杀到之时，正在给监军太监祝寿喝酒，毫无戒备，自然，墙子岭失守。

崇祯急调卢象升、杨嗣昌、监军太监高起潜抗击清军，此时卢象升、高起潜和杨嗣昌都是父亲刚去世，处在守孝期，所以卢象升上奏说这样太不吉利，应另选他人，但崇祯意已决，他任命卢象升为兵部尚书，赐尚方宝剑，总督各路军队保卫京师。

十月十二日，岳托的西路军已逼近通州，卢象升决定在十月十五日兵分四路夜袭敌营。高起潜与卢象升意见不同，便大说风凉话，“只听说有唐朝李愬雪夜袭蔡州，没听说过有在十五日明月皎洁下偷袭成功的，月光那么亮偷袭得成功吗？奇袭宜少不宜多，兵分四路偷袭还能不泄露消息？”高起潜非但不支持卢象升，反而把一路奇袭的兵马调往他处，最终导致十五日只有三路参与夜袭，被清军击败。

卢象升为了避免高起潜掣肘，便提出自己驻守昌平，让高起潜驻守通州，两人分开，崇祯同意了。但不久崇祯又要卢象升前往通州与高起潜合兵一处，卢象升便认为这是杨嗣昌在捣鬼，还让高起潜牵制自己。大敌当前，明军内讧如此，最后的悲惨结局已经只是时间问题了。

在此期间卢象升听到了杨嗣昌在与清军秘密议和的传言（传言是假的，但杨嗣昌的确此前曾向崇祯提议与清朝议和），于是他在见到杨嗣昌后就说：“城下之盟，《春秋》耻之，我卢象升手拿尚方宝剑，倘若我们议和的话，袁崇焕之祸马上就到眼前！纵然我们不怕祸患，难道不念披麻戴孝之身，既不能移孝作忠，奋身报国，那么就是忠孝都做不到，还有何颜面立于天地间？”