1502年12月～1505年
1503年2月，达伽马起航返回里斯本，在印度海岸留下了两个脆弱的立足点，即分别位于坎纳诺尔和科钦的贸易站。卡利卡特的扎莫林怒气冲天，备受羞辱，另外还因为科钦苏丹拒不配合他铲除葡萄牙海盗而格外愤怒。很显然，与这些外来入侵者是不可能进行和平谈判的。葡萄牙人的到访越来越有规律，这很令人不安。每次季风快结束时，他们的船只就返回印度了，有时是一小群，有时规模雄壮，炫耀武力。他们用旗帜和炮声宣布自己的驾临。他们来了之后，放肆地索要香料，并提出驱逐根深蒂固的穆斯林群体的无理要求。他们向印度教文化的禁忌挑衅，大加威胁，并肆无忌惮地犯下常规的战争法则所不允许的暴行。
葡萄牙人现在开始努力在马拉巴尔海岸建立一种通行证制度，向过往船只收缴买路钱。他们发放安全通行证，以保障对他们友好的势力的船只的安全。这实际上是对贸易征收的一种赋税。后来，他们要求所有商船仅在葡萄牙控制的港口从事商贸活动，并且还要缴纳高额的进口与出口关税。通行证上的印章带有圣母玛利亚和耶稣的图像，这标志着印度洋世界的一个极端变革。欧洲人来了之后，大海不再是自由贸易区。通行证制度给印度洋世界引入了一个陌生的概念——领海，即由武装力量和葡萄牙的野心（主宰大海）控制的政治化的海洋空间。
如今，全世界都认识到了葡萄牙对印度洋贸易构成威胁的全部意义。1502年12月，忧心忡忡的威尼斯人组建了一个“卡利卡特委员会”，专门请求开罗的苏丹采取行动。威尼斯驻开罗大使贝内代托·萨努多奉命“快速找到秘密的补救办法”。[1]此次行动需要最高度的谨慎。威尼斯人这是要帮助穆斯林去反对他们的基督徒兄弟，一旦泄露出去，必将成为大丑闻，所以威尼斯在开罗的外交活动极其微妙，需要严格保密。萨努多的使命是很明确的：向苏丹强调葡萄牙封锁他的香料贸易路线造成的威胁，敦促他向扎莫林施加压力，驱逐入侵者，并降低通过埃及的香料贸易的关税，以便与葡萄牙竞争。最后一点显然对威尼斯人特别重要。
在开罗，苏丹阿什拉夫·坎苏·加乌里还有其他事情要关注——民变、贝都因部落族民对通往麦加与麦地那朝觐路线的威胁，以及空荡荡的国库。但葡萄牙人突然出现在印度洋，既让他不安，也让他匪夷所思。“法兰克人的大胆没有边际，”编年史家伊本·伊亚斯对葡萄牙人越来越多的侵犯行为评价道，
据说法兰克人已经成功地在亚历山大大帝建造的堤坝上打开了一个缺口……这个缺口是在分隔中国海（此处指印度洋）与地中海的一座山上打出来的。法兰克人在努力扩大这个缺口，以便让他们的船只进入红海。这些海盗活动的来源就是这样的。[2]
在马穆鲁克王朝治下的开罗那如天方夜谭一般的世界里，这样的奇思异想不断流传。苏丹对威尼斯人的建议置之不理。他对降低关税、减少自己收入的设想当然不予理睬，但葡萄牙人的暴行越演越烈。苏丹是麦加与麦地那两处圣地的监护人，是信众的捍卫者。葡萄牙人对红海的封锁影响到了他的收入，而朝觐者的自由和保护广大穆斯林的义务则事关他的合法性。“米里”号的命运影响深远。1502年冬季，达伽马还在科钦的时候，发生了第二起类似的暴行。这意味着，苏丹迟早要处置葡萄牙问题。
达伽马的舅舅维森特·索德雷留在印度，巡视更北方的马拉巴尔海岸。他在坎纳诺尔（葡萄牙与其比较友好）外海的时候，收到了坎纳诺尔国王的信，请求他扣押属于一位富有的穆斯林商人的船只，此人刚刚离开坎纳诺尔，却没有缴纳赋税。索德雷和他的外甥一样酷爱暴力。如果坎纳诺尔国王愿意的话，他会烧掉这名穆斯林商人的船只。国王并没有这个打算，只要迫使商人交税就可以了。这位商人名叫马伊玛玛·马拉卡尔，他在索德雷逼迫下返回港口，怒气冲冲地交了税，然后离开，并诅咒坎纳诺尔国王和葡萄牙国王。
坎纳诺尔国王发出抱怨，索德雷决定代行法律，惩治马拉卡尔。索德雷剥光了马拉卡尔的衣服，将他捆在桅杆上，毒打他，并对他施加了一种侮辱性的暴行。葡萄牙人在摩洛哥时经常这样侮辱穆斯林，即往对方嘴里灌粪便。索德雷还增加了一种花样。他往马拉卡尔嘴里塞了一根短棍，将他双手缚在背后，然后把一块腌猪肉塞进他的嘴里。遭到虐待的马拉卡尔愿意交出一大笔钱，以免受这样的侮辱。索德雷的答复与达伽马回答企图用金钱赎买自由的“米里”号乘客的话类似：“货物可以用钱来买，但国王和大贵族的荣誉不卖。”[3]马拉卡尔在印度洋贸易世界中是一位有权有势的大人物，这场奇耻大辱令他满腔怒火，寻求复仇。1504年，他亲自来到开罗，将葡萄牙人的亵渎恶行汇报给信众的捍卫者——马穆鲁克王朝的苏丹，并要求对这些可恶的异教徒采取行动。
在马拉巴尔海岸，扎莫林也渴望复仇。他完全明白，假如葡萄牙在各个香料王国扎下根来，那就构成了极大的威胁。几乎所有人都知道，达伽马在不可阻挡的季风吹拂下返航之后，扎莫林一定会攻打科钦，惩罚它的统治者，并摧毁葡萄牙人羽翼初生的贸易站。因此，维森特·索德雷的小船队奉命保卫这个定居点，并支持科钦统治者。但索德雷还有一个任务是封锁红海，消灭在红海与卡利卡特之间来往的穆斯林船只。这后一项任务意味着可能获得丰富的战利品，因此更受他偏爱。在他的兄弟布朗斯的怂恿与帮助下，索德雷无视科钦国王和葡萄牙贸易站的哀求，航向北方，去捞油水。他那明目张胆的不顾自己同胞死活的行为，遭到了抗议。两名船长放弃了自己的指挥岗位，宁愿留在遭到围攻的科钦贸易站。
索德雷走后，扎莫林迅速行动。他率领一支大军开往科钦，发了一封语气专横的信给科钦国王，指出“接纳严重伤害我们的基督徒”的恶果，要求他交出城内的基督徒。如若不从，扎莫林“决心进入你的国度，将其摧毁，抓住基督徒，俘获他们的所有财物”。[4]
这电闪雷鸣般的严厉通牒遭到了拒绝。科钦国王已经决定与基督徒并肩作战，无论生死，都要坚守自己的决定。葡萄牙人将这种坚定理解为高尚的骑士风度。然而从长远来看，科钦国王得到的回报少得可怜。扎莫林可能更为切实地描述了与外来者同流合污的后果，但科钦国王不改初心。他派遣自己的侄子和继承人纳拉扬率领军队去抵抗扎莫林，不惜战死沙场。纳拉扬起初取得了一些成功，但扎莫林贿赂他的部下，使那些人对纳拉扬不满，最终将其刺杀。科钦国土被扎莫林占领。根据印度教军事种姓的律法，两百名科钦幸存者宣誓要遵照仪式的要求慷慨赴死。他们剃掉了全部毛发，冲向卡利卡特，见人就杀，直到全部阵亡。
但纳拉扬为国王和葡萄牙人争取到了时间。他们撤离科钦，逃到外海岛屿威平。扎莫林将科钦城付之一炬，但无法接近威平岛，因为雨季快到了。倾盆大雨和惊涛骇浪开始拍击马拉巴尔海岸，扎莫林率军撤回了卡利卡特，在科钦只留下少量驻军。他发誓要在8月回来，消灭所有敢于抵抗的人。葡萄牙人在印度的立足点命悬一线，但科钦国王相信葡萄牙船只会按照航海季节的规律回来。与此同时，索德雷兄弟一心掳掠从红海来的穆斯林船只，却遭遇海难，被困在一个小岛上。维森特不幸溺死，他那不得人心的兄弟布朗斯幸存下来，但随后可能被自己的部下杀死了。在虔诚的编年史家看来，这纯属罪有应得：“这两兄弟犯下了弥天大罪，之所以丧命，是因为他们没有援助科钦国王，并且抛下自己的葡萄牙同胞，让他们单独面对极大的危险。”[5]
索德雷兄弟现在帮不上忙，一小群葡萄牙人和科钦国王及其亲信就被困在威平岛，等待救援。1503年9月初，他们的信念得到了回报，两艘船从里斯本赶来，这是本年度香料航运的第一批船只，指挥官是弗朗西斯科·德·阿尔布开克。两周之后，又有四艘船紧跟着抵达威平岛。这第二批船带来了葡萄牙历史上最才华横溢的指挥官中的两位。
第二批船的指挥官是弗朗西斯科的堂兄弟阿方索·德·阿尔布开克，他注定要不可逆转地改变印度洋的历史轨迹，塑造和震撼世界。1503年时，他可能已经四十多岁了，长期为王室效力，拥有极其丰富的军事经验。他的相貌颇为引人注目，清瘦，鹰钩鼻，眼睛显得非常精明，蓄着垂到腰间的已经有些斑白的胡子。他曾在意大利与奥斯曼土耳其人交战，在北非对抗阿拉伯人，在葡萄牙与卡斯蒂利亚人厮杀。在摩洛哥，他亲眼看见自己的兄弟在身旁战死；他曾与还是年轻王子的若昂二世并肩作战。和达伽马一样，他吸纳了葡萄牙贵族的荣誉法则，包括对伊斯兰教的根深蒂固的仇恨与不可撼动的对复仇和惩罚敌人的信念。他没有结过婚，但有一个私生子。他对王室忠心耿耿，清廉诚实，不可腐蚀，对自己的才干——无论是驾船航海、指挥陆海军、建造要塞还是治理帝国——自信满怀。“如果陛下把十几个王国托付于我，我也懂得如何以最高的谨慎、理智和知识来治理。”他曾这样告诉起初对他不是很信任的曼努埃尔一世，“这不是因为我拥有什么特殊的才华，而是因为我在这些工作上的经验非常丰富，而且已经到了成熟的年纪，懂得是非曲直。”[6]他总是行色匆匆，拥有魔鬼般充沛的精力，绝不容忍傻瓜。不是所有人都喜欢阿方索，但他和曼努埃尔一世一样，拥有领袖魅力、使命感和建立世界帝国的雄心壮志。他显然相信，自己大展宏图的时机已经到了。
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阿方索·德·阿尔布开克
与他同来的一位船长，是同样精明强干的杜阿尔特·帕谢科·佩雷拉。此人是航海家、领袖、战术天才、地理学家、实验科学家、博学之士和数学家。佩雷拉是奉命在1494年敲定《托尔德西利亚斯条约》的学者之一。巴西被正式发现之前，他可能已经秘密去过那里。他写下了第一部描述黑猩猩使用工具的能力的论著；他把经度计算到非常精确的程度，在当时无人可比；他记载了印度洋的海潮规律，并善加利用这门知识。史诗作者卡蒙伊斯后来歌颂他为葡萄牙的阿喀琉斯，“一手拿笔，一手持剑”。[7]
曼努埃尔一世没有把最高指挥权交给两个阿尔布开克中的任何一人，他俩的关系迅速恶化。竞争意识非常强的阿方索抢先从里斯本出发，但他的船队遭遇风暴，损失了一艘商船。他原本就心情恶劣，抵达印度时更是发现弗朗西斯科先到一步，并且还因已经打退扎莫林在科钦的驻军以及把科钦国王扶回王位而春风得意；此外，后者也把城内现有的胡椒都装载到了自己船上。
出人意料的局势让堂兄弟之间的紧张关系更加糟糕。曼努埃尔一世给他们的命令仅仅是购买香料并返回。然而，他们发现贸易站受到威胁，负责保护贸易站的索德雷兄弟已经死亡，并且扎莫林一定会率军返回，彻底消灭贸易站。常驻科钦的葡萄牙代理商及其伙伴表示，如果没有巩固的要塞和驻军保护他们，他们是不会留下的。因此，阿尔布开克堂兄弟必须偏离曼努埃尔一世的书面指示。弗朗西斯科已经说服满心不情愿的科钦国王，给葡萄牙人一块地，并提供木料与人力，以建造要塞。这座要塞的选址是科钦所在的长条形半岛的尖端，守卫着一个大型内层潟湖的出海口和腹地的河流网路与城镇。
建造一座木制要塞的工程匆匆进行。“每艘船都为其装备贡献自己的力量。”乔万尼·达·恩波利如此写道。他是一个年轻的托斯卡纳人，以商业代理的身份参与了此次远航。不到一个月时间，要塞就竣工了。它很原始，布局为方形，外层是土木筑成的壁垒，中间有一座粗糙的石质主楼。用恩波利的话说，这座要塞“固若金汤……周围有很深的壕沟与护城河，有强大的驻军，工事完备”。[8]它标志着葡萄牙人帝国主义冒险的一个重要里程碑。这是他们在印度土地上的第一个稳固的立足点。1503年11月1日，万圣节，为了庆祝要塞在这个吉利的日子竣工，葡萄牙人尽其所能地举行了庆典。他们穿上自己最光鲜的衣服，壁垒上旗帜招展，举行了肃穆的弥撒。科钦国王身穿华服，乘坐大象，在武士簇拥下赶来庆贺，并参观这座完工的建筑。
阿尔布开克堂兄弟小心地在印度盟友面前掩饰自己的内部分歧，但他俩之间的气氛仍然是非常恶毒的。为了任何事情，他们都能吵起来——香料分配的比例，建筑工程的进展速度，甚至要塞的名字。一名修士对他们的纷争感到不安，被传来仲裁。弗朗西斯科希望给要塞取名为阿尔布开克要塞。阿方索热衷于曼努埃尔一世的弥赛亚风格的王权思想，希望用国王的名字给要塞命名。最终阿方索胜利了，但他的狂妄放纵、咄咄逼人的竞争意识和焦躁的情绪有时会影响他的判断，并且这已经成为他的领导风格的标志。
葡萄牙人与扎莫林的武装冲突时断时续。双方同意了一项玩世不恭的停战协定。葡萄牙人在马拉巴尔海岸搜罗胡椒，准备返回里斯本，而扎莫林则在筹划一次新的攻势。葡萄牙人很快撕毁了停战协定，无缘无故地攻击了一支运送香料的船队，于是战争再度爆发。然而，扎莫林在等待时机。他知道，由于季风的铁律，1504年年初，葡萄牙大部分船只必然会载着香料回国。葡萄牙人自己也知道这一点。在卡利卡特，扎莫林开始集结一支新的军队，准备一劳永逸地将葡萄牙人逐出。
1504年1月，阿尔布开克堂兄弟出发的日子迫在眉睫。东风很快就会停息。曼努埃尔一世曾命令整个船队必须一同航行，但后来船队没有这样出发。在坎纳诺尔，弗朗西斯科还在慢悠悠地装载香料，阿方索却不肯再等了。1月27日，他扬帆起航，留下自己的堂兄弟吊儿郎当。弗朗西斯科最终于2月5日起航。他们只留下微弱兵力守卫曼努埃尔要塞和科钦王国：九十人和三艘小船，由杜阿尔特·帕谢科·佩雷拉指挥。这九十人都是自愿留下的。在乘船返航的人看来，留下的人必死无疑。踏上归途的人们目睹马拉巴尔海岸消失的时候，一边画十字，一边喃喃地说：“上帝保佑杜阿尔特·帕谢科及其部下的灵魂。”[9]科钦国王看到自己的盟友承诺的留守兵力如此脆弱，目瞪口呆。还要再过八个月，才会有援兵从地球的另一端赶来。
阿方索船队的归途很典型，经历了印度冒险的所有持久不变的艰难险阻：风暴、逆风、补给匮乏、惊人的命运逆转。托斯卡纳人乔万尼·达·恩波利留下了一份生动的记载，描写了这次噩梦般的旅程，船队在几内亚外海因为无风而被困五十四天之久：
淡水几乎耗尽……没有葡萄酒，船上也没有其他给养；船帆和其他东西都磨损了，人们开始接二连三地病倒。五天后，我们从船舷抛下了七十六具尸体。我们船上只剩下九人……我们彻底绝望了。由于虫蛀，船体损坏，船在渐渐下沉；除了上帝的援助，我们没有得救的希望……非常糟糕，我找不到言辞来描述。[10]
他们最终返回里斯本的时候，已然命悬一线。
风向不利于我们。我们带来的黑人刚刚感受到冷风，就开始纷纷死亡。就在即将进港的时候，我们又遇到逆风，几乎沉船。我们的状态极度糟糕，如果在海上再多待半天，一定会在河口沉没。[11]
他们不知道，自己其实已经很幸运了。弗朗西斯科的船队于2月5日从坎纳诺尔出发，后来就杳无音讯了，他的船队可能在南方大洋的某处消失在波涛之中。国王最终听到的，是阿方索对自己成绩的报告。
在印度，扎莫林于1504年3月开始进军科钦。他集结了一支庞大的军队，约有五万人，兵员来自他自己的领地和臣服于他的附庸城市，包括一大群奈尔（马拉巴尔海岸的军事种姓）武士，得到卡利卡特的穆斯林群体支持，还携带了所需的辎重与器具：三百头战象、火炮和约二百艘用来包围科钦港的战船。科钦国王判断自己身陷绝境。他恳求葡萄牙人借助有利风向，到阿拉伯半岛海岸过冬，而不是毫无意义地白白丢掉性命；他自己将谦卑地向卡利卡特的主人投降。
然而，杜阿尔特·帕谢科·佩雷拉是来打仗的。他完全明白此时关系重大，形势危急：如果他丧失了科钦，那么其他对葡萄牙友好的港口也将屈服于卡利卡特。葡萄牙在印度的整个事业就彻底完蛋了。当两个阿尔布开克还在印度的时候，佩雷拉已经花了几个月时间与扎莫林军队作战，他曾研究科钦的地形地貌。科钦位于海边一个长条形半岛之上，背后有一个潟湖。该地区遍布滩涂、岛屿和受潮汐影响的周围长满棕榈树的浅滩，因此是一个复杂的迷宫，也正是伏击战的理想战场。佩雷拉不肯后退。
他给出了直截了当的回应。他告诉科钦国王，他会打败扎莫林，“如果情势需要，我们会为您效力至死”。[12]科钦将是最后决战的战场，是葡萄牙的温泉关。佩雷拉至多只有一百五十人和五艘船（一艘克拉克帆船、两艘卡拉维尔帆船和两艘比较大的长艇）。科钦人名义上可以集结八千人，但究竟有多少人愿意为了一项不得民心的事业而战，是存疑的。国王觉得佩雷拉发疯了。但1504年秋季一支葡萄牙救援船队抵达科钦的时候，发现佩雷拉及其大部分部下都还活着，而扎莫林丢人现眼地撤退了。