吴三桂早已因为刺客被私下放纵而开始怀疑胡逸之，在他失踪许多日子后，他的尸体被人发现在滇池中漂浮。吴三桂搜查了胡逸之的住所并发现了他和吴六奇往来的信件。愤怒的吴三桂迅速肃清了胡逸之的党羽，并重金收买了一流武术大师、隐居已久的归辛树及其家族，委托他们去刺杀吴六奇，后者可能从胡逸之那里获悉了吴三桂的许多秘辛，并打算篡夺其兵权，因此必须在发动叛乱前先除掉这一障碍。

此时撤藩的命令已经下达，但吴三桂无暇等待结果。在1674年1月，吴三桂重新打起了“恢复明朝”的旗帜，将手下的数十万精兵开向湖南和四川，沿途招降纳叛，不少武将和地方官员向他投降。几个月后，耿精忠在福建响应叛乱，郑经也从台湾派遣军队支援。但尚可喜大概因为得知俄罗斯、蒙古和西藏已经与清廷修好而拒绝出兵，令吴三桂大失所望。他的更大错误在于，圣祖没有任何软弱和妥协的迹象，他第一时间杀死了在北京的吴应熊，将他的头颅悬在城门上，而军队也源源不断地被派往南方战场。

不过吴三桂还有一张王牌可以依赖。武术大师归辛树及其妻子在轻松击杀吴六奇后，又按照他的指示前往北京，准备刺杀皇帝。如果这一图谋得以成功。北京朝廷将陷入相当长时间的混乱和瘫痪中，而清军的士气也必将大受影响，这样他向北方进军的道路就大可畅通无阻了。

归辛树和他的家人在北京附近被天地会所拦截和俘虏，并被带到陈永华面前。这也给他们出了一道难题。三藩战争的爆发将中国武术世界抛入一个尴尬的境地，一方面，“反清复明”是以天地会为首的主流势力所致力的目标，而现在吴三桂高举起了这面旗帜。另一方面，吴三桂对于武术世界来说，是和清廷同样可憎恶的敌人。对于陈永华来说，这实在是两难的选择。但他最终选择了暂时和代表吴三桂的归辛树合作。如果清朝统治陷入崩溃，那么固然对吴三桂有利，但台湾方面也可以从中获益，渡海攻占华东和华南地区。当后者的力量壮大后，就可以在武术世界的配合下反制吴三桂了。

黔国公府反对这一计划，不过最终被陈永华说服。但天地会也不愿提供过多协助，只要求韦小宝利用他在宫廷内部的关系配合归辛树一行。韦小宝勉强同意了，但却令归家在禁宫中误入歧途。这种三心二意的合作最终导致了归辛树家族的覆灭，他和他的妻子及儿子在禁宫中杀死了数十名武术侍卫后壮烈死去。263

韦小宝本人却没有能够置身事外，圣祖终于发现整个事件和他最喜爱的宠臣有关，震怒之下将他软禁在宫里，并派遣火器部队去围剿正在他府第中集会的天地会和黔国公府。韦小宝紧急动用了他在宫廷中的关系，让建宁公主帮助他逃走。建宁公主和他一起逃出了禁宫，而天地会也得以及时疏散，保存了有生力量。

但圣祖开始迅速行动，他肃清了京畿的天地会势力，弱小的黔国公府在出逃道路上被剿灭，沐剑声被枭首示众，从而基本解除了武术世界对自己的威胁。随后陈永华被清军驱赶到东海，正在大陆活动的郑克塽及其亲信冯锡范也和陈永华一起逃走。他们在台湾北面的钓鱼岛上和韦小宝一行会合。但逃难者们之间并不团结，因为陈永华拥戴郑克塽的兄长郑克臧，而被郑克塽和冯锡范借机在岛上借机暗杀，郑克塽和冯锡范随后坐船逃回台湾。

陈永华的被杀也深刻影响了此后的局势。在台湾方面，郑经在1674年中应耿精忠的要求率军渡过台湾海峡，但却另有打算。福建的天地会势力全部发动起来，配合他夺取了泉州、漳州等福建重镇。在原本的计划中，北方的天地会组织也应当响应郑经发起暴动，这样就可以为郑经打开北伐的道路。但陈永华死后，这些行动无人主持，许多计划被放弃，个别的起义者未能得到支援而被剿灭。另一方面，随着陈永华的死，天地会和延平王府之间的融洽关系也不复存在，大陆最大的反清组织对于海外最大的反清基地已经没有多少信任可言。

这一系列事变，导致了陈永华布置十多年的蓝图化为乌有，如今郑经的势力只能止步于福建，而天地会也无法利用吴三桂反叛的契机联合起义，反而它自身的组织对于清朝政府彻底暴露出来。这一胡逸之、吴六奇和顾炎武等汉族革命家等待多年的时机就这样被白白错失了。

圣祖对天地会加以残酷的镇压，杀戮了数千人，清除了内部的第五纵队，此后他严禁臣民们歃血为盟，组成社团，将这种行为作为政治上的谋叛加以严厉处分264这样他就得以将精力集中到对吴三桂的战争中。

<h3>三藩的覆灭、征服台湾和对俄国的和约</h3>

在1674年下半年，清朝进入了建立对中国本部的统治以来最为危险的时刻。自从吴三桂的起兵，南中国的一大部分已经落入叛军之手。而在当年12月，吴三桂的旧部下、陕西的王辅臣将军也叛变了，令中国北部岌岌可危，而在北京背后的蒙古察哈尔部也有叛乱者蠢蠢欲动。西藏人开始向吴三桂方面靠拢，桑结嘉措以五世达赖的名义写信给圣祖，建议他将长江以南的土地让给吴三桂以换取和平。265

不过，吴三桂并没有得到武术世界的多少支持，而陈永华之死和天地会的瘫痪也使得武术世界的抗清力量难以组织大规模行动。郑经在福建和耿精忠缠斗不休，消耗了自己的力量。圣祖调动他的二十万八旗军和四十万汉族的绿营军队，在扬子江防线和吴三桂的叛军对峙。经过清朝三十年来的统治，许多汉族军人已经开始向清廷效忠，他们在西北挡住了王辅臣的攻势，迫使其投降，并反攻入四川。在东部，南征的康亲王杰书也于1676年击破了耿精忠的防线，让他向清朝投降。郑经在广东的战役取得了一些成就，迫使尚可喜的儿子尚之信举起反帜，不过并不能撼动大局，他自己在福建的基地也很快被清朝所夺取。

随着时间的推移，吴三桂发现自己所占据的一小片领土已经被清军重重包围起来。吴三桂的忠实军队抵挡了数年北方的进攻，但却无力再突围或反攻。北京的皇位离吴三桂已经遥不可及。

皇位本身并非遥不可及。在1678年3月，吴三桂放弃了恢复明朝的口号，在湖南衡阳登基，宣布开创“大周”王朝。吴三桂在沮丧和焦虑中度过了半年的皇帝生涯，然后死去了。在他死后，他的孙子、吴应熊的儿子吴世璠继位。湖南很快被清军收复，周王朝退回云南，又支撑了三年。在1681年底，清军攻入了昆明，吴世璠自杀身亡，整个吴氏家族都被处死。只有陈沅不在昆明，据说她出家为尼，也有人说李自成带着她悄悄离开了，此后他们的名字没有再出现在任何历史记载中。266

解决了西南的吴三桂，圣祖开始将目光转向东南：台湾人在三藩战争中带给他很大的麻烦，现在是偿还的时候了。1680年，清军夺取了郑经在福建的最后据点，迫使他再次退回台湾岛。第二年，郑经在颓废中死去。在他死后，刘国轩和冯锡范把持了政局，他们杀死了郑经指定的继承人郑克臧，令郑克塽成为台湾的新主人，台湾的政治局势动荡不已。这给了圣祖以珍贵的插手机会。在1683年夏天，施琅率领有二百多艘舰的海军向澎湖进发。刘国轩在那里以大致相等的兵力迎击他。7月16日两支舰队间爆发了海战，最初对台军有利，但随着风向的逆转，清军开始大举反击。几小时后，台湾的舰队全盘崩溃。刘国轩逃回了台湾，这场战役令他丧失了对抗清军的勇气，在他的建议下，郑克塽和冯锡范等人向施琅投降，剃去了头发，换上清朝的衣服，他们随即被迁往北京。明朝皇室的后裔宁靖王朱术桂却更为壮烈地自杀身亡。于是最后一块汉人统治的土地也不复存在。

台湾的征服令一个曾经在北京宫廷中的显赫人物在多年后再次回到清朝宫廷。此即韦小宝，他在1673年逃往海外，流落到台湾以北的钓鱼岛，此后一直居住在那里。圣祖很快发现了他的行踪，并派人前来，作为惩罚将他软禁在此处。并戏谑地将这一荒岛作为韦小宝的封地，后来这成为中国对钓鱼列岛主权要求的历史依据。不过随着台湾的归降，圣祖又将矛头指向北方，打算解决和俄罗斯的边界问题。他重新起用了这位唯一到过俄国的足智多谋的宠臣。在1685年韦小宝率领了15,000名士兵被派回到雅克萨，全力攻打这座被俄国人占领多年的城市。已经投降清朝的林兴珠也带领福建地堂门的武术家来协助他，打造了一支藤牌军，能够有效地防御火枪的攻势，在清军的大举围攻下，雅克萨被收复了。

韦小宝在其多年的政治生活中，已经搜集齐了八本《四十二章经》并发现了所谓摄政王宝藏的下落，但当清军攻下雅克萨后，他曾尝试发掘，但却一无所获。这一宝藏在近一个世纪后，却落入了另一个与之有异曲同工之妙的人物手中。

索菲娅公主对于雅克萨的失陷十分恼火，她一直存有征服远东的野心。但她治下的俄国此时正忙于和瑞典争夺芬兰，无力顾及东方，并且因为害怕中国军队攻占西伯利亚更多的地方，莫斯科不得不屈尊和北京和谈。在1689年，清朝和俄国的使臣在尼布楚碰面。清朝方面是韦小宝和索额图，俄国方面是费耀多罗∙亚历克塞耶维奇∙戈洛文伯爵（Фёдор Александрович Головин，1650年—1706年）。最初俄国人坚持以黑龙江为界，但韦小宝让双儿再次展示了“穴位点击”的技术，告诉戈洛文伯爵这是“成吉思汗的魔法”，并扬言再次开战。戈洛文伯爵最终不得不表示屈服，将俄国的疆界缩回到外兴安岭以北。267中俄之间由此签订了《尼布楚条约》，迄今人们还可以在台湾故宫博物院里看到条约上韦小宝歪歪扭扭的涂抹和索额图秀丽的笔迹。

韦小宝再次建立功勋，回到北京后，受封为一等鹿鼎公爵。认为已经重新获得皇帝的宠爱，韦小宝又开始故态复萌。为了为自己的师尊陈永华复仇，他在1689年底谋杀了已投降清朝的冯锡范，放走了被捕的反叛分子茅十八，还和刚刚有所恢复的天地会建立了联系。自陈永华死后，天地会的第二代领导人，胡德帝、马超兴等“少林五祖”也都已经先后死去，原青木堂的幸存力量主张推举韦小宝为新的总舵主，利用掌握的兵权给清廷致命的一击。

但此时圣祖也发现鹿鼎公爵的行为可疑。圣祖召见了公爵并加以申斥。现在韦小宝发现自己的卫兵中也布有皇帝的密探，他在恐慌中再次筹备逃亡。他在1690年初南下，在江苏的泗阳县，韦小宝和顾炎武、黄宗羲及其他一些知识分子碰面，他们鼓动他说，武术世界的抗清运动仍然相当强盛，并且他在清军中有相当大的影响力，他们劝他以明朝皇室之子的身份称帝，反正没有人知道他的父亲是谁。对这一疯狂的计划韦小宝认为是异想天开，他谢绝了顾炎武的邀约，令他们失望而归。

没有人知道在此之后发生了什么，据说在韦小宝拒绝协助反叛分子后，就被他们杀死了。但多年后一名叫舒化龙（？—1699年）的天地会骨干被逮捕，他坚决否认了这一点，并说韦小宝当时承诺和天地会合作，他们才释放了他，但此后便再没有听说过他的消息。查良镛在多年的研究后，根据云南出土的一个韦姓家族的墓碑，认为他和妻妾们后来在云南隐居。268这可能是对这位传奇人物的幸运过于夸张了，对于这位堪称东方埃塞克斯伯爵的重臣的下场，269萨缪尔·约翰生认为：

玄烨虽然多次容忍这位青年时代玩伴的嚣张行径，但不会允许他逃出自己的掌控，毕竟他知道了自己太多的秘密。面对帝国的追缉，如今鹿鼎公爵唯一可以依靠的力量是天地会，但天地会却要求他当首领，这是公爵所不敢接受的，而实际上也没有鹿鼎公爵返回天地会的记录。那么他有什么能力在举国的监视下带着八个女人穿过半个中国到达云南呢？实际上，鹿鼎公爵很可能在不久后就被皇帝秘密逮捕和赐死了。只是对这件丑闻，朝廷方面自然会秘而不宣。270

一个佐证的是，跟随韦小宝一起逃走的建宁公主不久后又蹊跷地回到北京，受到圣祖的抚慰，说她“被叛贼（韦小宝）所累”。建宁公主在旧日的公主府中又度过了十多年的岁月，在1704年悄无声息地去世了。

顾炎武在劝说韦小宝失败后又被清廷追缉。他在晚年依附于冯难敌的华山派，定居陕西华阴，在看到清朝统治的日益巩固后，他在1692年失望地死去。黄宗羲死于三年后，他在晚年很明显地转变了对清朝的态度，称圣祖为“圣明的上天之子”。271这一转变的根由或许是因为韦小宝在会面时告诉他，皇帝正在阅读，并且十分欣赏他的思想著作《明夷待访录》。272黄宗羲啼笑皆非地发现他心目中的野蛮人竟然是他罕见的知音。这让他开始痛苦地反思，是否满洲统治者能够接受中华文明，并且建立一个更好的政治秩序。他的答案越来越肯定。许多遗民仍然不接受这一点，不过，不论答案是什么，到17世纪90年代为止，半个世纪的骚乱已经远去，清朝的统治已经从动荡而巩固，这是无可争议的事实。