在17世纪50年代，对新帝国来说唯一的危险似乎只在于南方的明朝残部，并且也在日益萎缩。世祖沉浸在个人的幸福生活中，没有注意到眼皮底下的危险，一种新的地下宗教逐渐在京畿地区蔓延，此即神龙教（Holy Dragon Cult）。

神龙教大约缔造于1645至1650年间，其创始人洪安通，被约翰·史密斯推断为渤海派的洪胜海，这一看法不能不说很有道理。225渤海派是少林在东方的分支，本来是一个籍籍无名的小门派，在辽东战争时期许多关东难民加入了渤海派，使之迅速壮大。在洪胜海的推动下，渤海派参与了袁承志的反清集团，但最终被挫败。此后渤海派退缩到海上，清政府由于海军的弱小而对它无可奈何。

在追随袁承志的时期，洪胜海曾经和来自云南的五毒教接触，学到了其中一些教义和教规，并且由于对袁承志的效忠，而被传授了一位“金蛇先生”的武术，在离开袁承志后，他自己在随后许多年中也成为一位武术大师。洪胜海将五毒教的内容和日月教以来山东的各种秘密宗教仪轨相结合，以残存的渤海派为基础，在随后几年缔造了神龙教，定居在渤海中的蛇岛，该岛被改名为神龙岛。洪胜海也抹去了自己平凡的出身，改名为洪安通。在清朝初年的混乱中，神龙教得以迅速坐大并吸引了数千名信众，但仍然保持高度机密状态。

毛文龙的遗腹女毛东珠（1629年—1674年）在皮岛覆没后被渤海派救出，后来成为了神龙教的重要成员，她在17世纪50年代进入清朝宫廷成为侍女，最初只是为了传教。因为容貌和皇后博尔济吉特氏相似，毛东珠在洪安通的安排下开始了一项匪夷所思的计划。她大约在1657年秘密囚禁了孝惠皇后，自己则在精心化妆后以皇后的身份出现。这一计划险些露出破绽，在同年孝庄太后病重，毛东珠不敢去看望，而受到世祖的严厉责罚，一度被打入冷宫。226此后孝庄也疏远了这位侄孙女，这一点反而便于她争取时间掩饰自己的本来面目。

问题在于，拥有既无权力也无宠爱的皇后身份并没有太大的帮助，毛东珠的唯一成就是得知了《四十二章经》的秘密，但一时无法拿到所有经书。洪安通指示她伺机取得经书，但假皇后的牌还可以有更大的用处。洪安通制定了一项更骇人听闻的计划。他潜入皇宫，让毛东珠受孕之后设法和皇帝亲近，这样可以将自己的孩子拿来冒充皇嗣。在毛东珠的哀求下，世祖最后勉强和她圆房，这样她的受孕就有了合理的理由。她在1658年成功地生下一个女儿，封号为建宁公主。

但女儿没有继位的可能，毛东珠现在必须牢牢抓住皇帝才能继续执行洪安通的计划。但经过几年的努力后，世祖却仍然疏远她，而将全部的感情都倾注在董鄂妃身上。在1660年，董鄂妃甚至成功地为世祖生下了一个儿子，皇帝异常欢喜，显然想立这个儿子为嗣，而董鄂妃也可以以儿子的名义成为真正的皇后。毛东珠决不允许这种可能发生，用一种“使骨头融化的柔软掌法”，她不留痕迹地杀死了董鄂妃刚刚出生的儿子，这个孩子死后被悲恸的皇帝封为荣亲王。当年9月，她又设法用同一种武术给董鄂妃以致命的内伤，让她在几天后去世，人们普遍认为这是因为过于悲伤导致的，只有精通武术的海大富发现了一些痕迹。227

毛东珠没有想到的是，世祖因为董鄂妃的死而极为悲痛，甚至想要轻生，在周围人的昼夜看护下才阻止了他这么做。人们本来以为皇帝的悲伤可以随着时间而渐渐减轻。但世祖用剩下的时间为董鄂妃撰写了传记并编撰了她的语录，命令发行天下。此时他开始越来越频繁地和玉林琇、茚溪森及木陈忞等著名禅宗僧侣接触。在佛教的影响下，世祖打算放弃一切，成为僧侣。有一次甚至已经在寺院里剃光了头发，但被玉林琇劝回了皇宫。228不过世祖已经决意彻底告别帝王生涯，最终在1661年年初，也就是董鄂妃死后四个月，世祖留下了一封诀别信，在侍卫总管赫巴察的护送下跟随玉林琇离开北京，再也没有回来。事后人们知道，他已经在五台山清凉寺秘密出家。229由此突兀地结束了清朝入关后第一个皇帝的统治时代。

世祖失踪的头几天被宣布为染病，以解释他无法再接见大臣。在多日遍寻不获后，孝庄太后不得不于1661年2月2日宣布世祖被天花感染而突然死亡。这是一个很好的理由，在当时这种疾病正在北京的满洲人中肆虐，多铎即死于天花。一个身材相似的侍卫被处死，他的尸体被用来冒充皇帝。因为天花的传言，没有人敢接近皇帝的遗体，这一谎言在当时未引起怀疑。但是董鄂妃的妹妹贞妃可能发现了某些蛛丝马迹，被毛东珠杀死后，宣布为自愿殉葬。

在世祖被宣布死亡后，在其不多的幼子中，第三子玄烨被立为皇帝。玄烨的生母是一位有汉人血统的低级妃嫔佟佳氏，她被尊为圣母皇太后，这样对母后皇太后，亦即假冒太后的毛东珠就具有了相当的地位。有望独揽大权的毛东珠当然不会容许有人和她分享地位，她在1663年如法炮制地暗杀了这位不幸的新皇后，从而成为唯一的太后。此时仍然享有比她更高权位的唯有太皇太后孝庄。毛东珠本来也打算对这位德高望重的老妇人下手。但海大富已经察觉到了宫廷中一连串不寻常的谋杀案而对太皇太后加以严密保护，最终让毛东珠放弃了这个计划。

<h3>郑成功的海上战争</h3>

在北方海域上，皮岛、渤海派和神龙教先后称雄，其影响甚至延伸到了北京宫廷之中。但较之南方的海上力量仍然不免相形见绌，后者是真正的海上霸权。在十六世纪末，随着世界性贸易体系的形成，在中国东南沿海、日本及东南亚之间建立起了繁荣的海上贸易网络，因而也出现了合海商与海盗为一体的海上武装集团。这可以视为江湖空间向海洋空间的拓展。在十六世纪上半叶，这一网络被郑起云的家族所垄断。在郑起云向清朝投降后，他的儿子郑森或郑成功接替了他的地位，并压服了族中的几名实权人物，郑成功对于其海商集团的治理十分出色，郑氏的武装力量在此后多年中不仅没有被清朝消灭，而且更加壮大了。

郑成功在1650年占领了厦门和金门两个岛屿作为根据地，并一度控制了从浙江到广东的多个沿海州县，和西南的永历政权配合，对其他沿海地区也反复骚扰，令匮乏强大海军的清政府苦恼不堪，郑成功也被永历帝封为延平郡王，成为南明势力在东南部的中心。郑成功海军的财政来源依赖于在中国内地和海外之间的走私贸易，这意味着有一个庞大的江湖网络为他服务。事实上郑成功和武术世界之间也有千丝万缕的联系。他的主要将领刘国轩（1629年—1693年），是出身自福建少林寺的武术家，另一名将领冯锡范，是昆仑派张心一的弟子，而后来背叛他的施琅（1621年—1696年），则出身在福建有相当大影响力的武夷派。230福建地堂门的林兴珠在当时也是他麾下的一名低级军官。231

在太湖和附近水系的水上盗匪，是郑成功依赖的主要力量之一，和富庶的江南地区的走私贸易可能就是通过这一关系进行的。其首领钱应被郑成功任命为南明总兵。郑成功一直打算夺取这一地区，作为向北方进攻的基地，他原本计划在钱应的武装配合下发动攻击。不过钱应的游击队过于膨胀，以至于在1658年和清朝的地方武装发生冲突，最终被清朝的两江总督郎廷佐所剿灭。郑成功在江南失去了一枚精心埋伏的棋子。232

郑成功夺取江南的计划并未因此改变。在1659年，在其参谋陈永华的建议下，郑成功决意进行一场伟大的军事冒险。他亲率一支由数千艘大小船只组成、超过二十五万人的军队，从厦门北上，驶入长江口，沿岸诸多州县纷纷投诚。许多平民看到穿着明朝服色，梳着明式头发的军队，纷纷痛哭流涕。

郑成功在1659年8月抵达南京城下，开始围城。他过于想保全自己的实力，所以宁愿等待对方投降，不愿进行势在必得的进攻，尽管陈永华劝说他这么做。这一战略失误使得他的对手郎廷佐有机会调动精锐的满洲骑兵。在9月8日清军开始了反扑，郑成功的陆军被击溃，他的舰队匆匆退出长江，返回海上并向南方驶去。南明势力对中国大陆的最后一次重点进攻就这样被粉碎了。

不过南京战役失败并非郑成功军事生涯的结束。郑成功不得不面对清王朝将长期统治中国大陆的现实，而下决心另谋根据地。出于陈永华的建议，夺取台湾岛的计划被提上议程。

台湾自1624年以后就被荷兰的殖民者所占领，但荷兰人在这一东方大岛上只有约两千军队，并傲慢地认为这部分兵力对付东方人已经足够。在1661年春，郑成功带领约2.5万人的舰队从澎湖抵达台湾，向台南荷兰人的普罗民遮城堡（Provintia）进攻。荷兰人以优势的火枪队在其登陆时阻击，一度将郑成功的军队压制。荷兰人指望依靠火枪能够弥补人数上的劣势，但郑成功采纳了林兴珠的建议，命令士兵用地堂门的滚地武术灵活作战，他们用藤牌挡住了大部分火枪射击，然后用刀从下方砍断了许多荷兰士兵的腿。233于是该城堡被攻下。

对于荷兰人的统治中枢热兰遮城（Zeelandia）的进攻更为艰难。这是一座坚固的堡垒，郑成功再次采取了围攻的战术。在长达九个月的围攻后，荷兰人派来的援军被击溃，热兰遮城的城防也被郑成功的炮火摧毁。在1662年2月1日，荷兰人当局向郑成功投降。这样台湾就成为了大明王朝名义上最后的领土。

郑成功的名声永远和夺得台湾的事业联系在了一起。但他未能看到自己的事业在台湾的延续。占领台湾后四个月，郑成功就死去了。他的儿子郑经承袭了他的基业和爵位，在厦门和金门于1663年沦陷后，郑氏舰队全面退往台湾。明朝宗室、宁靖王朱术桂（1617年—1683年）也随他前往台湾。虽然得知永历帝已经死去，但郑经没有再试图拥戴朱元璋的子孙为帝，而致力于将台湾建为海外的汉人独立王国。他的主要协助者包括刘国轩、冯锡范等将领，而最重要的就是后来深刻改变武术世界格局的谋略家陈永华（1634年—1680年）。