正因为天津教案有着种种错综复杂的背景，从一开始，曾国藩就知道这案子不但是针对他，还要他本人来背这个黑锅。内外交困下，如同多年前战败于太平天国、几欲投水自杀时一样，曾国藩再一次有了强烈的挫败感，沮丧地说：“内疚神明，外惭清议。”据说正好到了“耳顺之年”的他已经做好了死的准备，甚至催促儿子赶紧为自己准备棺材。而在天津教案后不久就发生了刺马案，这显然不是巧合，二案即使没有直接联系，也必然有连带关系。
马新贻被刺的消息就在曾国藩最焦头烂额的时候传到了天津，他的第一反应是大吃一惊。平心而论，曾国藩确实不喜欢马新贻，但毕竟大清总督在光天化日之下遇刺身亡是前所未有的事。以他在枪林弹雨中度过的十几年，以他经历的种种官场黑幕，他深知此案绝非一般凶杀案件。其中的玄机是什么？背后又有什么阴谋？为什么朝廷偏要他处理这等棘手之案？
马新贻的死亡带给曾国藩的苦恼比以往任何时候都更为强烈。连续几天，他夜不能寐，成天阴沉着脸，许多时间都是一言不发地呆坐。思前想后，曾国藩决定不趟这摊浑水。于是提笔上书，以身体有病为由，拒绝回任两江总督。清廷的答复很快回来了——曾国藩必须赴两江之任，直隶总督由李鸿章接任。很简单，很干脆，没有任何选择的余地。
李鸿章也在这个时候写信来安慰曾国藩，其中尤其提到了刺马一案，说：“谷山（马新贻的字）近事奇绝，亦向来所无。”毫不迟疑地表达了对马新贻在光天化日之下遇刺的震惊。但紧接着又立即说：“两江地大物博，断非师门莫办。”一方面是劝曾国藩赶紧回任两江总督，另一方面也是交底，表明自己对两江绝无染指之心。这两句话紧连在一起，实在耐人寻味。
不过安慰归安慰，精明的李鸿章并不想真正去帮助恩师曾国藩解决烦恼，他甚至在这个时候玩起了“痞子腔”（安徽话，意为耍流氓手段）。曾国藩因处理天津教案不当正备受天下人唾骂，李鸿章担心自己卷入其中后也会受到时论的谴责，因此在到达直隶边境后便借口肝病复发停了下来，一面写信给曾国藩，表示支持曾“拿犯”，另一方面又公开表示要等恩师将天津教案“凶犯”议罪正法后再到天津接任，以免“初政即犯众恶”，意欲等曾国藩收拾好天津教案的乱摊子后再说。昔日曾国藩曾对李瀚章（李鸿章亲兄长，曾国藩亲信）评价李鸿章说：“青出于蓝而胜于蓝。”显然，此时的李鸿章在玩弄手段方面确实已经超过了他的老师。曾国藩虽然失望，却也无奈，只好将处理天津教案的结果定拟上奏，自己背了黑锅。
但曾国藩也是老奸巨猾之辈，他虽然被迫接任了两江总督，但却故意拖延时间，正好以等待李鸿章来天津交接为由，迟迟不动身南下。一直到九月二十三日，他才动身离开天津，不过也不是南下两江，而是前往北京。显然，曾国藩此举旨在刺探朝廷对马新贻被刺一案的态度。
九月二十五日，曾国藩到达北京。次日早朝时，同治皇帝和两宫太后在养心殿召见曾国藩。皇帝和慈安太后都没有说话，只有慈禧太后问了几句关于身体和病情的话，无关痛痒。正当曾国藩纳闷之时，慈禧太后终于提到了马新贻，问道：“马新贻这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答道：“此事甚奇。”慈禧太后沉默了一会儿，又说：“马新贻办事甚好。”曾国藩回答说：“他办事和平精细。”本来以为还有下文，不料慈禧太后突然挥了挥手，叫他跪安退出。
九月二十七日，慈禧太后又在养心殿召见曾国藩。曾国藩竖起耳朵也没有听到“马新贻”三个字，慈禧太后只是问到他何时启程前往两江，隐隐有催促之意。但曾国藩依旧模棱两可，逗留于京师，迟迟不肯动身。
十月初六，终于有军机大臣前来传旨，催促曾国藩赴江南任。十月初九，曾国藩递折请训，传宣召见，奏对十数语。出乎他意料的是，慈禧太后再未提起任何与刺马案相关的话头。
此时，距离马新贻被刺已经有两个多月。与最初朝廷一日发四道谕旨追查马新贻案形成鲜明对照的是，朝廷突然表现出异乎寻常的冷漠，再未有催曾国藩办理马新贻案的谕旨。曾国藩先后在天津和北京逗留盘桓，有意拖延时间，朝廷也没有丝毫催促，任其耽搁。似乎曾国藩在试探朝廷态度的同时，朝廷也在试探他的反应。
曾国藩在朝中四处刺探，始终感到朝廷似乎对马案并不关心。这实在是令人费解，马新贻作为慈禧太后心腹被派往两江，却莫名其妙地死在当地，朝廷明明该大加追索报复，却为何没有要将案子查到水落石出的意思？不过，既然朝廷是这样的态度，他曾国藩也不会自找麻烦，非要去追查到底，而是马马虎虎过去就行了。但明里对朝廷可以这样敷衍了事，暗里对他自己还需有个交代，他个人实在是很好奇，到底是什么人能在戒备森严的校场将封疆大吏一刀杀死。思考了很久后，他给驻扎在江宁的心腹彭玉麟写了封信，让他先秘密查访事实真相。
曾国藩在京师时，刚好赶上他本人的六十大寿。一时间极为热闹，同治皇帝亲笔御书“勋高柱石”匾额一面、御书福寿字各一，慈禧太后御赐蟒袍、如意等贺礼，荣耀无比；军机处在法源寺设盛宴为曾国藩祝寿；湖南同乡则在湖南会馆为他祝寿。
觥筹交错之中，醺醺然之际，曾国藩似乎又回到了昔日幕下宾客如云的日子，回到了昔日从太平天国手中夺回南京的时候——那个时刻，是他一生中最鼎盛最辉煌的时刻，写有“曾”字的旗帜飘扬于大江南北。连一向出言谨慎的他也得意得忘了形，高兴地说：“长江两岸，无一处不张鄙人的旗帜。”
他又想起了那个他为之欣赏又为之惋惜的忠王李秀成。此人确是个人才啊，太平天国中无人能及。据说曾经有不少太平军将领力劝李秀成自立，取代天王洪秀全，但李秀成勃然大怒，还写了两首诗抒发胸臆：
举觞对客且挥毫，逐鹿中原亦自豪。
湖上明月青箬笠，帐中霜冷赫连刀。
英雄自古披肝胆，志士何尝惜羽毛。
我欲乘风归去也，卿云横亘斗牛高。
鼙鼓轩轩动未休，关心楚尾与吴头。
岂知剑气升腾后，犹是胡尘扰攘秋。
万里江山多作垒，百年身世独登楼。
匹夫自有兴亡责，肯把功名付水流。
如此有慷慨气概的一个人，也算有情有义的英雄人物，可惜偏偏加入了太平军。当初南京克复，李秀成被俘，曾国荃用刀子割其臂肉、股肉，也未能使其降服。最后还是他曾国藩出面劝说，李秀成这才俯首，并于囚笼中写下万言《自述》，对他曾国藩极尽吹捧之能事，那可是令他极有成就感的一件事。也正是在那个时候，不少人劝他曾国藩自立为帝，于南京城头易帜，他不是没有动过心，可当他再一次读李秀成的《自述》时，他恍然明白了，这也许正是李秀成所期待的——他率湘军揭竿而起，与清廷对抗。无论谁胜谁负，都是间接给太平天国报了仇呀。
因而，当他的心腹爱将彭玉麟将劝进的书信转交给他之时，他立即将书信一口吞下，不悦地说：“雪琴（彭玉麟的字）如此试我，其心可诛。”最终令他遽然而醒的是李秀成，而并非旁人。“匹夫自有兴亡责，肯把功名付水流”，说得真好啊。
一切都远去了，李秀成早已经被他杀了，他早已经过了知天命的年龄，再无能力行非常之事，可朝廷为什么还是对他放心不下呢？这次调他回任两江总督，是不是朝廷已经怀疑到湘军的头上？他的这次回任，到底是祸是福？
曾国藩六十大寿之后，当年十月十五日，曾国藩终于离京起程南下，闰十月二十日才抵达江宁。此时，离马新贻被刺已经五个月之久。