按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸了。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂则于次年夏始抵宁古塔）均受到牵连，一同被流放。

吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑：

边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。

敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。

云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。

姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。

一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之地宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。

刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到难友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。

就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜州，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。

消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，外厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后指着鼻子一番痛骂后，歇斯底里的顺治皇帝一怒之下拔剑砍碎御座，下令要御驾亲征。孝庄太后急忙派众大臣谏阻，顺治皇帝这才没有再闹。

十分可惜的是，郑成功围住南京后，自以为破城只在旦夕，没有积极进取，而是释戈开宴，纵情娱乐，致使战机延误，战事拖延了一月之久。而困守南京的两江总督郎廷佐一面假意向郑成功表示要投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士上下张乐歌舞，饮酒卸甲，为郑成功庆祝生日。郎廷佐趁机派军出击，大败郑军。郑军溃退，郑成功立脚不稳，仓促退出长江，返回厦门。

郑成功败出江南后，江南士民再一次受到清廷的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害。情节轻的，也被发配宁古塔为流人。

可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是清朝入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655）时，此地依然汉人稀少，也很少能看到书籍。后来清廷大量发配汉人到此为奴，流人带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》、《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。

流人还留下了大量珍贵文献。吴兆骞到宁古塔不久，便与方拱乾联袂同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址）。吴兆骞曾写《天东小纪》一文，方拱乾则写有《游东京旧址》等诗，记述宁古塔风物、古迹以及所闻所见，成为宝贵的史料。方拱乾后来根据其在宁古塔的见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》）一书。其中分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，是黑龙江第一部风物志。

顺治十七年（1660）八月十九日，正值清廷在江南大兴“海狱”之时，董鄂妃病死。顺治皇帝痛不欲生，开始沉迷于释道。当年九月，他请僧人茆溪森为其净发，决心披缁山林。孝庄太后屡劝不止，以烧死茆溪森为威胁，才迫使顺治皇帝打消了出家的念头。一场闹剧就此收场。但顺治皇帝出家之心依然不死，又改派亲信太监吴良辅代替自己出家。三个月后，顺治十八年（1661）正月初七，顺治皇帝因染上天花病死于养心殿。因事出突然，民间多怀疑皇帝并没有死，而是到五台山出了家。时年八岁的皇三子玄烨即位，是为康熙皇帝，并颁诏大赦天下。大赦令下后，被流放的盐商之子程度渊由于在京师认捐钟鼓楼，获准返回了江南。方拱乾也设法筹集了一笔钱，认修京师前门城楼工程，于是一家人就此赎归赦还。

不过，方家人的悲惨命运并没有就此结束，继方拱乾举家流放后，其孙与曾孙两代又因文字之祸再次被流放宁古塔。方氏赦归后，方拱乾长子方玄成曾到云南、贵州游历，刚好遇到吴三桂反清，因拒绝接受吴三桂所授官职，被黔抚曹申吉拘留。方玄成假装癫狂发疯，才找机会逃掉。返回江南后，追记在滇黔所见所闻，撰成《滇黔纪闻》一书，内记南明诸多史事。后来方玄成同乡——著名学者戴名世著《南山集》一书，书中关于南明永历朝事多引自《滇黔纪闻》。康熙五十年（1711），左都御史赵申乔弹劾翰林院编修戴名世妄窃文名，恃才放荡，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖。康熙皇帝下令有司严查审明，结果发现《南山集》中用了南明年号，清廷由此大兴文字狱。戴名世被斩首；方玄成当时已死，也被开棺戮尸，方孝标之子方登峰并其妻、子方式济一齐发配卜奎（今黑龙江齐齐哈尔）；为《南山集》作序的方苞等人免予治罪，入旗；出钱刊刻《南山集》的龙云锷、方正玉也被流放。方式济所著《龙沙纪略》一书，后被收入《四库全书》，是《方舆书》中很有名的一本著作。方式济的儿子方观承每年都徒步出关探望父亲、祖父，因此而亲历山川险要，饱阅人情世故，后来竟然因为阅历官至直隶总督，成为乾隆一朝不经科第、不由军功而官至封疆大吏的极少数汉人之一。

方家人走后，吴兆骞的生活更加孤苦艰难。他感慨自己的身世，写下“寄羁臣之幽愤，写逐客之飘零”之句，由此更加思念江南的故乡，殊不知江南已经今非昔比，物是人非。鳌拜等顾命大臣崇尚武治，对江南士民的态度较之顺治皇帝更为激烈。

先是顺治十八年（1661）春，庄廷私著明史案发。庄廷，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印，庄廷就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。由于书中有诋毁贬斥清朝的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反，于南明隆武、永历则大书特书等等，因而书刊行后，不断有好事之徒前来恐吓，借以勒索钱财。当时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。事情不成后，他便指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。吴之荣恼羞成怒下，将购得的初刊本呈交法司。清廷得悉消息后，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案牵连极广，直至康熙二年（1663）才最后了结。

一波未平，一波又起。顺治十八年（1661）六月初三日，江南“奏销案”起。清军南下时，在江南遭到过激烈的抵抗，是以对江南之地征收的赋税格外重，以苏州、松江等府为最。即使是鱼米之乡，也经不起苛捐杂税的反复折腾，因此往往是旧赋未清，而新赋已近。仅两江总督郎廷佐上任后，在校阅赋籍时，发现江南自顺治八年至十三年积欠钱粮已经多达四百余万。但清朝廷因战事频仍，财政窘急，多次严颁催征积欠之令。江宁巡抚朱国治为了逃避责任，造了一份名册，上面列着苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名单严提究拟。清朝廷看到名册后，批示道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议后，决定现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者寥寥无几。整个江南为之震动。顺治十六年（1659）的进士第三名（探花）叶方霭，仅因欠银一厘即被黜免，因此民间有“探花不值一文钱”的说法。

叶方霭，江苏苏州昆山人，与吴兆骞同科中举。之后也被押到北京参加了瀛台复试，不过他顺利通过了考试。

但久居关外的吴兆骞并不知道这些。他久戍思归，也渴望能够像方家人一样用钱赎归，但一来赎归要等机会，二来他被流放前，家产已经全被抄没，彻底破产，要筹到巨金，实在是难事。幸好到了康熙二年（1663），他的妻子葛采真和妹妹吴文柔从苏州千里迢迢赶到关外探亲，带来极大的安慰。葛采真来时“携来二三婢仆，并小有资斧”，吴兆骞的生活这才稍有改善。次年，葛采真生下一子，取名吴桭臣。有了自己的孩子后，吴兆骞得到了启示，他开始了授徒生涯，专教那些流人子弟读书写字，并与后来发配到宁古塔的张缙彦等人结成“七子之会”，吟诗作对，互相唱和，穷困愁苦的生活“亦饶有佳况”。

顺治十七年（1660），工部侍郎张缙彦刊刻了《无声戏》一书，其中“不死英雄”一句，被清廷认为是煽惑人心、交结党类。张缙彦由此被革职，籍没家产，流徙宁古塔。

吴兆骞在宁古塔的名气越来越大，不少当地少数民族子弟也赶来向他求学。当地人懂得了读书的好处后，开始以文人为贵，对流放的监生、生员统称为“官人”；见到流人，凡骑马者必下马，行路的则滚道边，不荷戈的老人则匐伏在地，等流人过去才起身行走，表现出相当的尊重。

康熙十三年（1674）秋，清巴海将军聘请吴兆骞为书记兼教席（家庭教师），负责教其两子读书。吴兆骞虽是奴隶身份，巴海却“待师之礼甚隆，馆金三十两”，且“每赠裘御寒”。他还跟当地满人官员副都统安珠湖，参领萨布素、穆参领、阿佐领等都交上了朋友。

朝鲜节度使李云龙曾经因兵事路过宁古塔，听说吴兆骞的才名后，请他代写《高丽王京赋》。吴兆骞欣然执笔，数千言一挥而就。李云龙大为震撼，回国后四处传扬吴兆骞的才华，因而“其国颇以汉槎（吴兆骞）为重”。

但吴兆骞依旧一如往昔地思念故乡，他无力自救，只能在冰天雪地的宁古塔空自徘徊感叹。但并不是所有的人都忘记了他，他的生死之交顾贞观就是其中一个。最为难得的是，顾贞观时时刻刻都没有放弃将老友救出生天的计划，并为之付诸行动，费尽心思。

顾贞观本是个风流倜傥、热衷交游的名士，但江南科场案发后不久，他即辞亲远游，来到京师北京。他非常清楚，要想将吴兆骞救出来，只有在京城结交攀附权贵。康熙元年（1662），顾贞观以一句“落叶满天声似雨，关卿何事不成眠”的诗名满京城，得尚书龚鼎孳和大学士魏裔介引荐，任内阁中书舍人，后掌国史馆典籍。为了营救吴兆骞，顾贞观遍求满朝权贵，并得到了翰林院编修徐乾学（顾炎武外甥）和宋德宜等人的大力相助。但前面提过清廷对待江南士子态度素来严峻激烈，单凭这些人的力量，还是不足以营救吴兆骞。

康熙十五年（1676），顾贞观刻意到权相明珠家课馆，终于与明珠之子纳兰性德相识，成为至交好友。顾贞观恳请纳兰性德为援救吴兆骞出一援手。尽管纳兰性德也很仰慕吴兆骞的才气，但他深知吴兆骞被流徙一事不仅仅是有作弊嫌疑那么简单，还涉及朝廷党争和清廷对江南士子的打击等诸多背景，其中之复杂，远非顾贞观所能想象，而他素来“不干预政事”，因此没有答应。

当时，顾贞观寓居在北京的千佛寺，大雪纷飞之时，他突然想到了远在天边的吴兆骞，不知道好友平安否？感慨之下，他挥笔写下了二首《金缕曲》：

金缕曲（其一）

季子平安否？便归来、平生万事，那堪回首！

行路悠悠谁慰藉？母老家贫子幼。记不起、从前杯酒。

魑魅搏人应见惯，总输他覆雨翻云手。冰与雪、周旋久。

泪痕莫滴牛衣透。数天涯、依然骨肉，几家能够？

比似红颜多命薄，更不如今还有。只绝塞、苦寒难受。

廿载包胥承一诺，盼乌头马角终相救。置此札、兄怀袖。

金缕曲（其二）

我亦飘零久。十年来、深恩负尽，死生师友。

宿昔齐名非忝窃，试看杜陵消瘦，曾不减、夜郎潺愁。

薄命长辞知己别，问人生到此凄凉否？千万恨、为君剖。

兄生辛未吾丁丑，共此时、冰霜摧折，早衰蒲柳。

辞赋从今须少作，留取心魂相守。但愿得、河清人寿。

归日急翻行戍稿，把空名料理传身后。言不尽、频观首。

文采风流，尤其词中饱含深情，感人肺腑。纳兰性德读了这两首词后，大为感动，当场声泪俱下，破例说：“古来怀念朋友、抒写友情的诗文中，以李陵与苏武的《河梁生别诗》和向秀怀念亡友嵇康的《思旧赋》最为真挚深切。你的这两首词情真意切，丝毫不让前贤，可与古人鼎足而三。我答应你，一定鼎力营救吴兆骞，并当成我自己的事一样办，但你要给我十年的时间。”

纳兰性德之父明珠当时权倾朝野，他本人又在康熙皇帝身边当侍卫，深得宠幸，但一开口竟然是以十年为期限，可见营救吴兆骞绝非易事。顾贞观则认为十年时间太长，说：“人寿能有几何，十年太长，请以五年为期。”

纳兰性德稍作思考后，还是慨然允诺，并和了一首《金缕曲》送给顾贞观，以表明自己营救吴兆骞当义不容辞：“绝塞生还吴季子，算眼前外皆闲事。”顾贞观也很为纳兰性德的仗义感动，后来在写给吴兆骞的信中称赞其为人“知己之感，令人洒泪，此岂汉人中所可得者”。

于是纳兰性德出面，求父亲明珠出力。明珠开始没有表态，让纳兰性德次日邀请顾贞观到内斋来。第二天，顾贞观如约来到。明珠有意斟了一大杯酒，对顾贞观说：“吴素负才名，又与先生莫逆，老夫愿一效绵薄。但先生素不饮酒，今日能为君友饮乎？”（《清稗类钞义侠类》）顾贞观毫不犹豫，端起酒杯一饮而尽。明珠又说：“先生南人，不肯效吾旗俗请安。今日更能为君友请安者，老夫必有以报命。”顾贞观立即上前下跪请安，不稍逡巡。明珠这样饱经世故的老官僚都被顾贞观的朋友之义深深打动了，动容说：“老夫聊相戏耳，不图先生血性热肠一至于此，请放怀以待。”

尽管有了明珠的权势，却还是困难重重。康熙十七年（1678）正月，康熙皇帝派遣使臣正黄旗都统、内大臣武默讷和一等侍卫对秦为使臣，前往长白山致祭。纳兰性德抢先派人将消息告知吴兆骞，并作下了周密的安排。吴兆骞写下了数千言的《长白山赋》，通过武默讷和对秦献给了康熙皇帝。此赋“词极瑰丽”，且铺张扬厉，对长白山极尽渲染。长白山素来被视为清朝的发祥之地，年青的康熙皇帝读到此赋后，大加赞赏，马上询问作者的情况，得知吴兆骞的情由后，当即就有赦免之意。然而，又有“尼之者”从中阻挠，未能成功。皇帝有意赦免，照样有“尼之者”，由此可见当初江南科场案涉及的背景是何等复杂。

在这样的情况下，纳兰性德与顾贞观商议后，决定走方拱乾赎归的老路，筹集资金，为吴兆骞认修内务府工程，醵金赎吴。当时措赎金最踊跃者为徐乾学。愿意为吴兆骞捐钱者不在少数，辇下名流都以不参与为憾。经过各方奔走，多方斡旋，吴兆骞最终以纳二千金被赎归。

康熙二十年（1681）七月，还乡诏书终于下到吴兆骞手中，纳兰性德终于实现了五年为期的承诺。此时，吴兆骞在宁古塔已经度过了二十多个春秋。

当年九月二十日，吴兆骞从宁古塔起程，十一月回到京师，与顾贞观等好友相见后，“执手痛哭，真如再生”。吴兆骞回到北京当日，许多人写诗纪念。益都冯相国有诗道：“吴郎才调胜诸昆，多难方知狱吏尊。”可惜此时吴伟业已去世十年，山东诗人王士禛叹息说：“太息梅村今宿草，不留老眼待君还。”

吴兆骞回到京师后，留在明珠府邸中，为纳兰性德之弟揆叙、揆芳授读，以报答纳兰性德相救之恩。尽管在关外多年，吴兆骞孤傲放诞之性情不改，不久因小事与顾贞观有些嫌隙，顾贞观也不作辩解。明珠知道后，特意将吴兆骞叫到内斋。只见内斋左楹上写着：“顾某为吴某饮酒处。”右楹写着曰：“顾某为吴某屈膝处。”吴兆骞得知情由后大为惭愧，找到顾贞观，声泪俱下地说：“生死肉骨之恩，而以口舌之争辜之，兆骞非人类矣。”二人友谊从此更加亲密。

不久后，吴兆骞返回阔别近三十年的苏州故里，离开时还是黑发青年，回来时已经是白首老翁，怎能不叫人感慨！其时，吴父、吴兄均已经去世，只有老母李氏尚在。吴兆骞即构屋三楹，读书其中。友人汪退谷题其居为“归来草堂”。

长期在关外生活，吴兆骞已不适应江南的水土气候，他一回到故乡，就大病数月，手足肿痛，腹疾时发，苦于下泄。后来不得不到京师治病，最后病死于京师旅邸中，时年五十四岁。因家境贫困潦倒，后事由纳兰性德代为料理。

至此，江南丁酉科场案中最传奇的人物吴兆骞最终以凄凉的结局谢世。江南丁酉科场案的最后一点余声也终于结束，但其影响却远远不止于顺治、康熙两朝。